| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,652 | C→A | 8.4% | Q31H (CAG→CAT) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,652 | 0 | C | A | 8.4% | 182.8 / 4.9 | 60 | Q31H (CAG→CAT) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/25); new base A (2/3); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
ACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCA > NC_002947/4958512‑4958801 | aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCa < 1:437835/150‑1 (MQ=255) cGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGcccgaa < 2:761895/150‑5 (MQ=255) tctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCa < 1:1090665/150‑1 (MQ=255) tctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCa > 1:492941/1‑150 (MQ=255) tggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGc > 1:223876/1‑150 (MQ=255) tcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATgg < 2:818603/126‑1 (MQ=255) tcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCAGGTGCTGCGGCACATgg > 1:818603/1‑126 (MQ=255) gCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGagag < 1:693310/150‑1 (MQ=255) cgacgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgatatca < 2:223876/150‑6 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgc > 2:930532/1‑150 (MQ=255) gCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACCTTGCCCATCTGCGCCGTGGCCACACCCGCCCAATGCCCTTCCCTCGCGCCCACGCGCCGCTGCGCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTc > 2:679602/1‑150 (MQ=255) gCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTAGGCTAAAGGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCCCGAGCAGGAGCATCTCCGCCTTGTc > 1:911486/1‑150 (MQ=255) tcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGAcgc > 2:649942/1‑150 (MQ=255) ccTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgaga < 1:1057876/120‑1 (MQ=255) ccTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgaga > 2:1057876/1‑120 (MQ=255) cTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgag > 1:117462/1‑118 (MQ=255) cTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgag < 2:117462/118‑1 (MQ=255) cTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCt > 1:544977/1‑150 (MQ=255) ttCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAg > 1:296499/1‑150 (MQ=255) gACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGTCACATCACCTGGGCCGCATAGGTCTCGATACGCGGGACCATAAGGTTCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCtt > 1:519123/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCGATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTg < 2:783240/150‑1 (MQ=255) tGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCg < 2:264038/150‑1 (MQ=255) gTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGt > 2:34894/1‑150 (MQ=255) cACGGTGCACGTCGCGGATCTGCGCCGTGGCCACACCCGCCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCGGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTaa < 2:451822/150‑1 (MQ=255) gCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTc > 2:1107129/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgttg < 2:911486/150‑4 (MQ=255) 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cTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCAt < 1:899405/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCAt < 1:1107129/150‑1 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGt < 1:649942/150‑1 (MQ=255) cATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGt < 2:544977/150‑1 (MQ=255) ccACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATc < 2:492941/150‑1 (MQ=255) acacCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCa < 1:930532/150‑1 (MQ=255) acccacccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGt > 1:462949/1‑150 (MQ=255) acccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 1:34894/150‑1 (MQ=255) cccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTc > 1:536324/1‑150 (MQ=255) cGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg > 2:195239/1‑117 (MQ=255) cGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 1:195239/117‑1 (MQ=255) cTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGa < 2:536324/150‑1 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAg > 2:74470/1‑150 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAg > 1:318170/1‑150 (MQ=255) ttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGACCTTCAGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAg > 1:578130/1‑150 (MQ=255) ccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGcc > 1:1027104/1‑150 (MQ=255) cttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCca > 2:235251/1‑150 (MQ=255) atgcggCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc > 2:236633/5‑112 (MQ=38) atgcggCCCAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc < 1:236633/108‑1 (MQ=38) tcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCcaca < 1:1064835/150‑1 (MQ=255) ggCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg < 2:267770/101‑1 (MQ=255) ggCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCgg > 1:267770/1‑101 (MQ=255) ccATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGccc < 1:456633/150‑1 (MQ=255) ccATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGGTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGccc > 2:1051012/1‑150 (MQ=255) gtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgggg > 1:278373/1‑149 (MQ=255) gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGt > 2:702060/1‑112 (MQ=255) gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGt < 1:702060/112‑1 (MQ=255) gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc < 2:634028/136‑1 (MQ=255) gcaCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc > 1:634028/1‑136 (MQ=255) cTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCCGGTGGATCGCAGCGCCGAGCACCCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCCTCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGccacca < 2:578130/150‑1 (MQ=255) | ACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCA > NC_002947/4958512‑4958801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |