Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,689,015 | G→A | 7.5% | S290S (TCG→TCA) | PP_4149 → | ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,689,015 | 0 | G | A | 7.5% | 148.3 / 2.9 | 53 | S290S (TCG→TCA) | PP_4149 | ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base A (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 |
TGGGCATGCGCAACGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGT > NC_002947/4688867‑4689163 | tGGGCATGCGCAACGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGc > 1:216631/1‑150 (MQ=255) tGGGCATGCGCAACGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGc < 1:931339/150‑1 (MQ=255) gcAACGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCATCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTgg > 1:637277/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCACCCTCGCTGGGc > 1:968079/1‑150 (MQ=255) cGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGa > 1:930885/1‑150 (MQ=255) gcAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACtg < 1:732945/150‑1 (MQ=255) aTCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACtggtg < 2:53045/150‑1 (MQ=255) ggCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGaa > 1:447745/1‑134 (MQ=255) ggCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGaa < 2:447745/134‑1 (MQ=255) gCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTGCATGCCGTTCATCCTCCCCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCaa < 2:403726/150‑1 (MQ=255) acaTCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGt < 1:769292/150‑1 (MQ=255) gCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCTTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCt < 1:198871/150‑1 (MQ=255) gatgatCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGcc > 2:980862/1‑150 (MQ=255) gatgatCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGcc > 2:886723/1‑150 (MQ=255) cGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTgg < 1:980862/150‑1 (MQ=255) cGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTgg < 2:886726/150‑1 (MQ=255) gACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTggg < 2:216631/150‑1 (MQ=255) aTGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATc > 1:211164/1‑150 (MQ=255) tGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAggg > 2:892892/1‑115 (MQ=255) tGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAggg < 1:892892/115‑1 (MQ=255) cTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGTCGGGGCATCAgcgc > 2:9935/1‑150 (MQ=255) ttCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTg > 2:787221/1‑150 (MQ=255) tCACCGGCGCCGTCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGgcgc < 2:586748/150‑1 (MQ=255) tCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCt < 2:409702/145‑1 (MQ=255) tCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCt > 1:409702/1‑145 (MQ=255) tCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGgcgc < 2:659131/150‑1 (MQ=255) cccgcgcCATCGCCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCCCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGACGTGCTGGCGCTGa < 2:515844/147‑1 (MQ=255) gcgcCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATgg < 2:787656/113‑1 (MQ=255) gcgcCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCACCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGc > 1:179452/1‑150 (MQ=255) gcgcCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTGCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATgg > 1:787656/1‑113 (MQ=255) ccATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATgg > 2:935786/1‑110 (MQ=255) ccATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATgg < 1:935786/110‑1 (MQ=255) aTCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCACCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGc < 2:179452/150‑1 (MQ=255) ggCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCACCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCctg < 2:968079/150‑1 (MQ=255) cACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCGCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCctgct < 1:618162/150‑1 (MQ=255) ccTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGAt < 2:933784/135‑1 (MQ=255) ccTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGAt > 1:933784/1‑135 (MQ=255) aCCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTc > 1:552450/1‑150 (MQ=255) ccTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCgg > 2:992683/1‑150 (MQ=255) ggACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCATGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa < 2:582758/128‑1 (MQ=255) ggACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCATGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa > 1:582758/1‑128 (MQ=255) ccTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCCCGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgc < 1:73595/150‑1 (MQ=255) ggcGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc > 2:652383/3‑150 (MQ=255) ggcGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc < 1:652383/148‑1 (MQ=255) cTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCACGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCTTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc > 1:248820/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgccc > 2:603378/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa < 2:686229/115‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa > 1:686229/1‑115 (MQ=255) cTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGcc > 2:789849/1‑112 (MQ=255) cTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGcc < 1:789849/112‑1 (MQ=255) ccgccgGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGAcc > 1:702251/1‑150 (MQ=255) cgccgGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGAccc > 1:275614/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGt < 2:930885/150‑1 (MQ=255) | TGGGCATGCGCAACGGCGCAATCATGTACCGGCACATCCTGCCCAACGCGATGATCTCGACCATGACCTTCATGCCGTTCATCCTCACCGGCGCCATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGT > NC_002947/4688867‑4689163 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |