Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,644,600 | C→T | 9.1% | A117T (GCC→ACC) | PP_3211 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,644,600 | 0 | C | T | 9.1% | 117.6 / 3.3 | 44 | A117T (GCC→ACC) | PP_3211 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/24); new base T (2/2); total (18/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 |
GCATACCGCCGGAGAGCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTGTTCGAGCCCGGCGAACATTTTCAGC > NC_002947/3644453‑3644745 | gCATACCGCCGGAGAGCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAACTGCCTCTGGTCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGTGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGccc > 2:505100/1‑150 (MQ=255) aCCGCCGGAGAGCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATgg > 2:647137/1‑150 (MQ=255) ggCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCGCACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGATTGCACCGTGGGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCCAGCGCACGTTGTCGCGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTg < 2:564293/149‑1 (MQ=255) agCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCTAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGTGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTg < 1:146044/150‑1 (MQ=255) tAAACGTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCAACAACGGTTTGCACCTTCAGATGCCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAACGCACGTTGTCGTGCACTTTAGCCCCTGGCATCAGGCGGGCTTCCTGCAac > 2:39005/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACAccct < 1:813263/150‑3 (MQ=255) gTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGCCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCAt < 1:905506/150‑1 (MQ=255) gCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGc < 2:950282/150‑1 (MQ=255) gCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGc > 2:1099983/1‑150 (MQ=255) gCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGc > 1:950282/1‑150 (MQ=255) aCTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGc < 1:497164/150‑1 (MQ=255) cTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCt < 2:742557/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCATGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGcc > 2:610031/1‑150 (MQ=255) gCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCg < 2:1042930/150‑1 (MQ=255) accaGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGtgtg < 1:1099983/150‑1 (MQ=255) ccaGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGc < 1:136933/150‑1 (MQ=255) gTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTg > 2:320810/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCTTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCgtg < 2:334732/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCGGCgtgg < 2:883807/150‑1 (MQ=255) gcTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTcc < 2:557530/150‑1 (MQ=255) gCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCa > 1:320455/1‑74 (MQ=255) gCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCa < 2:320455/74‑1 (MQ=255) tctGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGc < 2:781196/150‑1 (MQ=255) ctGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGcc < 1:647137/150‑1 (MQ=255) ccTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCccacc > 1:1941/1‑150 (MQ=255) ccTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCccacc > 2:147093/1‑150 (MQ=255) cTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCccacca < 1:59494/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGca < 1:858281/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGcac < 2:1009100/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGGTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATg > 1:262019/1‑150 (MQ=255) cGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGc > 1:422122/1‑150 (MQ=255) ccAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTCGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGACTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCcgg > 1:366462/1‑150 (MQ=255) cAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCcggc > 2:811965/1‑150 (MQ=255) aGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGc > 1:530874/1‑150 (MQ=255) gggCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTg > 2:472115/1‑150 (MQ=255) cAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTGTTc < 2:422122/150‑1 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGTCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTAc > 2:1117740/1‑96 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGTCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTAc > 2:1117442/1‑96 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGTCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTAc < 1:1117740/96‑1 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGTCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTAc < 1:1117442/96‑1 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCgtggtg < 2:22635/88‑1 (MQ=255) gcACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCgtggtg > 1:22635/1‑88 (MQ=255) tGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTGTTCGAGCCCGGCGa < 1:610031/150‑1 (MQ=255) tGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCAGAAGACGGCTTGCCCGATGACTCCTCGTGGCTGGCGTAGGGCTGTTCGAGCCCGGCGa < 1:139495/150‑1 (MQ=255) ttGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTGTTCGAGCCCGGCGAACATTTTcagc < 1:472115/150‑1 (MQ=255) | GCATACCGCCGGAGAGCTCCCGCGGGTAAACGTCGCCGAACTTGCCCAGCCCCACCAGTTCCAGGGCGGCTTGCACCTTGAGCTGGCTCTGGGCCTTGGGGGCGCCGGCCAAGTCCAGGGGCAAGCGCACGTTGTCGTGCACTTTGGCCCATGGCATCAGGGTGGCTTCCTGGAACACCATGGCCAGGCTGCGCCCCGGTGTGCCTGCGTGGTGGTCCGTACCCGGGGCATCCTTGCCCCACCAGCGCACATGGCCGGCGGAGGGCTGTTCGAGCCCGGCGAACATTTTCAGC > NC_002947/3644453‑3644745 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |