Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC | NC_002947 | 5,610,741 | (CTG)3→5 | coding (105/333 nt) | emrE → | small multidrug resistance protein |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5610732 | 1 (0.000) | 216 (0.970) +CTGCTG |
136/264 | 0.0 | 99.5% | coding (96/333 nt) | emrE | small multidrug resistance protein |
? | NC_002947 | 5610733 = | 1 (0.000) | coding (97/333 nt) | emrE | small multidrug resistance protein |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5610587‑5610732 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAA > NC_002947/5610733‑5610881 |||||| CCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGC > 2:4643278/1‑150 CCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGC > 2:303130/1‑150 CCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGC > 1:627058/1‑150 CAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGC < 2:4638027/150‑1 GTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATG > 2:1175448/1‑150 CTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGT > 2:2530249/1‑150 TAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTG > 2:669425/1‑150 TAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTG > 2:128587/1‑150 AGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGG < 2:916310/150‑1 AGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGG > 2:2770991/1‑150 GCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGC < 2:268961/150‑1 CCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCT < 2:3551825/150‑1 CCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTA > 2:3407765/1‑150 CGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTAT < 2:2175653/150‑1 GCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATG > 1:1111525/1‑150 CTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGG < 1:1800020/150‑1 GTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATT < 1:4603318/150‑1 CGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGT > 2:283708/1‑150 CGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGT < 1:4839343/150‑1 GGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTG < 1:1573017/150‑1 GGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTG < 1:7566/150‑1 TCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGAT < 2:2051861/150‑1 CTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGC > 2:264304/1‑150 CTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGC < 2:2460477/150‑1 TGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCT > 1:1070135/1‑150 TGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCT > 2:1346711/1‑150 TGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCT > 1:3742388/1‑150 GCCATGAATGCCTATACCTACATCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTG > 1:1303708/1‑150 CCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGA > 1:2127300/1‑150 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CATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGT < 1:371943/150‑1 CATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGT > 1:3865652/1‑150 TTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGG > 2:216035/1‑150 TGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGG < 2:346201/150‑1 ATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATT < 1:134265/150‑1 TCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTG > 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GCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGG > 2:4746016/1‑150 CCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATCGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGC < 1:3422335/150‑1 CTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCG < 1:4404356/150‑1 CGCCGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCAGTCCGGTGGGGAGTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCGGG < 2:4781654/150‑1 CGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGA < 2:1587110/150‑1 CGTTGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGA > 2:4113218/1‑150 TGCCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCT < 1:1534830/150‑1 CCACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTAT < 1:2780350/150‑1 CACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATG < 1:4975540/150‑1 CACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATG < 2:2789830/150‑1 CACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATG < 2:3516183/150‑1 ACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGG > 2:4246762/1‑150 ACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGG > 2:4903665/1‑150 ACTGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGG > 2:2312164/1‑150 TGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGC > 1:948951/1‑150 TGCTGCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGC < 2:88054/150‑1 TGCTGCTGCGGTTGGTGGTTGGCTATGGCTTGGCGTTCTGGATGCGGACGCTGGTGGTCCGCAGGATTCCGGTGGGGAGTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGTTTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGA < 2:3866632/150‑1 GCTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAA < 1:174350/150‑1 |||||| CCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5610587‑5610732 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAA > NC_002947/5610733‑5610881 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |