Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,573,693 | G→T | 8.9% | S565R (AGC→AGA) | PP_3155 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,573,693 | 0 | G | T | 8.9% | 134.5 / 3.7 | 45 | S565R (AGC→AGA) | PP_3155 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/23); new base T (2/2); total (20/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 |
GCTGAAGGTGTTGCGCGGGATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTCACACCCAGCTCGTAC > NC_002947/3573546‑3573840 | gCTGAAGGTGTTGCGCGGGATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCt < 2:808211/150‑1 (MQ=255) cTGAAGGTGTTGCGCGGGATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATCCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTg < 1:868591/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGcc < 2:713134/150‑1 (MQ=255) gggATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCcggcg > 2:747929/1‑150 (MQ=255) tatTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCaa < 2:786190/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATg > 2:751010/1‑150 (MQ=255) cAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTa < 2:1033152/150‑1 (MQ=255) gTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGt < 2:685699/150‑1 (MQ=255) cGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCCCAGTGTGCCTGGCGTTCGATCGTGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGATCGCGGCCCCTAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTAtt < 1:577785/150‑1 (MQ=255) tCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCcggcgg < 1:824842/131‑1 (MQ=255) tCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCcggcgg > 2:824842/1‑131 (MQ=255) cTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGa < 2:940833/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGa < 2:940840/150‑1 (MQ=255) ttGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAg > 2:67332/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAg < 1:751010/150‑1 (MQ=255) gtCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTcgcg > 2:524698/1‑150 (MQ=255) tCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGa < 1:680136/150‑1 (MQ=255) ttGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTc < 2:152085/150‑1 (MQ=255) ttGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTc > 1:425018/1‑150 (MQ=255) tGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCa < 1:431887/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACATTGATGTGCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGtt > 2:616925/1‑150 (MQ=255) cGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCt < 2:758118/150‑1 (MQ=255) gCATAGCCACCGATCAGGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGGCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGa < 1:119086/150‑1 (MQ=255) aCCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGTCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGc > 1:790560/1‑150 (MQ=255) aCCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGTCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGc > 1:790952/1‑150 (MQ=255) aTCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTc < 1:164988/114‑1 (MQ=255) aTCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTc > 2:164988/1‑114 (MQ=255) gcCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGc > 1:633778/1‑150 (MQ=255) cATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTc > 1:766468/1‑150 (MQ=255) aTTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCa < 1:551574/150‑1 (MQ=255) aTTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCa > 2:231074/1‑150 (MQ=255) aTTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCa > 2:733140/1‑150 (MQ=255) aTTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCa < 1:551612/150‑1 (MQ=255) ttCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAg > 2:519424/1‑150 (MQ=255) cGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCt < 1:67332/150‑1 (MQ=255) gTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCAttt > 2:348306/1‑150 (MQ=255) tGATGTCCAGGCCACGTCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTca < 2:790560/150‑1 (MQ=255) tGATGTCCAGGCCACGTCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGCCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTca < 2:790952/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATACTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTCACAccc > 1:610512/1‑150 (MQ=255) cACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATc > 2:24121/1‑86 (MQ=255) cACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATc < 1:24121/86‑1 (MQ=255) cACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAAc > 1:402380/1‑125 (MQ=255) cACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAAc < 2:402380/125‑1 (MQ=255) aCGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTCACACCCAGCTCGTa > 1:200623/1‑150 (MQ=255) cGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACTGGCGCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTCCACACCCAGCTCGTAc < 1:747929/150‑1 (MQ=255) | GCTGAAGGTGTTGCGCGGGATATTGGCCAGGTGCGTTCCCTTGGGCAGGGTGGTGTCCTTGGTGACTTCGGCGTCGACGTAGGCATAGCCACCGATCATGCGCCATTCGGGGGTGAGGTTGCCGGCGACGTTGATGTCCAGGCCACGGCTGCGCACTTCGCCGGCGGCAATGCTGTAGGTATTGGTCGAGTCGTTCGGGTCGCGAGTCAGGACGTTTTCCTTGGTGATCTGATAGATCGCTGCGTCGACGCTCAGCTGCCGGTCCAACGCTTCCCATTTCACACCCAGCTCGTAC > NC_002947/3573546‑3573840 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |