| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,520,930 | G→T | 8.5% | L302M (CTG→ATG) | lip ← | lipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,520,930 | 0 | G | T | 8.5% | 138.1 / 2.0 | 47 | L302M (CTG→ATG) | lip | lipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/21); new base T (2/2); total (24/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
ACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTTGATG > NC_002947/5520781‑5521078 | acgaACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAg < 2:334392/150‑1 (MQ=255) cAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAgg > 1:1069957/1‑146 (MQ=255) cAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAgg < 2:1069957/146‑1 (MQ=255) tACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCgcgc < 1:141669/150‑1 (MQ=255) ccaccTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCt < 1:13591/150‑1 (MQ=255) ggcggcTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACgg > 1:34301/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGcaca < 1:774285/116‑1 (MQ=255) aCCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGcaca > 2:774285/1‑116 (MQ=255) cTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACCGGCATAGCAACGTTTCCCACGGCACCGAGCGACTgg > 1:840143/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTg > 2:360137/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGa < 1:360137/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGa > 2:110112/1‑150 (MQ=255) gTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGt < 2:802472/150‑1 (MQ=255) gCTGGCCGATCGCTGGACCACGCCGATCCGGCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCTTCGCCGCCTTGAGCCGGTCTGCAGGTTCTGTGAACAGCCGCACAGGGTCCTCGCCTTTGCGTACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAgg < 2:414657/150‑1 (MQ=255) 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aCGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGcaca > 2:1057181/1‑80 (MQ=255) gCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAAtcgtcg > 1:536192/1‑150 (MQ=255) aaGGCACTTGTGCTAAAGCCCCGCCTCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGGCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGccc > 2:911220/1‑150 (MQ=255) aaGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGAt < 1:418749/141‑1 (MQ=255) aaGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGAt > 2:418749/1‑141 (MQ=255) cTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCCGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCGCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTg < 1:148812/150‑1 (MQ=255) 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aTGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCggg < 1:259594/85‑1 (MQ=255) aTGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCGGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGcc > 1:336124/1‑150 (MQ=255) gTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCt > 2:293858/1‑150 (MQ=255) gTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCg > 2:359442/1‑76 (MQ=255) gTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCg < 1:359442/76‑1 (MQ=255) aCAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGTTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGTCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTtga < 1:510568/150‑1 (MQ=255) aCAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTtga < 1:926411/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTtgat < 2:1100153/150‑1 (MQ=255) aGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCTACTGGTTGACGCTGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACCCACGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTtgatg > 1:194517/1‑150 (MQ=255) | ACGAACAACTGGCCAGTTACCACCTGGTCGGCGGCTTGCTGACCTTGGCCGGCGTAGTGCTGGCCGAACGCTGGACCACGCCGATCCGCCGCCAAGGCACTTGAGCTAAAGCCCCGCCGCCTTGAGCCGGGCTGCATGTTCGGTGAACAGCCGCACAGGCTCCGCGCCTTTGCCCACGGCACCGAGCGACTGGTTGACGATGTCCAGGTGATCGAGCGGGTAATCGTCGCCGATCACCTGCCCCAGGTGCGAACTGAAACGCCCGACCATGCCGTCGCAATGGCCCTTTTCCTTGATG > NC_002947/5520781‑5521078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |