| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,165,415 | Δ1 bp | 9.1% | coding (2513/3906 nt) | hrpA ← | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,165,415 | 0 | T | . | 9.1% | 161.5 / 10.4 | 55 | coding (2513/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/26); new base . (3/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CCGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTC > NC_002947/5165269‑5165557 | ccGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTcgc > 1:873560/1‑150 (MQ=255)ccGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTcgc > 1:663865/1‑150 (MQ=255) ggCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 2:10587/150‑4 (MQ=255) gCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGt > 2:1400966/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtc > 1:282952/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCCACCCCCGCG‑CTCGAGCACGtc > 2:748162/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CAGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtcc < 2:217154/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTcgc < 1:982581/150‑1 (MQ=255) cGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGCGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTCCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCAt < 2:123041/150‑1 (MQ=255) ccGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATcag > 2:1417480/1‑150 (MQ=255) ctcACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTTGTCGCTCAGCTGCAGTCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCATCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATcagc < 2:1156385/148‑1 (MQ=255) aCCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGGAAGAGCAC‑ACGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATcagcaag > 1:1156385/1‑148 (MQ=255) aCCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAgg < 1:1400966/150‑1 (MQ=255) aCCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa > 2:966529/1‑123 (MQ=255) aCCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCC‑CGCGAGGCCAGcgaa < 1:966529/126‑4 (MQ=255) gTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTg < 2:663865/150‑1 (MQ=255) acacCATCAGGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtc < 2:284753/122‑1 (MQ=255) acacCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGtc > 1:284753/1‑122 (MQ=255) acacCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCg < 1:979615/150‑1 (MQ=255) acCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTc > 2:934253/1‑150 (MQ=255) cATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCt < 1:1059491/150‑1 (MQ=255) cACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCtttt < 1:376335/150‑1 (MQ=255) aCGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTg > 2:1346482/1‑150 (MQ=255) gAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCa > 2:968519/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCa < 1:897258/150‑1 (MQ=255) aGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTc < 1:1305129/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGcc < 1:1346482/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCg < 1:1417480/150‑1 (MQ=255) aGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTc > 1:120296/1‑150 (MQ=255) gcAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGc < 2:755939/68‑1 (MQ=255) gcAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGc > 1:755939/1‑68 (MQ=255) gcAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGACAGCACGTCCTCCTCGCGCCTGATAAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTTCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCtggt < 2:873560/150‑1 (MQ=255) gcAGATCCCCCACCTGTAGACTGTCGGTGTACTGAGCGG‑CGGTCACTGCGCTGGCCTCGCG‑GTCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTTGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCtggt < 2:629663/150‑1 (MQ=255) cAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCTTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCtggtg < 1:968519/150‑1 (MQ=255) gATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGt > 1:567771/1‑93 (MQ=255) gATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGt < 2:567771/93‑1 (MQ=255) ccACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGcc < 1:474756/134‑1 (MQ=255) ccACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGcc > 2:474756/1‑134 (MQ=255) cACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTccgc < 1:618590/150‑1 (MQ=255) aCCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACGTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTccgcc > 1:824948/1‑150 (MQ=255) aTACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCCGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAgg > 2:657000/1‑150 (MQ=255) tACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGgc > 1:782166/1‑150 (MQ=255) tGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCaa < 1:561705/107‑1 (MQ=255) tGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCaa > 2:561705/1‑107 (MQ=255) tGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGgcgcg > 1:1031954/1‑150 (MQ=255) cGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTGCCATCTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCtt < 1:748162/150‑1 (MQ=255) gggTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTTCAG‑CGTCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCa < 2:824948/150‑1 (MQ=255) cTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACGCACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGTGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGttt > 1:1022468/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACa < 1:1311323/143‑1 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACa > 2:1311323/1‑143 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 1:829699/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 2:1382190/1‑150 (MQ=255) cgtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttc > 1:794433/4‑150 (MQ=255) gtgCTGGCC‑CGCGAGGCCAGCACGTCGTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCAATGCGGTACCAACTGTCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGTTTCATTAAAAGCGTACAGCGTttct > 2:229757/3‑150 (MQ=255) gCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTttcttc < 1:934253/150‑1 (MQ=255) | CCGGCAGGCTCGGCAACAGCGGTGCCGGCACCCGCACCGTCACACCATCACGGGGGTGGCCGGGCTCGAAGTGGTAGCTCAGCGGCAGGCGCAGATCGCCCACCTGCATACTGTCGGGGTACTGTGCGG‑CGGTCACTTCGCTGGCCTCGCG‑GGCCAGCACGTCCTCCTCGCGCATGATCAGCAGGTTGGCGTCCTTTTGGCTGCCCATGCGGTACCAACTATCAAAGGTCGCCGTCTGGTGGATTTCCGCCGGCAGGCGCGCTTCATAGAAAGCGTACAGCGTTTCTTC > NC_002947/5165269‑5165557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |