| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,924,636 | T→A | 9.3% | E74D (GAA→GAT) | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,924,636 | 0 | T | A | 9.3% | 129.1 / 3.3 | 43 | E74D (GAA→GAT) | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/18); new base A (2/2); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
CTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATG > NC_002947/3924495‑3924785 | cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGGGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAg > 1:1036019/1‑150 (MQ=255)cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAg > 1:201015/1‑150 (MQ=255) ttGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGATcggaagag > 1:1030183/1‑144 (MQ=255) ttGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGAACTGATCGCGCTgg < 2:298989/150‑1 (MQ=255) gTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGAGTTCCGGGGTCAGCGGCGCGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGgt > 1:673202/1‑150 (MQ=255) tAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGgtg > 1:566374/1‑150 (MQ=255) aaTAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCt > 1:181014/1‑150 (MQ=255) aTAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCTGCGCGAACTGATCgcgctg > 2:62908/1‑139 (MQ=255) aTAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCTGCGCGAACTGATCgcgctg < 1:62908/141‑3 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGa < 1:206662/150‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGa < 1:206677/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATc < 2:201015/150‑1 (MQ=255) gCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTc > 1:156513/1‑150 (MQ=255) 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ggTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGctc > 1:925886/1‑150 (MQ=255) tgtTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGGTCTGTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCACCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGctaga > 1:933462/1‑147 (MQ=255) ttGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCg < 2:176077/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGagcag < 1:362211/150‑1 (MQ=255) gcTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCGGCCtt > 1:1032828/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGgcg > 1:653376/1‑150 (MQ=255) ccTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCaa < 1:311461/150‑1 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGTGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTg > 1:626732/1‑140 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGTGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTg < 2:626732/140‑1 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTg > 1:75679/1‑140 (MQ=255) cTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTg < 2:75679/140‑1 (MQ=255) aGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGgtg < 2:1036019/150‑1 (MQ=255) ggCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg < 1:773479/145‑1 (MQ=255) ggCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAg > 2:773479/1‑145 (MQ=255) tCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCgg > 1:339634/1‑150 (MQ=255) cggcgAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCAc < 2:566374/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGctcc > 1:891981/1‑83 (MQ=255) ccAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGctcc < 2:891981/83‑1 (MQ=255) ccAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGCGTCCTGGATACCCTCGTCGGCTAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACa < 1:247627/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCTTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGaa > 2:110304/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAAct > 1:380671/1‑150 (MQ=255) cgATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTgg < 2:339634/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGa < 2:134943/73‑1 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGa > 1:134943/1‑73 (MQ=255) gTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGatat < 2:380671/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCAGGGTGGCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATg > 2:494308/1‑150 (MQ=255) | CTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATG > NC_002947/3924495‑3924785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |