| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,979,760 | C→A | 9.8% | Q305H (CAG→CAT) | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,979,760 | 0 | C | A | 9.8% | 118.7 / 3.4 | 41 | Q305H (CAG→CAT) | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/14); new base A (2/2); total (25/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
GCTCGGGGTGGGCGCGGTAGCAGACAACGTCGGACTGGCTGCGCTCGCTGCGCCAGGCCATGTCCTTGAAGCTGACCGGGCGCGTGATAATGCGCCCGTCCAGCTCCGGCAATGCAATGTGCATGGCCAGGTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCAGCACTTCGGCGCCGACCTC > NC_002947/3979612‑3979909 | gcTCGGGGTGGGCGCGGTAGCAGACAACGTCGGACTGGCTGCGCTCGCTGCGCCAGGCCATGTCCTTGAAGCTGACCGGGCGCGTGATAATGCGCCCGTCCAGCTCCGGCAATGCAATGTGCATGGCCAGGTCGCGCGCGCCCAGGCCCt < 2:281855/150‑1 (MQ=255) tAGCAGACAACGTCGGACTGGCTGCGCTCGCTGCGCCAGGCCATGTCCTTGAAGCTGACCGGGCGCGTGATAATGCGCCCGTCCAGCTCCGGCAATGCAATGTGCATGGCCAGGTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCccag > 1:321051/1‑150 (MQ=255) aaGCAGACAACGTCGGACTGGCTGCGATAGCTGCGCCAGGCCATGTCCTTGAATCTGACCGGGCGCGTGATAATGCGCCCGTCCAGCTCCGGGAGTGCAATGTCCATTGCCAGGTCGCGCGCGCCTCGGCCCTGCTTGCTGGCTTCccag > 1:260777/2‑150 (MQ=255) 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gagcagggCCTGGGCGCGCGCGACCTGGCCATGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCggt > 1:139409/7‑150 (MQ=255) cAGGTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGAc > 1:7193/1‑150 (MQ=255) gggcgcgcgcgACCTGGCCATGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCa < 2:139409/147‑1 (MQ=255) ggTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCa < 2:7193/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCAg < 1:657803/150‑1 (MQ=255) gcCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAAGACTGGACG‑AGTGACCAGCACTTCggg > 2:527979/1‑149 (MQ=255) gacctggCCATGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCAGCACTTCGgc < 1:521379/145‑1 (MQ=255) ccAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGTTGGCCTGCAGCACAGGGAGGTCGCGGCGACACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAC‑ACCGGTGGTATTGACCAGCACTTTGgggc > 2:424659/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCAGCACTTCGGCGCCGACCTc > 1:687978/1‑150 (MQ=255) | GCTCGGGGTGGGCGCGGTAGCAGACAACGTCGGACTGGCTGCGCTCGCTGCGCCAGGCCATGTCCTTGAAGCTGACCGGGCGCGTGATAATGCGCCCGTCCAGCTCCGGCAATGCAATGTGCATGGCCAGGTCGCGCGCGCCCAGGCCCTGCTCGCTGGCTTCCCAGCCAGGCTGGTTGTCCTGCGCACAGATGGCCTGCAGCACCGGGATGTCGCGGCGAAACGGGCGCAGGTTGGGGCGCTCGGGGCTGGACAAGGCGAA‑ACCGGTGGTATTGACCAGCACTTCGGCGCCGACCTC > NC_002947/3979612‑3979909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |