Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,843,613 | T→C | N408S (AAC→AGC) | gacS ← | sensor protein GacS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,843,613 | 0 | T | C | 100.0% | 165.1 / NA | 49 | N408S (AAC→AGC) | gacS | sensor protein GacS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/27); total (22/27) |
TGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTT > NC_002947/1843468‑1843758 | tgtgCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGt > 1:542003/1‑150 (MQ=255) aTCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTg > 2:302469/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCaa < 2:542003/150‑1 (MQ=255) aGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAAc < 1:189478/150‑1 (MQ=255) ccGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACggg < 2:328574/150‑1 (MQ=255) gATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTc < 2:18562/150‑1 (MQ=255) tCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGc < 2:1106804/150‑1 (MQ=255) gCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCg > 1:443799/1‑143 (MQ=255) gCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCg < 2:443799/143‑1 (MQ=255) gCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATCGCGATAACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTTGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAgg > 1:518472/1‑150 (MQ=255) cTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGgt < 1:920267/150‑1 (MQ=255) cAACTGCGCGCAGTCTTCGTGATCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGGGAACTTGAGGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCGGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGCTGTGTcgcg < 2:339111/150‑1 (MQ=255) aaCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCgg > 2:1000372/1‑150 (MQ=255) aaCTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCgg > 1:252917/1‑150 (MQ=255) cgcAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCa < 1:708240/150‑1 (MQ=255) cAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAgg < 1:441678/150‑1 (MQ=255) tGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAAt < 1:609076/150‑1 (MQ=255) cTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTc < 1:256294/150‑1 (MQ=255) tCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAgg < 2:1008503/119‑1 (MQ=255) tCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAgg > 1:1008503/1‑119 (MQ=255) tCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTcc > 1:90662/1‑150 (MQ=255) cgcgcACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTggg < 2:208697/150‑1 (MQ=255) cACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGggcggc < 2:688434/150‑1 (MQ=255) acgacgATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCa < 1:577415/115‑1 (MQ=255) acgacgATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCa > 2:577415/1‑115 (MQ=255) gacgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTc > 1:699844/1‑126 (MQ=255) gacgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTc < 2:699844/126‑1 (MQ=255) acgaTGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGa > 2:39189/1‑150 (MQ=255) tGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGa > 1:1137040/1‑150 (MQ=255) ccTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGa > 2:997090/1‑148 (MQ=255) ccTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGa < 1:997090/148‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTg > 2:693826/1‑130 (MQ=255) cTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTg < 1:693826/130‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATgg < 2:1137040/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGAt > 1:888091/1‑99 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGAt < 2:888091/99‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGt > 1:223742/1‑150 (MQ=255) cgGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAgg < 2:252917/150‑1 (MQ=255) gTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAgc > 1:382542/1‑111 (MQ=255) gTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAgc < 2:382542/111‑1 (MQ=255) gTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGgtg > 1:206479/1‑150 (MQ=255) tGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGgtgt > 2:938490/1‑150 (MQ=255) ttGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCa > 2:828322/1‑94 (MQ=255) ttGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCa < 1:828322/94‑1 (MQ=255) ttGATGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTgg < 2:90662/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCa < 1:1000372/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAg < 2:757986/150‑1 (MQ=255) gCGTTGCTGACCAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGCGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAgg > 1:575015/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAACAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGtt > 1:131523/1‑150 (MQ=255) | TGTGCGCACATCCTGAGGTGACAGGCCGATGCCGGTGTCCTGCACGCTGATGCGCAACTGCGCGCAGTCTTCGTGCTCGTCTTCCAGCATGGCGCGCACGACGATGGTGCCTTCGCGGGTGAACTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTTGGTGAGGATCTGCTTGAGCCGCAACGGGTCGCCTACCAGCGAAGCAGGTGTGTCGCGGTAGATCAGGCTCAGCAATTCCAGCTGCTTGGCGTGGGCGGCCGGAGCGAGGATGGTCAGGGTGTCCTGGATCAGGTCCCGCAGGTT > NC_002947/1843468‑1843758 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |