| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,147,557 | T→A | 7.3% | L205Q (CTG→CAG) | mscMB → | miniconductance mechanosensitive channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,147,557 | 0 | T | A | 7.3% | 162.4 / 3.8 | 55 | L205Q (CTG→CAG) | mscMB | miniconductance mechanosensitive channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/32); new base A (2/2); total (21/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
CTCGATCATCATCGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGCGAGTCATTCCGCAA > NC_002947/5147408‑5147704 | cTCGATCATCATCGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACAtgct > 1:719646/1‑150 (MQ=255) gATCATCATCGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCa > 2:975000/1‑150 (MQ=255) tcatcatcGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATg > 1:1016589/1‑150 (MQ=255) tcatcGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCg > 2:95147/1‑150 (MQ=255) tcatcGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCg < 1:908212/150‑1 (MQ=255) tcatcGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCg < 1:305758/150‑1 (MQ=255) atcGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCggg < 1:95147/150‑1 (MQ=255) tcgtcgCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCAGCATGTCgttg > 1:845636/1‑147 (MQ=255) cgtcgCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGa < 2:1016614/150‑1 (MQ=255) cgtcgCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCAGCATGTCgttgc < 2:845636/150‑5 (MQ=255) gCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCAGCATGTCgt < 1:384199/143‑2 (MQ=255) gCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCAGCATGTCgt > 2:384199/1‑142 (MQ=255) ccACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGa > 2:94277/1‑150 (MQ=255) aCCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATc < 1:163273/150‑1 (MQ=255) cGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAg > 2:755408/1‑150 (MQ=255) gccgtTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAgg < 2:445956/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGcc > 1:437814/1‑150 (MQ=255) gctgctGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTTGCGGGCGTGTAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATgg < 1:74466/150‑1 (MQ=255) tgctgTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACAGACCAGCAACGACCTGATGCATGTCGGGGAACGGAGCGAAATGCAGCAGGGAGGCGCCGACggtg > 2:366386/1‑148 (MQ=255) gctgTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGa < 2:729305/150‑1 (MQ=255) ctgTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGAc < 2:21820/150‑1 (MQ=255) cGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACgtggt < 2:190327/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGa < 1:975000/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGa < 2:448069/150‑1 (MQ=255) gTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCa < 2:719646/150‑1 (MQ=255) gATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAATTGCCACAGGTAGGCGCCGATGTCGACGGGGTGGACAGCACCtt < 2:468532/150‑1 (MQ=255) ggcggTATTGCTGTTGGTGTACAAGGATACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCACCTGCCCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCCACGTGGTGGACATCACCTTGCacac < 1:366386/150‑1 (MQ=255) cggTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACgg < 1:313874/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGaa > 2:842383/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACAGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGt < 1:1023286/150‑1 (MQ=255) tGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAACGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTAc < 2:1016589/150‑1 (MQ=255) gtACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGCGAAAGTACAGAACtt < 2:1080418/150‑1 (MQ=255) aCAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGAAGAAAGACGCCGATAGCTACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCg > 1:806976/1‑150 (MQ=255) aaGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAGATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGAc > 2:405055/1‑150 (MQ=255) aaGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGAc > 1:740413/1‑150 (MQ=255) ggACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACaa > 1:1048860/1‑150 (MQ=255) ctgctgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACAtgctgc > 1:237243/1‑49 (MQ=255) ctgctgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACAtgctgc < 2:237243/49‑1 (MQ=255) ctgctgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCATACGGTGAAAGTACa < 2:858916/131‑1 (MQ=255) ctgctgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCATACGGTGAAAGTACa > 1:858916/1‑131 (MQ=255) gctgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCgt > 1:330084/1‑150 (MQ=255) ttgTCATTAGTCGCGAGCGTGCAACTGTCCAGCAACGACATGCTGTATGTCGGGGACTGGAGCGATATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGGCGTGGTGGACATGACCTTGCACGCGGTGAGAGTGCCGAACTTCGACAAGCCCATCgtg < 2:381100/149‑1 (MQ=255) tgTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACGGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGTCAAGACCATCgtgt < 2:479730/150‑1 (MQ=255) gTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTc < 2:740413/150‑1 (MQ=255) aTTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACa < 2:681369/123‑1 (MQ=255) aTTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACa > 1:681369/1‑123 (MQ=255) ttCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATc < 2:437814/150‑1 (MQ=255) tcgtcgCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCCACTTGCGCACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATcc < 2:432117/150‑1 (MQ=255) ccAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCt > 1:1094270/1‑150 (MQ=255) tGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGa < 2:682107/118‑1 (MQ=255) tGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGa > 1:682107/1‑118 (MQ=255) tGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGCAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCTCACGGTGAAAGTACATAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCtgatga > 2:971276/1‑150 (MQ=255) tGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCtgatga < 1:472334/150‑1 (MQ=255) aCCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGc < 2:330084/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGCGa < 1:246562/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGCGa < 1:94277/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTc > 1:1111180/1‑113 (MQ=255) aTGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTc < 2:1111180/113‑1 (MQ=255) gctgcATGTCGGGGACTGGAGCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGCGAGTCATTCCGCaa > 1:209575/1‑150 (MQ=255) | CTCGATCATCATCGTCGCCACCCTGATCGACCGCTCGCCGCTGTTGCTGCTGTCCGGTCTGGGTGCGATGTCGGCGGTATTGCTGTTGGTGTACAAGGACACCCTGCTGTCATTCGTCGCCAGCGTGCAACTGACCAGCAACGACATGCTGCATGTCGGGGACTGGATCGAAATGCCGCAGGTAGGCGCCGATGGCGACGTGGTGGACATCACCTTGCACACGGTGAAAGTACAGAACTTCGACAAGACCATCGTGTCCATCCCCACCTGGCGCCTGATGAGCGAGTCATTCCGCAA > NC_002947/5147408‑5147704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |