| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,743,407 | A→C | 8.5% | intergenic (‑184/+63) | fbp ← / ← glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,743,407 | 0 | A | C | 8.5% | 164.1 / 5.1 | 63 | intergenic (‑184/+63) | fbp/glgP | class 1 fructose‑1,6‑bisphosphatase/glycogen phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/26); new base C (3/3); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CACGCAGTTTACAGGGAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATAC > NC_002947/5743259‑5743556 | cgaaggagtgggggcgcaaggcggtattgaacacggcacggatgggctggttctcgtcggaccgcaccattcgcgaatatgccaccgagatctggaaggcattggattgaggtgtgtccattcgcgggcgcgctCGCTCCCACAGGTACa > 1:143249‑M1/135‑150 (MQ=255) ggAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCCACCCGG‑TCAACGGTAAGTGTGTCCATTCGCGGCCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑g > 1:251482/1‑150 (MQ=255) gTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGc < 2:951173/150‑1 (MQ=255) 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gaCTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCgaga > 1:494936/1‑132 (MQ=255) aCTCGCCACGGCTCTCAGCCGGCACAATAGTTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACCGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGt < 2:194587/150‑1 (MQ=255) ctggttctcgtcggaccgcaccattcgcgaatatgccaccgagatctggaaggcattggattgaggtgaggccattcgcgggcgcgctCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGcc > 1:341728‑M1/89‑150 (MQ=255) aCGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcgcg > 1:545840/1‑150 (MQ=255) ggCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 2:190946/150‑1 (MQ=255) 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gCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGACTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGAact > 1:232260/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCg < 1:711549/150‑1 (MQ=255) ttCGCCAGGCAGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGaa < 1:950941/76‑1 (MQ=255) ttCGCCAGGCAGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGaa > 2:950941/1‑76 (MQ=255) tCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGt < 2:20299/150‑1 (MQ=255) attggattgaggtgaggccgttcgcgggcacgccCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGa < 1:4153‑M1/51‑1 (MQ=255) attggattgaggtgaggccgttcgcgggcacgccCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGa > 2:4153‑M1/35‑85 (MQ=255) 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gtgtgtCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCgg > 1:1047443/1‑150 (MQ=255) tgtCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTcc > 1:442591/1‑150 (MQ=255) gtCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCcg > 2:1048709/1‑150 (MQ=255) ccagttgcgGGCGCGCTCGCTCCGACGGGTACCTGGCAAGGCGTGCA‑GCTGGGGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCTCCTCCCAACATTGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCcgac < 2:432080/144‑1 (MQ=255) ccATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCcgac < 1:55255/150‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCaa < 1:899062/102‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCaa > 2:899062/1‑102 (MQ=255) aTTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGAGCGGtgtgtcga > 2:922897/1‑143 (MQ=255) ttCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACgag > 1:188574/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACgag > 1:947830/1‑150 (MQ=255) gggCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCa < 2:442591/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATAc > 2:1125771/1‑150 (MQ=255) aGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATAc > 1:186519/1‑150 (MQ=255) | CACGCAGTTTACAGGGAGAGTGACGGGCTAGCGAGTGATGAGACTCGCCACGGCTCTCAGACGGCACAATAGGTCGGTAGTTCAGCCTTCGCCAGGCCGG‑TGGTCTGGTTGTGTGTCCATTCGCGGGCGCGCTCGCTCCCACAGGTACAGCGCAAGCCTTGAA‑GCTTGCGAGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACGGCCTCACCTCAATCCAATGCCTTCCAGATCTCGGTGGCATATTCGCGAATGGTGCGGTCCGACGAGAACCAGCCCATCCGTGCCGTGTTCAATAC > NC_002947/5743259‑5743556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |