| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,260,670 | C→G | 7.7% | R712R (CGG→CGC) | PP_3734 ← | ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,260,670 | 0 | C | G | 7.7% | 195.4 / 5.2 | 64 | R712R (CGG→CGC) | PP_3734 | ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/34); new base G (3/2); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
ACCAGGCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCG > NC_002947/4260527‑4260816 | accaggcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGcc > 1:928095/1‑150 (MQ=255) catgcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCAAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGTCCCAGCCGCGCCTg > 1:715233/4‑150 (MQ=255) aggcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTgg < 2:445384/150‑1 (MQ=255) aggcaccaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTgg > 2:867100/1‑150 (MQ=255) accaggcCGGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGATGAGCATGACTGTCTGCCCACGCAACAATTATACGAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCa > 1:980719/1‑150 (MQ=255) accaggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCa > 2:609896/1‑150 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTTCCCCAGGCTCATCAAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCTCCAGTTCGCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCacg < 1:570957/150‑3 (MQ=255) caggcCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg < 1:33388/150‑1 (MQ=255) caccccAGCAACAGCCCAACCGGAACGGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGCCCAGTTGCATGCGCCGCACCNCCAGTGNCCACAGCGGTGNCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg < 1:530721/146‑1 (MQ=255) cAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGtt < 1:389286/150‑1 (MQ=255) cccAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat < 2:1057367/150‑1 (MQ=255) ggAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCTCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGaacaac < 1:933389/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGcc > 2:282320/1‑150 (MQ=255) 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2:892791/105‑1 (MQ=255) ggTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTg > 1:892791/1‑105 (MQ=255) aaGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAg < 2:616366/107‑1 (MQ=255) aaGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAg > 1:616366/1‑107 (MQ=255) aaGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAgg < 2:928095/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGGTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGt > 2:68269/1‑150 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 2:127971/1‑150 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:622807/150‑1 (MQ=255) cATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 1:609896/150‑1 (MQ=255) tCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTg > 1:542543/1‑150 (MQ=255) cTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATTCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGc < 2:595913/150‑1 (MQ=255) ggcccAGGCTCAACCAGACGAGTTGCACGCGCCGCCCCCCGCGTGCCCACAGCGGTGCGAACGGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTGGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTCAGGCTGTTGAGGGCTGCgg < 2:101586/148‑1 (MQ=255) cAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTggc < 2:967372/150‑1 (MQ=255) aGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCCCCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTggcg < 1:112028/150‑1 (MQ=255) ccagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg > 1:311366/1‑73 (MQ=255) ccagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAgg < 2:311366/73‑1 (MQ=255) cagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt > 1:541460/1‑125 (MQ=255) cagaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGtt < 2:541460/125‑1 (MQ=255) gaccagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGNGCg < 2:700404/150‑1 (MQ=255) cagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCaaa < 1:1017222/141‑1 (MQ=255) cagTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCaaa > 2:1017222/1‑141 (MQ=255) gTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGa < 2:902499/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 2:673740/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGGCAGCAGGTTGACGAAAAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 1:78380/150‑1 (MQ=255) ttGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGAGCCAACGGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGaa < 2:819228/150‑1 (MQ=255) aTGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCAAGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACg > 2:385449/1‑150 (MQ=255) tGCGCCGCACCCCCAGTGCCCAGAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgt < 2:558803/150‑1 (MQ=255) cgccgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcg < 2:571202/150‑1 (MQ=255) ccgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcggt < 1:127971/150‑1 (MQ=255) ccgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcggt > 2:296483/1‑150 (MQ=255) cgcACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACgtcggtc < 1:932141/150‑1 (MQ=255) aCCCCCAGTGCCCCCAGCGGTGACAAATGGCCCAGCCTCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGAc < 2:850711/150‑1 (MQ=255) aCCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat > 1:361386/1‑65 (MQ=255) aCCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTtgat < 2:361386/65‑1 (MQ=255) gCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTc < 2:300456/150‑1 (MQ=255) ccAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGGAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGCGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCt > 2:234963/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga > 1:1003958/2‑83 (MQ=37) ccTGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTgaga < 2:1003958/82‑1 (MQ=38) aCTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGa < 1:385449/150‑1 (MQ=255) tGGGCCAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGacc > 2:384716/1‑150 (MQ=255) gggccAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGc > 1:928652/4‑143 (MQ=255) gggccAGGCGCGGCTGGGCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGc < 2:928652/140‑1 (MQ=255) gCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGaccac > 2:168367/1‑150 (MQ=255) cccAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGaccacc < 1:987731/150‑1 (MQ=255) cccAGCCGCGCCTGGCCCAGAGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGaccacc > 2:417930/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCg > 2:1099193/1‑150 (MQ=255) | ACCAGGCACCAGGCCAGCAACAGCCCAAGCGGAATCGCCAGCAGTACGGTGAAGCCGCTGAGCATGAGTGTCTGCCCCAGGCTCAACCAGACCAGTTGCATGCGCCGCACCCCCAGTGCCCACAGCGGTGCCAACTGGCCCAGCCGCGCCTGGCCCAGGGTCAGCAGGTTGATGAACAACGCCACACCGGCCACGCCAAGGGTAAGGCTGTTGAGAGCTGCGGTGGCGGCAAAGGTGCGGTTGAAGACGTCGGTCGACCAGCGTTTCAGGCGCGCCTGCTCGACCACCCG > NC_002947/4260527‑4260816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |