Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,925,467 | G→A | 8.9% | G356G (GGC→GGT) | peaA ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,925,467 | 0 | G | A | 8.9% | 124.7 / 3.2 | 45 | G356G (GGC→GGT) | peaA | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/22); new base A (2/2); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
CACGCCCTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTC > NC_002947/3925320‑3925595 | cACGCCCTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGcc > 1:514302/1‑150 (MQ=255) aCGCCCTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTATCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACGCCGGAACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGcag > 2:574374/1‑148 (MQ=255) gCCCTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCt > 1:269414/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGc > 2:519796/1‑150 (MQ=255) gcgcACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCa < 1:289284/150‑1 (MQ=255) aCCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGt < 2:981126/150‑1 (MQ=255) cTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGa < 2:822738/150‑1 (MQ=255) tACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGAt > 2:1129714/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGAtttcgctttc < 2:985441/150‑1 (MQ=255) cctggcATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTCCCAGGGTGGGCGTCGGCTCCAGCACTGCGGTCACTTACCAGGCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTtgat < 1:519796/150‑1 (MQ=255) tggcATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGACTGCTCCGTCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTtgatga > 1:576950/1‑150 (MQ=255) gcATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGACTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAAc > 1:635062/1‑150 (MQ=255) tCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAAGCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGcc > 2:690089/1‑150 (MQ=255) cGGACGCGGCGCTTGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCATCCTTGATGAACGCCg < 2:244154/150‑1 (MQ=255) cGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCg < 1:255739/150‑1 (MQ=255) ggACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCgg < 2:493204/150‑1 (MQ=255) ggACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCgg > 1:937445/1‑150 (MQ=255) gACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGCTGAACGCCGGt < 2:885034/150‑1 (MQ=255) gggCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGcat < 1:879977/150‑3 (MQ=255) ggCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAg < 2:365258/150‑1 (MQ=255) ttGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAAc > 1:581699/1‑150 (MQ=255) tGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAAcc > 2:929452/1‑149 (MQ=255) aCCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGACTTGATGAACGCCGGTTGCACCGCCAGCAACTGCgccttg < 1:574374/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGGGGTCTGCTCCCGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCgccttgc < 2:635062/150‑1 (MQ=255) cAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAAc > 1:269801/1‑81 (MQ=255) cAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAAc < 2:269801/81‑1 (MQ=255) gggTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCgccttgcctt > 1:281314/1‑150 (MQ=255) ggTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCgccttgcc < 1:411367/141‑1 (MQ=255) ggTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCgccttgcc > 2:411367/1‑141 (MQ=255) gCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGgcgc < 1:1129714/150‑1 (MQ=255) tCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTg > 1:423399/1‑150 (MQ=255) tCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGACTACTATTACCGCGCTg > 2:868317/1‑150 (MQ=255) aGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGaaa > 1:261306/1‑150 (MQ=255) gcccTTCGGTGACGCCCTCCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAAt < 2:576950/147‑1 (MQ=255) gCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGAtttcgctttc > 2:1100849/1‑79 (MQ=255) gCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGAtttcgctttc < 1:1100849/79‑1 (MQ=255) cACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGACCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTa > 1:877627/1‑137 (MQ=255) cACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGACCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTa > 1:877587/1‑137 (MQ=255) cACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGACCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTa < 2:877587/137‑1 (MQ=255) cACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGACCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTa < 2:877627/137‑1 (MQ=255) cTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCa < 1:710496/150‑1 (MQ=255) tCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCATTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCa > 1:5428/1‑150 (MQ=255) aCCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCg < 1:720572/150‑1 (MQ=255) cccAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCt < 2:423399/150‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCAGCTGCCAGCCTGGGTGTATTCGCTTGGGCATCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCCTCTTTTACGGCGCTGAAATCTAGGCCGTTCTCATCGTGATCGGCTTc < 2:514302/150‑1 (MQ=255) | CACGCCCTTGAGCGCACCTACCGCCACCTCGCGCAGCCCTGGCCTGGCATCGGACGCGGCGCGGGCCTTGACCCTTACCAGGGTCGGGGTCTGCTCCAGCACTTCGGTCACTTCCACCCCGGCACCCAGTTCCGGCTTGCCAGTCAGGCCGCTGCCAACCAGGGTGATTTCGCTTTCGCCTCCAGCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTC > NC_002947/3925320‑3925595 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |