Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 28,397 | C→T | 7.8% | R384H (CGC→CAC) | PP_0024 ← | membrane‑associated metal‑dependent hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 28,397 | 0 | C | T | 7.8% | 142.5 / 3.0 | 51 | R384H (CGC→CAC) | PP_0024 | membrane‑associated metal‑dependent hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/27); new base T (2/2); total (22/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
CATTGACCACCTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAGTTGTTGT > NC_002947/28248‑28535 | cATTGACCACCTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGgc > 1:843242/1‑150 (MQ=255) aTTGACCACCTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGCGGGAGGGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACGAGGACAGCATCGCCTTCATGgcg > 1:246862/1‑150 (MQ=255) accaccTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCt < 2:516492/148‑1 (MQ=255) accaccTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCt > 1:516492/1‑148 (MQ=255) caccTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTtgat < 1:211962/150‑1 (MQ=255) accTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTtgatg > 2:720973/1‑150 (MQ=255) ctcctcctGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGaa < 2:897570/150‑1 (MQ=255) ctcctGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTc < 1:591008/150‑1 (MQ=255) ctGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTg < 2:921014/150‑1 (MQ=255) ttACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCAtc > 2:1105105/1‑150 (MQ=255) tctcATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCAtc < 1:456248/147‑1 (MQ=255) aCATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCAtctc < 2:363865/150‑1 (MQ=255) aTTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCAGCTCCGTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCAtctaga > 2:456248/1‑147 (MQ=255) cGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGagca < 1:388386/150‑1 (MQ=255) gAGCTCGCCGGTACCGCACACCGCTCGGAATCTCTTACATCGCGATGGGTTGTGCTTGTAGTAGTCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCCCCCGGACCGCATCGCCTTCCGGGCGCCTGATGATGTCTTGCATCTCCGTGagcag > 2:562180/1‑150 (MQ=255) gTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCAcccc > 1:659445/1‑150 (MQ=255) gTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTcc < 1:638646/150‑1 (MQ=255) tctcGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCGCCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCATCCt < 2:1127249/150‑1 (MQ=255) tcGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTa > 1:282622/1‑150 (MQ=255) gCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGc > 2:1113874/1‑121 (MQ=255) gCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGc < 1:1113874/121‑1 (MQ=255) gCACACCGGTGCGAATTCCTTGAATTGCGAGGGCTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGAGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTaca > 2:531087/1‑150 (MQ=255) acacCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACAct > 1:166030/1‑150 (MQ=255) gTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGc < 1:1105105/150‑1 (MQ=255) gAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGt < 2:282622/150‑1 (MQ=255) aTTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTg > 2:160920/1‑106 (MQ=255) aTTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTg < 1:160920/106‑1 (MQ=255) ttGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCg > 2:844515/1‑109 (MQ=255) ttGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCg < 1:844515/109‑1 (MQ=255) ttGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGt > 1:163123/1‑150 (MQ=255) gAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGCAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTC‑TGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTgg < 2:558935/150‑1 (MQ=255) aTTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGc > 2:946435/1‑98 (MQ=255) aTTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGc < 1:946435/98‑1 (MQ=255) gTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTg > 1:937945/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTg > 1:774396/1‑150 (MQ=255) ctggtagtaGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGc > 2:187954/4‑150 (MQ=255) gggccgTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTg < 2:727602/150‑1 (MQ=255) gTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAAc < 2:665165/150‑1 (MQ=255) tGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGt > 1:23127/1‑150 (MQ=255) tGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGt > 2:986781/1‑150 (MQ=255) tAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGAcc < 2:843242/150‑1 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGTGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTgg > 2:1005460/1‑116 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGTGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTgg < 1:1004217/116‑1 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGTGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTgg > 2:1004217/1‑116 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGTGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTgg < 1:1005460/116‑1 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCGCCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgtt < 2:1073323/150‑1 (MQ=255) aGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgtt < 1:531087/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgttgt < 2:368879/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGTGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgttgtt < 2:706327/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgttgtt < 2:659445/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAgttgtt < 1:986781/150‑1 (MQ=255) tCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAGttgttg > 1:235200/1‑150 (MQ=255) cGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAGTtgttgt < 2:774396/150‑1 (MQ=255) | CATTGACCACCTCCTCCTGCTTACATTTGTCGAGCTCGTTGGTCTCGCACACCGGTGCGAATTTCTTGAATTGCGAGGGGTAGCGCTTGTAGTAGGCCGGGCCGTGACTGCCTTTGTAGTGGAGCACCAGGACAGCATCGCCTTCCTGGCGCTTGATGAAGTCTTGCATCTCCGTGAGCAGCACCCCGTCCTTACACTCCTCGCTGGTGCACAGTTGGGAATCCGCGTGAGAGGCAGCCTTGTGGTTGGGAACCCTGTCGCAGACCCCTTTGCACCCCGAGTTGTTGT > NC_002947/28248‑28535 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |