| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,982,722 | G→A | 35.1% | T3I (ACC→ATC) | flgD ← | flagellar basal‑body rod modification protein FlgD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,982,722 | 0 | G | A | 35.1% | 34.3 / 28.3 | 37 | T3I (ACC→ATC) | flgD | flagellar basal‑body rod modification protein FlgD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/13); new base A (4/9); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCATCTGGGTGACCAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATGTCAGCCATCTCCTCGACCACATTG > NC_002947/4982580‑4982859 | ctgCATCTGGGTGACCAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCAt < 1:240597/150‑1 (MQ=255) aTCTGGGTGACCAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCg > 2:711793/1‑150 (MQ=255) cAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCATCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCa > 1:1051408/1‑150 (MQ=255) cAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCa > 1:845726/1‑150 (MQ=255) gCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACt > 1:152860/1‑150 (MQ=255) aCGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCa < 2:993340/150‑1 (MQ=255) cgcgTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAg < 1:441026/150‑1 (MQ=255) gTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCAc > 2:1069227/1‑150 (MQ=255) ttGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTGTTCAGCGAGGTCCGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACNTTc < 2:705043/150‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTg < 1:1023447/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAg < 1:355733/139‑1 (MQ=255) ccAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGACAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGAGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAg > 2:355733/1‑139 (MQ=255) gcgcCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCgtg < 1:1059193/150‑1 (MQ=255) ccGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGGCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCACCACGTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTtc < 1:505587/150‑1 (MQ=255) agCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGtt < 2:152860/150‑1 (MQ=255) agCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGtt < 1:885662/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCTTGGAAGTCTGCAACTGCAGAGCAGTAATGTGTTTGCTAGCGACGCCGGGACTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGc < 2:290580/150‑1 (MQ=255) aGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGtt < 1:711793/150‑1 (MQ=255) gTCTTGGCCGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCGTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTg < 2:570057/150‑1 (MQ=255) gTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTCTGTGCTTCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTg < 2:820174/150‑1 (MQ=255) tCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTtcat < 1:537661/127‑1 (MQ=255) tCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTtcat > 2:537661/1‑127 (MQ=255) cTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTACCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAAcgc > 1:693904/1‑150 (MQ=255) tGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATg < 1:550374/102‑1 (MQ=255) tGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATg > 2:550374/1‑102 (MQ=255) ggTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGAt > 2:1071561/1‑150 (MQ=255) tCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCa > 1:590532/1‑150 (MQ=255) gTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAggg < 1:441257/68‑1 (MQ=255) gTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAggg > 2:441257/1‑68 (MQ=255) gTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCgtgt < 1:537146/101‑1 (MQ=255) gTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCgtgt > 2:537146/1‑101 (MQ=255) gTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATGTc < 2:590532/150‑1 (MQ=255) tATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTACCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATNTCa < 2:693904/150‑1 (MQ=255) tATGCGCTGCCGACGTCTGTAGGGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCATCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATGTCa < 1:912605/150‑1 (MQ=255) gTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTtcat < 2:371489/90‑1 (MQ=255) gTCTGTAGTGGAATTGGTGATGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTtcat > 1:371489/1‑90 (MQ=255) gTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATGTCAGCCATCTCCTCGACCACATTg > 1:332997/1‑150 (MQ=255) ggtgatggtCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAAcgcgc < 2:326774/101‑1 (MQ=255) ggtgatggtCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAAcgcgc > 1:326774/1‑101 (MQ=255) | CTGCATCTGGGTGACCAGCAACTGCAGGAACGCGTCCTTGCCCAGCGCGCTGCCGGCGGCGCCGGTAGAGCTGTCAGTCTTGGACGTCTGCTTCTGCAGCGAGGTCAGGTATGCGCTGCCGACGTCTGTAGTGGAATTGGTGGTGGTCATGTCGGCTTCCTATCACTGCCCCAGGGTCAGCACTTTCTGCATCATGTTCTTGGCCGTGTTCATCAGTTCAGCGTTGGTCTGAAACGCGCGGCTGGCGGAGATCATGTCAGCCATCTCCTCGACCACATTG > NC_002947/4982580‑4982859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |