| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,245,030 | C→A | 19.9% | G12V (GGC→GTC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,245,030 | 0 | C | A | 19.9% | 128.7 / 22.3 | 61 | G12V (GGC→GTC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/28); new base A (5/7); total (26/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
CAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTG > NC_002947/4244884‑4245178 | cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACgg > 1:606313/1‑150 (MQ=255) cgcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTg < 1:358080/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGc < 2:606313/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGc < 1:701833/150‑1 (MQ=255) gATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCACAGGCCGCAGCGCCGTCGGCGGCGATGCGTTGGGTGAg > 1:1095979/1‑150 (MQ=255) aTGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGc < 1:259287/150‑1 (MQ=255) aTGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGc < 2:314209/150‑1 (MQ=255) aTGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGc < 2:436773/150‑1 (MQ=255) gccgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTg > 2:729760/1‑150 (MQ=255) ccgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTgg < 1:305422/150‑1 (MQ=255) ccgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGGCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTgg > 2:287665/1‑150 (MQ=255) cgacgaTAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAgc < 1:325262/150‑1 (MQ=255) gacgaTAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGc > 2:347273/1‑128 (MQ=255) gacgaTAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGc < 1:347273/128‑1 (MQ=255) tAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATgg < 1:882929/150‑1 (MQ=255) cgcgGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAAt < 2:855302/150‑1 (MQ=255) gggAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCACGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAAtctc < 1:900408/150‑1 (MQ=255) ggAGTGTCGACGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGAGCAGTCGCAGGAGATGCGTTGGGTAAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTcc < 1:25139/150‑1 (MQ=255) gtCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGAATCGCGGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCa > 1:11599/1‑150 (MQ=255) gAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATg > 1:555484/1‑150 (MQ=255) cGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCTGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAAtt < 1:608447/150‑1 (MQ=255) cGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGc < 2:1074929/101‑1 (MQ=255) cGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGc > 1:1074929/1‑101 (MQ=255) gTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTg > 2:903413/1‑106 (MQ=255) gTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTg < 1:903413/106‑1 (MQ=255) acccaccGACATCAGCAGTATGTCCCTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTACTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 2:294737/1‑150 (MQ=255) cgaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCCGGCGGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGGGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTAAATGGCAATTTCAGTcgg > 2:974390/3‑149 (MQ=255) accGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTcgacg > 1:821828/1‑150 (MQ=255) gACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAgg > 1:975176/1‑149 (MQ=255) agcagGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTGTACGAGTATCTTc > 1:500514/1‑150 (MQ=255) agcagGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTc < 2:714053/150‑1 (MQ=255) ggATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCGCTTGCGGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCGTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCGATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGt > 1:576792/1‑150 (MQ=255) gATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGtt < 1:710504/150‑1 (MQ=255) gATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGtt < 1:652195/150‑1 (MQ=255) cttgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAAtt > 2:284132/1‑150 (MQ=255) ttgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGCggc < 2:204677/73‑3 (MQ=25) ttgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGGCGACGGCGCTGCggc > 1:204677/1‑71 (MQ=37) tgtcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGc < 1:287665/150‑1 (MQ=255) tcctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGccc < 2:858388/150‑1 (MQ=255) ctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGtt < 2:5758/138‑1 (MQ=255) ctCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGtt > 1:5758/1‑138 (MQ=255) tGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTCGCAATGGCAATGTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgtg < 1:690158/150‑1 (MQ=255) cgcCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACaa > 1:734577/1‑150 (MQ=255) gggCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCgg < 2:812982/150‑1 (MQ=255) gggCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCgg < 2:734577/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCTTCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGc < 1:840632/150‑1 (MQ=255) cgGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGc < 2:555484/150‑1 (MQ=255) gTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGt > 1:724829/1‑95 (MQ=255) gTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGt < 2:724829/95‑1 (MQ=255) tGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCaa > 1:237042/1‑78 (MQ=255) tGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCaa < 2:237042/78‑1 (MQ=255) ccAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 2:421672/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 1:95985/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa < 1:834315/133‑1 (MQ=255) cAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGa > 2:834315/1‑133 (MQ=255) ggCCGCAGCGCCGTCGACGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATttc < 2:569323/150‑1 (MQ=255) cacGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATttct > 2:592189/3‑150 (MQ=255) cGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGTAACGCGCCGTTGATttcttc < 2:500514/150‑1 (MQ=255) gcatcgcCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGccc < 1:505831/101‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGccc > 2:505831/1‑105 (MQ=255) gCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTg < 2:1095979/150‑1 (MQ=255) | CAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTG > NC_002947/4244884‑4245178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |