| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,426,669 | Δ1 bp | 11.6% | coding (268/942 nt) | PP_2127 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,426,669 | 0 | C | . | 11.6% | 116.3 / 12.5 | 43 | coding (268/942 nt) | PP_2127 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/20); new base . (3/2); total (21/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
AACTCGTCGGGCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTGAGGCCACGCACA > NC_002947/2426530‑2426818 | aaCTCGTCGGGCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGgcgc > 2:685004/1‑150 (MQ=255) cTCGTCGGGCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCCCGGCCGAGCT‑GGCCGAGCGCat < 2:883870/150‑2 (MQ=255) gtcgGGCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCGGGCGCTCGACTTCTTGCGCCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTg < 2:200700/150‑1 (MQ=255) gggCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGAt < 1:888036/150‑1 (MQ=255) gggCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGAt > 1:287682/1‑150 (MQ=255) ggCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATc < 2:259779/150‑1 (MQ=255) gcCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGTCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTgg > 1:1335897/1‑150 (MQ=255) aGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCgcccagg < 2:261717/150‑1 (MQ=255) aCTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCgcccaggccca > 2:185119/1‑150 (MQ=255) tGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCTGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGt < 1:1176998/150‑1 (MQ=255) gCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGtt < 2:287682/150‑1 (MQ=255) gCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGCCCGATGTCGTCGTGCAGTTCTCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCAGCTTTCGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCGGGTGGATCGTCGTGTGTCGCAGTCCCAGTTGtccga > 2:85156/1‑146 (MQ=255) gCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGAc < 2:486889/125‑1 (MQ=255) gCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGAc > 1:486889/1‑125 (MQ=255) gCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCACGTCTTCTTGCACCTTTAGCTTGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCAccc > 1:530775/1‑150 (MQ=255) aGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCCCAAGGTTGGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCg > 1:448157/1‑150 (MQ=255) gTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCa > 1:411542/1‑150 (MQ=255) gACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACt < 1:685004/150‑1 (MQ=255) cGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCCCGGCCGAGCT‑GGCCGAGCGCatg > 2:1170680/1‑87 (MQ=25) cGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCCCGGCCGAGCT‑GGCCGAGCGCatg < 1:1170680/89‑3 (MQ=37) cGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTAGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTgca > 2:593518/1‑150 (MQ=255) aTGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTgcagc > 1:515026/1‑150 (MQ=255) gtcgtcGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCAc < 1:475058/150‑1 (MQ=255) tGCAGTTCCCGGCCCAGAGGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGGGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAgg > 2:57331/1‑150 (MQ=255) cccAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGAtt < 2:411542/150‑1 (MQ=255) cccAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACAAGCAGGCTGGCCGGGAtt < 1:825783/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGtt < 1:185119/150‑1 (MQ=255) gcTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCgcccaggccca < 1:273918/78‑1 (MQ=255) gcTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCgcccaggccca > 2:273918/1‑78 (MQ=255) gTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAg < 1:791097/147‑1 (MQ=255) gTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGACCAg > 2:791097/1‑147 (MQ=255) ttGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTAGGCCAGGTACAgcgc > 2:989954/1‑150 (MQ=255) cACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCAt < 2:159480/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGtt > 1:1176382/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGtt > 1:1141829/1‑150 (MQ=255) tGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTgg < 1:593518/150‑1 (MQ=255) ctGCGCCCGGCCGAGCT‑GGCCGAGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATc > 1:250276/2‑150 (MQ=255) tGCGCCCGGCCGAGCT‑GGCCGAGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCa > 1:508879/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTg < 1:85156/149‑1 (MQ=255) cTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGCCCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGAGTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTGa < 2:162759/150‑1 (MQ=255) cTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTGa < 2:1335897/150‑1 (MQ=255) ggCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTgg > 2:687352/1‑116 (MQ=255) ggCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTgg < 1:687352/116‑1 (MQ=255) cGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTGAGGCCACGcaca < 2:530775/150‑1 (MQ=255) | AACTCGTCGGGCATGCGCCGTTGCAGCCACTGCAGTTGCAGCTTGGCAGCGGTGAGCAGTTGACCGATGTCGTCGTGCAGTTCCCGGCCCAGATGCTGGCGCTCGTCTTCTTGCACCTTGAGCATGCGCTCGGCC‑AGCTCGGCCGGGCGCAGGTGGATCGACCTGGCGCCCAGGCCCAGTTGTACAACAGCACCCAGCGTGGCGACCAACTGCAGCACCAGCAGGCTGGCCGGGATTGCCTGGTTGGCCAGGTACAGCGCCATGTTGGCAATCAGTGAGGCCACGCACA > NC_002947/2426530‑2426818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |