Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,030,462 | T→G | F173V (TTC→GTC) | PP_0887 → | sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,030,462 | 0 | T | G | 97.7% | 141.7 / NA | 43 | F173V (TTC→GTC) | PP_0887 | sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (24/18); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCA > NC_002947/1030314‑1030608 | cTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGtt > 2:150448/1‑150 (MQ=255) cTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGCTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGa > 1:1142858/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGaa < 2:1142858/150‑1 (MQ=255) cggcggCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTAcc > 2:1186728/1‑140 (MQ=255) cggcggCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTAcc < 1:1186728/140‑1 (MQ=255) cTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGcc < 2:818380/150‑1 (MQ=255) cAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTc < 1:247463/124‑1 (MQ=255) cAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTc > 2:247463/1‑124 (MQ=255) ccGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGCGCATTGCGCTGACGGCCTCTAACTTTCTACTCATGCAGTTTTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCgg < 1:150448/150‑1 (MQ=255) tgtCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGa > 2:938791/1‑150 (MQ=255) tgtCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGa > 2:827091/1‑150 (MQ=255) cGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGc < 2:783008/150‑1 (MQ=255) tATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg > 1:275848/1‑150 (MQ=255) tATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg < 2:406608/150‑1 (MQ=255) tATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg > 1:451155/1‑150 (MQ=255) tATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg < 2:128863/150‑1 (MQ=255) ttACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGt > 2:295653/1‑150 (MQ=255) cTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTAc > 1:634220/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGc > 2:832131/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGTTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGTCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCAt < 1:519102/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCAt < 1:295653/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATg > 2:712175/1‑135 (MQ=255) ccGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATg < 1:712175/135‑1 (MQ=255) gACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTggc < 2:451155/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTggcgg < 1:832131/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg > 1:1027276/1‑114 (MQ=255) ttGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAg < 2:1027276/114‑1 (MQ=255) ccGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCt > 2:661050/1‑150 (MQ=255) gCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGAt > 2:1158651/1‑150 (MQ=255) cTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATc > 2:786904/1‑150 (MQ=255) gTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCAc < 1:827091/150‑1 (MQ=255) gCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAg > 1:758053/1‑68 (MQ=255) gCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAg < 2:758053/68‑1 (MQ=255) tGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTg > 2:677284/1‑150 (MQ=255) tGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCcgcgc > 2:1121319/1‑150 (MQ=255) tCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCcgcgggg > 1:167943/1‑147 (MQ=255) gggCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCAt > 2:617476/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCa < 2:634220/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAg > 1:680390/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCTGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGag > 2:184514/1‑150 (MQ=255) gctgctGGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGCTCTACGGCATGTGGCTTAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCCCCTTTTTTGGCGCGCGCATGTCCGAAGACGTGCTCCGCTAGGagcc > 2:259272/1‑149 (MQ=255) tgctgGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGagcagc < 1:786904/150‑1 (MQ=255) tgctgGTGCAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCAGGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCGTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGagcagc > 2:636436/1‑150 (MQ=255) cAGGTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCa < 1:677284/150‑1 (MQ=255) | CTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCA > NC_002947/1030314‑1030608 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |