Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,704,960 | G→A | 9.1% | P157S (CCA→TCA) | PP_5007 ← | polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,704,960 | 0 | G | A | 9.1% | 114.6 / 3.3 | 44 | P157S (CCA→TCA) | PP_5007 | polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/22); new base A (2/2); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
CAGGTTTGGCCGCTGCAGGCTTGGCTGCTGGCTTAGCTGCAGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCTTGATCTCGTTGCGG > NC_002947/5704813‑5705099 | cAGGTTTGGCCGCTGCAGGCTTGGCTGCTGGCTTAGCTGCAGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCt > 1:1034335/1‑150 (MQ=255) aGGTTTGGCCGCTGCAGGCTTGGCTGCTGGCTTAGCTGCGGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCtt < 1:672380/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAGGCTTGGCTGCTGGCTTAGCTGCAGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCa > 1:382246/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGGNGCa > 1:817823/1‑150 (MQ=255) aaGGTTTTTCCGCTGCGTGTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAg > 2:244169/2‑150 (MQ=255) gTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAgcgc > 2:300915/1‑150 (MQ=255) gTTTTGGCTGCGGTTTTGCCCGCTGCGGTTTTGCGTGCAGGCTTG‑‑‑GGCTCTTCCGATCTCACCGCTATCTGTGTTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGTCGACTTGGTTTCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGc < 1:406926/150‑1 (MQ=255) gTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGc < 2:603005/150‑1 (MQ=255) 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ttG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGACTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAgg < 2:493624/150‑1 (MQ=255) cgccgTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCAc > 1:1092626/1‑150 (MQ=255) gccgTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGAAGAAACCATACCTGCCTAATCTCCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCAcc < 1:300915/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACctgc < 1:203727/150‑1 (MQ=255) ccgcAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCa < 2:163717/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCtt > 2:1091753/1‑139 (MQ=255) ccTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCtt < 1:1091753/139‑1 (MQ=255) ccTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCTTGATCTCGTTGc > 2:14200/1‑150 (MQ=255) ttGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCTTGATCTCGTTGCgg < 2:382246/150‑1 (MQ=255) | CAGGTTTGGCCGCTGCAGGCTTGGCTGCTGGCTTAGCTGCAGGTTTTTCCGCTGCGGTTTTGGCTGCGGGTTTGGCCGCTGCGGTTTTGCCAGCAGGTTTG‑‑‑GCCGCCGCCGTTTTCGCCGCAGGCTTAGCTGCTGCCTTGGCCAGTGGCTTGGCCGCAGCCTTGCTTGCAGCCGGCTTGGTTGCTGCAGCGCGCGACGAAATCGGCGTAACCGAAGCACCGGTCAGCTTCTCGATCTGCTTGGTCAGGCTGTCCACCTGCTGGTGCAGTGCCTTGATCTCGTTGCGG > NC_002947/5704813‑5705099 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |