Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,671,746 | T→C | 8.5% | L10P (CTC→CCC) | PP_4133 → | transcriptional regulator‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,671,746 | 0 | T | C | 8.5% | 126.7 / 3.1 | 47 | L10P (CTC→CCC) | PP_4133 | transcriptional regulator‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/19); new base C (2/2); total (26/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.60e-01 |
TCAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAGCATGCA > NC_002947/4671609‑4671891 | tcAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTaa < 1:220443/150‑1 (MQ=255) aaTTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGc > 2:83975/1‑150 (MQ=255) tGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGcttct > 2:939271/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCaa > 1:1032363/1‑150 (MQ=255) ttGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTGTTACTGGCGCaaa > 1:389961/1‑150 (MQ=255) ttGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCaaa < 2:90543/150‑1 (MQ=255) tCCTTAAAACGCAGGGCGGGATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGa > 2:243934/1‑150 (MQ=255) ccTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAg < 1:555512/150‑1 (MQ=255) cTTAAGACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGc > 2:836779/1‑150 (MQ=255) cTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAacac > 2:842487/1‑139 (MQ=255) cTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAacac < 1:842487/139‑1 (MQ=255) ttAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCt < 2:1032363/150‑1 (MQ=255) aaCGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCa > 1:620698/1‑150 (MQ=255) aaCGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGAGCAACCACGGGTGCCGAGCGGTCa > 2:868925/1‑150 (MQ=255) 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tttAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGc > 2:18554/1‑150 (MQ=255) tAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGAt < 2:522597/108‑1 (MQ=255) tAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGAt > 1:522597/1‑108 (MQ=255) aGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGag < 1:658337/150‑1 (MQ=255) aaTATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGaa < 1:18554/150‑1 (MQ=255) tatCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAgg < 1:939271/150‑1 (MQ=255) tCATGGATATTTGCTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTCAAGCTTCTTACTGTCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCAtt < 2:603286/150‑1 (MQ=255) cATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAACCGCTGAGCAGCTGGAAGGTGCGCGAAAGCATTc < 2:1125085/150‑1 (MQ=255) gATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTa < 2:860177/150‑1 (MQ=255) gATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTa < 2:218718/150‑1 (MQ=255) atatTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGACTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTAc < 2:462604/150‑1 (MQ=255) aTGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGc < 2:994111/150‑1 (MQ=255) tCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGatat > 1:399036/1‑150 (MQ=255) tCACATACTTGCTGAGGTGCCCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCAtt < 2:775054/127‑1 (MQ=255) tCACATACTTGCTGAGGTGCCCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCAtt < 2:775112/127‑1 (MQ=255) tCACATACTTGCTGAGGTGCCCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCAtt > 1:775112/1‑127 (MQ=255) tCACATACTTGCTGAGGTGCCCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCAtt > 1:775054/1‑127 (MQ=255) cacaTACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATc < 1:836779/150‑1 (MQ=255) acaTACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCg > 1:147323/1‑150 (MQ=255) aTACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGcc > 1:915435/1‑150 (MQ=255) ttGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGat > 2:635926/1‑140 (MQ=255) ttGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGat < 1:635926/140‑1 (MQ=255) gCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAg > 2:395032/1‑150 (MQ=255) tGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAgca > 2:541254/1‑150 (MQ=255) gAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCaa < 2:1095825/143‑1 (MQ=255) gAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCaa > 1:1095825/1‑143 (MQ=255) gTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAgcatgca > 1:906015/1‑150 (MQ=255) | TCAATTTGATGGTTCTCATTGCAGAAGTGCTCCTTAAAACGCAGGGCTGTATTCATAACGAGTAGTTTAAGCCCATGGAATATCATTAAACCAGTCATGGATATTTGTTATGAGTACTCACATACTTGCTGAGGTGCTCACCCGCCTTAAGCTTCTTACTGGCGCAAACACTGATGCCGAGCTGTCACGTGCACTGTCGGTCAGCCCGCAAACGCTGAGCAGCTGGAAGGTTCGCGAAAGCATTCCTTACTCACTTTGCATAGATATCGCCAAAAAGCATGCA > NC_002947/4671609‑4671891 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |