Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,618,492 | G→A | 8.9% | L71L (CTG→TTG) | wzy ← | O‑antigen polymerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,618,492 | 0 | G | A | 8.9% | 122.4 / 3.2 | 45 | L71L (CTG→TTG) | wzy | O‑antigen polymerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/21); new base A (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
CAATAACTGACGAATGCGGGCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTGGGTGCCAGG > NC_002947/5618343‑5618631 | caATAACTGACGAATGCGGGCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAAcagcag < 1:647147/150‑1 (MQ=255) aTGCGGGCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCCAGCGCTCGCCGGTGCCTATGGGCTCCCTTGCGGGCTTCCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTcccc < 1:981300/150‑1 (MQ=255) gggCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCcaca > 1:1129631/1‑150 (MQ=255) ggCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAAAACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAg < 1:239029/150‑1 (MQ=255) tgttGGCCCAGCTTGGCCAACAGCGGAAACGCCAACAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAgc > 1:701960/3‑150 (MQ=255) ccAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGt > 1:733482/1‑150 (MQ=255) cAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGtt > 1:584355/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTgccg > 1:1074898/1‑150 (MQ=255) ttggCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTgccgc > 1:588441/3‑150 (MQ=255) tGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTgccgc < 1:818868/150‑1 (MQ=255) aGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCt > 1:210084/1‑150 (MQ=255) gCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCtt < 2:1074898/150‑1 (MQ=255) gAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCa > 2:1058782/1‑150 (MQ=255) gAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCAc > 1:499227/1‑138 (MQ=255) gAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCAc < 2:499227/138‑1 (MQ=255) ccAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCg < 2:891488/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGa > 1:876871/1‑150 (MQ=255) cAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGa < 2:1129631/150‑1 (MQ=255) cAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGa > 2:338214/1‑150 (MQ=255) tGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAgg > 1:591628/1‑150 (MQ=255) tGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATG‑CAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGc < 2:1013073/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATa < 1:1111794/150‑1 (MQ=255) aaGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAACAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATAcc > 1:881204/1‑150 (MQ=255) aaGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAACAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATAcc > 1:668436/1‑150 (MQ=255) gcTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCg > 1:1108861/1‑150 (MQ=255) gAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTgg > 1:314805/1‑150 (MQ=255) tCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGc < 1:1058782/150‑1 (MQ=255) gcATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTgc < 1:612938/86‑1 (MQ=255) gcATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTgc > 2:612938/1‑86 (MQ=255) ggCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGaac < 2:399950/150‑1 (MQ=255) gCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGaaca > 1:334579/1‑150 (MQ=255) ctcGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATCCCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAacac < 2:584355/150‑1 (MQ=255) ctcGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAacac < 1:338214/150‑1 (MQ=255) tcGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTg < 1:113151/130‑1 (MQ=255) tcGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTg > 2:113151/1‑130 (MQ=255) gACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGc > 2:392493/1‑150 (MQ=255) ccATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGtt < 2:558003/118‑1 (MQ=255) ccATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGtt > 1:558003/1‑118 (MQ=255) cATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCg > 1:941991/1‑92 (MQ=255) cATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCg < 2:941991/92‑1 (MQ=255) cATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGa < 2:733482/150‑1 (MQ=255) gCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCtt < 2:659710/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTg < 2:876871/150‑1 (MQ=255) cGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTgg < 2:591628/150‑1 (MQ=255) gCCAACAGCAACAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTGGGTGCCAgg < 2:668436/150‑1 (MQ=255) gCCAACAGCAACAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTGGGTGCCAgg < 2:881204/150‑1 (MQ=255) cagcagcaCACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCca < 2:530611/93‑1 (MQ=255) cagcagcaCACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCca > 1:530611/1‑93 (MQ=255) | CAATAACTGACGAATGCGGGCTTGGCCAAGCTGGGCCAACAGCGGAAACGCCAGCAGGAACACCAGGATGTAGAGCAAGCGCTTGAGCTCGCGCATGGGCTCCTCGGCGGGCGACCATGCCAGGCTCAGCCCGCTCCAGGCCAACAGCAGCAGCACACTCCCCCACAGCGCCGGTTGCCGCCTCCAGGCTTGCACCAGCACACCTCGGGCCGACCAGGCCAATACCAGCGTTGGCAGCCACAAGAACAACACCAGACCTTGCTGATAAACCTTGTTGCTGGGTGCCAGG > NC_002947/5618343‑5618631 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |