| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,280,602 | Δ1 bp | 5.2% | coding (71/564 nt) | PP_2880 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,280,602 | 0 | T | . | 5.2% | 240.8 / 6.7 | 77 | coding (71/564 nt) | PP_2880 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/39); new base . (2/2); total (35/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
GTGCCAGGGGGCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCATTTACCAAT > NC_002947/3280456‑3280751 | ttGCCAGGGGGCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTgg > 1:1381592/2‑150 (MQ=255) tGCCAGGGGGCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGc < 2:865100/150‑1 (MQ=255) ccAGGGGGCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGCAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑a > 1:527489/1‑150 (MQ=255) ggggCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑Agc‑gc < 2:786764/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑Gcgccg > 1:781722/1‑150 (MQ=255) cTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGctgctg < 2:828010/150‑1 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAGGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑CGC‑GCCACgctgaggg > 2:304089/1‑146 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCgctgc < 1:69870/147‑1 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCgctgc > 2:69870/1‑147 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTgg < 1:1210661/150‑1 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGC‑TGGCCAAgc‑gcgggg < 2:724821/143‑4 (MQ=255) tCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGC‑TGGCCAAgc‑gcgggg > 1:724821/1‑140 (MQ=255) aGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGcc > 1:629174/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCa < 2:149627/150‑1 (MQ=255) gCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCa < 2:74363/150‑1 (MQ=255) cTCCTGGAATACCACCTACATAAACAGATCGTTCTTTGACGGGAAGTGTTTTTAGAAGGCAGCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCTCCCCGGTACTCGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAg < 2:552448/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGc > 2:256595/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCCTGGCC‑AGCAGCGGCGC‑GCTGGCCaagc < 2:559197/150‑4 (MQ=255) accTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCgg < 1:578782/150‑1 (MQ=255) ccTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCggg > 2:392845/1‑150 (MQ=255) cTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGctgctg < 2:586113/130‑1 (MQ=255) cTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGctgctg > 1:586113/1‑130 (MQ=255) gTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGc > 2:926753/1‑150 (MQ=255) aaCAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGCAGCGGCGC‑GCTGGCCaa > 2:856313/1‑127 (MQ=255) aaCAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGCAGCGGCGC‑GCTGGCCaa < 1:856313/128‑2 (MQ=255) aaCAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGt < 2:265233/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt < 2:629174/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt < 2:781722/150‑1 (MQ=255) cTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATTAACCCGGCCACGCCGGTACTGACAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGtt < 2:551497/150‑1 (MQ=255) cTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGtt > 2:140089/1‑150 (MQ=255) gggAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa > 2:1348435/1‑146 (MQ=255) gggAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa > 2:1348874/1‑146 (MQ=255) gggAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa < 1:1348874/146‑1 (MQ=255) gggAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa < 1:1348435/146‑1 (MQ=255) ggAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAgc < 1:256595/150‑1 (MQ=255) ttGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGCGTAGCGCATTcac > 2:475754/1‑150 (MQ=255) ttGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTcac > 2:491385/1‑150 (MQ=255) aaGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCt > 2:58163/1‑150 (MQ=255) ggCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCg < 2:798958/150‑1 (MQ=255) cgccgGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCaaa < 1:491385/150‑1 (MQ=255) gccgGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTATCGCATTCACATGCCTCGGCAAAc < 2:84871/150‑1 (MQ=255) gccgGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAAc > 1:1325005/1‑150 (MQ=255) ccgGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACa < 2:1325005/150‑1 (MQ=255) ggCCGATCGATTTCACCAACCCGGAAACGGCGGTACTGGCAAAACCCACGCGCTTGGCC‑AGC‑TCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTGTTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGa < 1:195368/150‑1 (MQ=255) gCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGAc > 2:223068/1‑150 (MQ=255) gATCGCTTTCATCAGCCCGGCCACGCCGGTACTGGTATTACCGCAGCAGTTGGCC‑AGC‑TCTGCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCTTCGGCAAACAGGCTTTACGAt < 2:665905/150‑1 (MQ=255) gATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTc < 2:604269/131‑1 (MQ=255) gATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTc > 1:604269/1‑131 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt < 1:804591/93‑1 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt > 2:804591/1‑93 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt < 1:449654/93‑1 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGttt > 2:449654/1‑93 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa > 1:429860/1‑105 (MQ=255) tttCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa < 2:429860/105‑1 (MQ=255) caACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTACCGCATTCACATGACTCGGCAGACAGGCTTTACGATGACCGCGATCAt < 1:392845/150‑1 (MQ=255) gcgtggCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTTGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGa > 2:29317/6‑133 (MQ=255) gcgtggCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGa < 1:29317/128‑1 (MQ=255) gCCACGCCGGTACTGGCAAAACCACCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAg > 1:416108/1‑150 (MQ=255) ccACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGc < 1:475754/150‑1 (MQ=255) gTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa < 2:1255395/83‑1 (MQ=255) gTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGa > 1:1255395/1‑83 (MQ=255) aCTGGCAAAACCACCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTAc < 2:416108/150‑1 (MQ=255) tGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCggg > 1:1137647/1‑57 (MQ=255) tGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCggg < 2:1137647/57‑1 (MQ=255) gCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTaaa > 1:825915/1‑150 (MQ=255) aCCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATc < 1:926753/150‑1 (MQ=255) cccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAAcc < 1:562193/97‑2 (MQ=255) cccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACa > 2:562193/1‑97 (MQ=255) cccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCAt > 1:1375905/1‑120 (MQ=255) cccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCAt < 2:1375905/120‑1 (MQ=255) gcgcgC‑TGGCCAAGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGAc > 2:1218727/2‑104 (MQ=255) gcgcgC‑TGGCCAAGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGAc < 1:1218727/103‑1 (MQ=255) ccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAAc > 1:1043979/1‑122 (MQ=255) ccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAAc < 2:1043979/122‑1 (MQ=255) ccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCAttt > 2:124250/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCAttt > 1:490738/1‑150 (MQ=255) ggcTGGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCATTTAcc < 1:850172/149‑1 (MQ=255) ttGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCATTTACCAAt < 1:223068/150‑1 (MQ=255) | GTGCCAGGGGGCTGTTGCTCAGCTCCTGGCGTACCACCTCGGTAAACAGGTCGTCCTTGGACGGGAAGTGGTTGTAGAAGGCACCGCCGGTCAGGCCGATCGCTTTCATCAACCCGGCCACGCCGGTACTGGCAAAACCCCCGCGCTTGGCC‑AGC‑GCGCCGCTGCTGGCCAGCAACCGTTCGCGGGTTTGCTGTTTGTGTTCGTTGGAGTAGCGCATTCACATGCCTCGGCAAACAGGCTTGACGATGACCGCGATCATAACATAGCGTTCGTTTACTAAACGATCATTTACCAAT > NC_002947/3280456‑3280751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |