| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,571,717 | Δ1 bp | 12.8% | coding (703/867 nt) | yneJ → | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,571,717 | 0 | C | . | 12.8% | 110.9 / 12.8 | 39 | coding (703/867 nt) | yneJ | LysR family DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/17); new base . (2/3); total (19/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
TCTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGA > NC_002947/3571568‑3571862 | tCTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTGGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCAtgctgc > 1:536283/1‑150 (MQ=255) gcgcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCAtgctgcgcg < 2:658853/141‑4 (MQ=255) gcgcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCAtgctgcgcg > 1:658853/1‑138 (MQ=255) gcCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTc < 1:218666/150‑1 (MQ=255) ccAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGG‑CATGCTG‑CGCGGCAGCATggc > 2:505487/1‑145 (MQ=255) ccAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGG‑CATGCTG‑CGCGGCAGCATggc < 1:505487/147‑3 (MQ=255) cAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGa < 1:510919/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGAc > 1:314794/1‑150 (MQ=255) ttCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTG‑CGCGGCAGCATg < 2:1206432/139‑1 (MQ=255) ttCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTG‑CGCGGCAGCATg > 1:1206432/1‑139 (MQ=255) aTACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACAACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGcc < 1:884012/150‑1 (MQ=255) cTTCGAAAACGGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCAc < 1:687922/150‑1 (MQ=255) ttCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCAcc > 2:732464/1‑150 (MQ=255) gTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTg < 1:732464/150‑1 (MQ=255) gTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAAGGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATAGGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTg > 1:147590/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑gcagc < 2:1003081/96‑1 (MQ=255) cAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑gcagc > 1:1003081/1‑96 (MQ=255) gTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTc > 2:55099/1‑150 (MQ=255) aCCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCg < 1:55099/150‑1 (MQ=255) ggCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTAt > 2:335210/1‑150 (MQ=255) cAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCt < 1:1187829/150‑1 (MQ=255) aTTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGaaa > 2:128472/1‑150 (MQ=255) tCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTcc < 2:1034742/137‑1 (MQ=255) tCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTcc > 1:1034742/1‑137 (MQ=255) cGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑gcagca < 1:849447/74‑1 (MQ=255) cGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑gcagca > 2:849447/1‑74 (MQ=255) 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tCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGtt < 2:829969/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTAt < 1:949844/98‑1 (MQ=255) cGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTAt > 2:949844/1‑98 (MQ=255) ggCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTg < 1:826978/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGaa < 2:700681/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGCACACGTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAg > 1:728519/1‑150 (MQ=255) cTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAg > 2:689327/1‑150 (MQ=255) cATGCTGCGCT‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCt > 2:355170/1‑150 (MQ=255) cATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCGAGCTTAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCt < 1:374676/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCtt > 1:1213473/1‑150 (MQ=255) gcCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga < 2:497913/147‑1 (MQ=255) gcCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTga > 1:497913/1‑147 (MQ=255) | TCTACGCCTTCCGCGCCAACTGTTCATACCGCCATCACTTCGAAAACTGGTTCGTGCAGGACCAGGCGGTACCGGGCAAGATTCACGAAATGGAGTCGTACCACGGCATGTTGGCCTGCGTCAGTGCGGGTGCCGGCCTGGCCATGCTGCCGC‑GCAGCATGCTCGACAATATGCCCGGGTGCAGCACCGTCAGCGCCTGGCCAATGTCGGAGGACTTCCGCTATCTGAAAACCTGGCTGGTATGGCGACGAGGTACGGTCTCGCGCAGTTTGAGCATGTTCGTGAAGTTGCTTGA > NC_002947/3571568‑3571862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |