Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 459,553 | T→G | 7.3% | E102A (GAA→GCA) | pqqB ← | coenzyme PQQ synthesis protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 459,553 | 0 | T | G | 7.3% | 167.7 / 2.5 | 62 | E102A (GAA→GCA) | pqqB | coenzyme PQQ synthesis protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base G (3/2); total (31/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGCATTGCACAA > NC_002947/459414‑459701 | gATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCt > 1:314224/1‑150 (MQ=255) cACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAg > 1:62870/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGc > 1:1012572/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGc > 2:192863/1‑150 (MQ=255) gCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCggt > 1:229482/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAg < 2:328923/130‑1 (MQ=255) ccAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAg > 1:328923/1‑130 (MQ=255) cAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGgtggtgtg < 2:314224/150‑1 (MQ=255) cAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGgtggtgtg < 1:978948/150‑1 (MQ=255) aTACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGTACATGTCCGTGCACAACAGCTCAGTCGATCAGCCGGCGCTCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATc < 1:192863/150‑1 (MQ=255) cgtttCCACTGCAGGCAACCGTAACAGTGGATGATTACATTTAAGAGCGGTAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg < 2:560853/147‑1 (MQ=255) cGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg < 1:782536/150‑1 (MQ=255) aCTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGGGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGGGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGACTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCca < 1:196478/150‑1 (MQ=255) cAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCcagcag < 2:379103/150‑1 (MQ=255) gCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGAc > 2:717078/1‑150 (MQ=255) cACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGa > 2:82417/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGtt < 1:717078/150‑1 (MQ=255) ggCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATAc < 2:229482/150‑1 (MQ=255) cTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCg < 1:166671/150‑1 (MQ=255) gAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGgt < 2:83060/150‑1 (MQ=255) tGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTcgc > 2:281991/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGCTCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTg < 1:814923/150‑1 (MQ=255) cAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCgg < 1:329122/137‑1 (MQ=255) cAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCgg > 2:329122/1‑137 (MQ=255) aGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTcgc < 1:442378/70‑1 (MQ=255) aGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTcgc > 2:442378/1‑70 (MQ=255) gAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGa < 2:301823/116‑1 (MQ=255) gAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGa > 1:301823/1‑116 (MQ=255) gAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTcgc < 2:996567/137‑1 (MQ=255) gAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTcgc > 1:996567/1‑137 (MQ=255) gtggtCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGc < 2:327180/150‑1 (MQ=255) gTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCg < 1:975104/67‑1 (MQ=255) gTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCg > 2:975104/1‑67 (MQ=255) tggtggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCcagca < 2:108730/91‑1 (MQ=255) tggtggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCcagca > 1:108730/1‑91 (MQ=255) tggtggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAg < 1:132334/150‑1 (MQ=255) gtggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGc > 1:733580/1‑150 (MQ=255) tggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGcc < 2:177435/123‑1 (MQ=255) tggACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGcc > 1:177435/1‑123 (MQ=255) gACCATGTCCGTGCACCGCACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTg > 2:247756/1‑150 (MQ=255) gACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGGTACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTg > 2:573218/1‑150 (MQ=255) ccATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCg > 2:104/1‑95 (MQ=255) ccATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCg < 1:104/95‑1 (MQ=255) ccATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCa < 1:82417/150‑1 (MQ=255) cATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGgt < 1:595667/105‑1 (MQ=255) cATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGgt > 2:595667/1‑105 (MQ=255) tGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGCTCTTAGGTGTGTCGCGCAGTTCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGtt < 2:271492/150‑1 (MQ=255) gTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTGGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGCCGACGGCGTTGATACCGGTCTCGGGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTg > 2:312812/1‑150 (MQ=255) cccgcccaccacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTgg < 2:62870/144‑1 (MQ=255) gTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGgcg > 1:999677/1‑150 (MQ=255) caccacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCgg < 2:379059/150‑1 (MQ=255) accacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg > 2:538414/1‑62 (MQ=255) accacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg > 2:538357/1‑62 (MQ=255) accacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg < 1:538414/62‑1 (MQ=255) accacACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTgg < 1:538357/62‑1 (MQ=255) cacaCCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATg > 2:856723/1‑150 (MQ=255) acacCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGt > 1:18699/1‑150 (MQ=255) tgctcAGCCTGCGCGAAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGc > 1:783160/5‑150 (MQ=255) gggCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGCa > 2:543361/1‑150 (MQ=255) ctcAGCCTGCGCGAAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCt < 1:866181/100‑1 (MQ=255) ctcAGCCTGCGCGAAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCt > 2:866181/3‑102 (MQ=255) tcAGCCTGCGCGAAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGCAtt > 1:157236/2‑150 (MQ=255) ttCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTGCTGGAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGCATTGCACaa > 2:770657/1‑150 (MQ=255) | GATCACGAAGCTGCCTTCCAGCTCGATACGGTTCCACTGCAGGCCACCGTTCCAGTGGCTGAGCATGTTGAACAGCGGGAAACCGGTGGTCAGGTCCTGGTGGACCATGTCCGTGCACCACACCTGATGCGGGCAGCCTTCGCGCAGGCTGAGCAGGCCGGTGGTGTGGTCGATCTGGCTGTCCAGCAGGACGATGGCGTTGATACCGGTGTCGCGCAGTGCCCGGGCCGGCTGCATCGGCGCAAAGGCCTGCAGTTGGGCGCGGATGTCGGGCGAGGCATTGCACAA > NC_002947/459414‑459701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |