Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,796,178 | C→T | 7.7% | R593H (CGC→CAC) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,796,178 | 0 | C | T | 7.7% | 145.9 / 2.6 | 52 | R593H (CGC→CAC) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/27); new base T (2/2); total (23/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
GCCCTGTTCGGTCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGCGAAGCGTGCTCCGG > NC_002947/5796033‑5796326 | gCCCTGTTCGGTCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCGTTTTCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGAt > 1:336382/1‑150 (MQ=255) cccTGTTCGGTCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATg < 2:251943/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGTTAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTACACCAGAAGTGTGCTCTTGTGTTTATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATgg < 1:976595/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCGGTCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATgg > 2:289265/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGTCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCa < 1:1059675/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGcc < 2:109116/150‑1 (MQ=255) gtggtgCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc > 2:70756/1‑150 (MQ=255) actgcacCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGc < 2:400261/150‑1 (MQ=255) actgcacCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGc > 1:400261/1‑150 (MQ=255) acCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTg < 2:931544/144‑1 (MQ=255) acCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTg > 1:931544/1‑144 (MQ=255) ccAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAg < 2:672479/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGt > 2:772336/1‑150 (MQ=255) cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGt > 1:639115/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGa < 1:233303/150‑1 (MQ=255) ccAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCACAGTTGAgtt < 2:801086/150‑3 (MQ=255) cAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGTGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTc > 2:788124/1‑150 (MQ=255) cAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGTGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTc > 2:788125/1‑150 (MQ=255) cAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGAAAGGGTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTc > 1:68055/1‑150 (MQ=255) cGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTCCGTCGGCCTGGTCGGCAATGTGGCGGATGGCCGCATCCAGACATACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGAt > 1:299223/1‑150 (MQ=255) gAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCTGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATc > 2:552290/1‑150 (MQ=255) gCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCGTTAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGc < 1:674270/150‑1 (MQ=255) cGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCt < 2:379840/150‑1 (MQ=255) cACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCg > 1:799579/1‑150 (MQ=255) cACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCg > 1:918634/1‑150 (MQ=255) cGGCATCGTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTc < 2:279807/150‑1 (MQ=255) gCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGa < 1:257756/129‑1 (MQ=255) gCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGa > 2:257756/1‑129 (MQ=255) cAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGaa < 1:70756/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTc < 2:918634/150‑1 (MQ=255) cccGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTcg < 1:471925/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGACCCCACGCCCAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTTCGGATGGTCTCTTTCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTcgc > 2:971521/1‑150 (MQ=255) atatAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAgg > 2:517795/1‑150 (MQ=255) tataACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGt < 2:1106273/150‑1 (MQ=255) gCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGa > 2:469707/1‑150 (MQ=255) tCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCa > 2:535020/1‑75 (MQ=255) tCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCa < 1:535020/75‑1 (MQ=255) aGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGc < 2:979056/150‑1 (MQ=255) cACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc < 2:698964/78‑1 (MQ=255) cACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc > 1:698964/1‑78 (MQ=255) gggTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTggcgg < 2:639115/150‑1 (MQ=255) cTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCga < 1:351296/150‑1 (MQ=255) tGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGTGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCgaga < 1:788125/150‑1 (MQ=255) tGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGTGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCgaga < 1:788124/150‑1 (MQ=255) acaGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAg > 2:962125/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTGCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCt > 1:291763/1‑150 (MQ=255) ttcttcGGCCTGGTGGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTACAGGCCGACTCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAg < 2:68055/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTc < 2:253487/82‑1 (MQ=255) ggTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTc > 1:253487/1‑82 (MQ=255) tCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGCGaa < 1:289265/150‑1 (MQ=255) ggCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGCGAAGc < 1:263031/150‑1 (MQ=255) gCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGACACTTGGCGGGCGAGCTGACCGGTGAGCTGATTCTGCCCCGCGAAGCTTGCTCCgg < 2:799579/150‑1 (MQ=255) | GCCCTGTTCGGTCAGGCGGTGGTGCACTGCACCAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGCGAAGCGTGCTCCGG > NC_002947/5796033‑5796326 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |