| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,574,842 | Δ1 bp | 7.3% | coding (503/1041 nt) | motB ← | flagellar motor rotation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,574,842 | 0 | A | . | 7.3% | 161.6 / 7.3 | 55 | coding (503/1041 nt) | motB | flagellar motor rotation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/25); new base . (2/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCG > NC_002947/5574694‑5574988 | ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTCGACCTGTACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGaa < 1:602475/150‑1 (MQ=255)ccAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATACGCAGCTTACCACGGACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGaa < 1:738096/150‑1 (MQ=255) tACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAtcg < 2:271543/150‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTTCG‑ACAtcggt < 1:1214408/150‑1 (MQ=255) gTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAATAtcggtcg < 2:313651/150‑1 (MQ=255) tATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACAtcggtcgg > 1:610628/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGTATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTTCG‑ACAtcggta > 1:809124/1‑142 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGTATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATGTTCG‑ACAtcggta < 2:809124/143‑2 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTtctc < 2:610628/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTtctc > 2:449497/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTtctc < 2:1090405/150‑1 (MQ=255) cGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTg < 1:619221/150‑1 (MQ=255) ttGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATa < 1:3477/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCt < 1:1202562/131‑1 (MQ=255) gCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCt > 2:1202562/1‑131 (MQ=255) ccGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCAATGACGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa < 2:1182620/150‑1 (MQ=255) ccGCTGATGCTGACCTTGTTCGGAACCGCCTGGATTTTGTCAGCCATTGCCAGCAGGCTATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGa > 1:1101961/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCg > 1:224793/1‑104 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCg < 2:224793/104‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATa < 2:1285711/121‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATa > 1:1285711/1‑121 (MQ=255) gTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGt < 2:15933/135‑1 (MQ=255) gTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGAt > 1:459313/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTAAGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGt > 1:15933/1‑135 (MQ=255) ttCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc > 2:910588/1‑150 (MQ=255) gaaCCGCCTTGATGTTCACCGACATGCCCACTATGTTATTTTCGAAATATTGCTTCATGTGCTCTTTACCTATG‑TCGAACATCGGTCCGTTCTCGTCATCCATGATCTGGATACGCAGCCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGt < 2:156640/148‑1 (MQ=255) aCCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGCAGGCCACGCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTACTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTcc > 1:1314890/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGCGCATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCtt < 1:455482/150‑1 (MQ=255) cTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGaa < 2:586552/150‑1 (MQ=255) tGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGcc < 1:1383578/109‑1 (MQ=255) tGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGcc > 2:1383578/1‑109 (MQ=255) tGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCt > 2:4823/1‑150 (MQ=255) ggTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTg > 1:894974/1‑150 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGc < 2:586878/141‑1 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGc > 1:586878/1‑141 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtct > 2:1219984/1‑148 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTtct < 1:1219984/148‑1 (MQ=255) agcagGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTctct > 2:1378318/1‑150 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAc > 1:669300/1‑150 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAc > 1:1352705/1‑150 (MQ=255) gATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAc < 2:1314890/150‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTcc > 2:631956/1‑85 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTcc < 1:631956/85‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc > 2:1229430/1‑106 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATc < 1:1229430/106‑1 (MQ=255) ttCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGtt < 1:4823/150‑1 (MQ=255) aaGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc > 1:225276/1‑141 (MQ=255) aaGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc < 2:225276/141‑1 (MQ=255) aGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCa < 1:910588/150‑1 (MQ=255) ggCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTcc > 1:1231822/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTgca < 2:669300/150‑1 (MQ=255) gcgcTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTc < 1:1393981/99‑1 (MQ=255) gcgcTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTc > 2:1393981/1‑99 (MQ=255) tACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc > 1:637019/1‑119 (MQ=255) tACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCAcc < 2:637019/119‑1 (MQ=255) aCCGATGTTCG‑ACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAg > 1:1030041/1‑150 (MQ=255) tCGAACATCGGTCGGTTATCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGAcgctcg > 2:838040/1‑150 (MQ=255) | CCAGTTACCGTATTCGCCAGTGCCGGCATACGGCTTGGCATCGGTATGGCCGCTGATGCTGACCTTGTTCGGCACCGCCTTGATGGTGTCAGCCATGGCCAGCAGGATATCTTCGAAGTAGGGCTGCAGGCGCGCGCTACCGATG‑TCGAACATCGGTCGGTTCTCGGCATCCATGATCTGGATACGCAGGCCGTCCTGAGTGATCTCGAACAGGATCTGGTCCTTGAACTTCTGCAGCTGCGGGTTCTCTTCCACCTTGTTCTGCAGTTCCTGCAGCAACAGCTCCAGACGCTCG > NC_002947/5574694‑5574988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |