| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,741,273 | +C | intergenic (+464/+288) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,741,273 | 1 | . | C | 98.9% | 655.1 / ‑0.2 | 186 | intergenic (+464/+288) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (79/105); total (79/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
AGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAAC‑TGCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4741125‑4741412 | aGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagc > 2:1105763/1‑149 (MQ=255)aGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagc < 1:2182141/150‑2 (MQ=255) gTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcag > 1:6203265/1‑147 (MQ=255) tAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc < 2:1708689/150‑5 (MQ=255) tAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGAATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc < 2:1387479/150‑5 (MQ=255) gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatcc > 1:2440890/1‑147 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 1:3216881/1‑145 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 1:4649772/1‑145 (MQ=255) 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1:5668906/150‑1 (MQ=255) cTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGc < 1:2942206/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:5672267/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:5293478/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 2:2187109/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 1:4268493/150‑1 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg < 2:71264/150‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt > 1:6263546/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:3969728/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:4377469/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTAAtt < 1:3969605/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:4574438/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:102955/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:5458288/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa > 2:2771785/1‑73 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:2771785/73‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 2:6388257/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa > 1:5513521/1‑150 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 1:341227/150‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 1:6707250/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc < 1:809837/150‑1 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 1:702070/1‑150 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 1:5026088/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCa > 2:5900360/1‑150 (MQ=255) ccTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCa < 2:2343136/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCAc > 1:5195950/1‑150 (MQ=255) cGTGCTTGAG‑CAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 1:1500991/150‑1 (MQ=255) | AGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCTCCGCCAAC‑TGCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4741125‑4741412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |