| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,610,907:1 | +A | 9.7% | coding (2820/3396 nt) | mcoA ← | Mn(II) copper oxidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,610,907 | 1 | . | A | 9.7% | 218.7 / 19.4 | 62 | coding (2820/3396 nt) | mcoA | Mn(II) copper oxidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (24/32); new base A (3/3); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
TGCCGTCCGTGCTCACGGTACCCTGGCCGGAGTCCGGCTGGCTGAGGCCGGTGACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTC > NC_002947/3610759‑3611050 | tgcCGTCCGTGCTCACGGTACCCTGGCCGGAGTCCGGCTGGCTGAGGCCGGTGACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑a > 2:772935/1‑150 (MQ=255)tgcCGTCCGTGCTCACGGTACCCTGGCCGGAGTCCGGCTGGCTGAGGCCGGTGACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAACACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑a > 1:848922/1‑150 (MQ=255) gcCGTCCGTGCTCACGGTACCCTGGCCGGAGTCCGGCTGGCTGAGGCCGGTGACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑Ac < 1:658953/150‑1 (MQ=255) 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gCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTa > 2:1336450/1‑150 (MQ=255) tGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAac > 1:263560/1‑150 (MQ=255) gTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTTGTGCGGAACGTTGGCAGGc < 1:842045/128‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTTGTGCGGAACGTTGGCAGGc > 2:842045/1‑128 (MQ=255) cAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGccatc < 1:893291/150‑1 (MQ=255) aCGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGccatcccat > 2:327169/1‑150 (MQ=255) cGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGccatcccatc > 1:437792/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTg > 1:1300951/1‑110 (MQ=255) gTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTg < 2:1300951/110‑1 (MQ=255) ttCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCt < 1:775111/150‑1 (MQ=255) ttCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCt < 1:294174/150‑1 (MQ=255) ttCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCt > 1:354249/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTGGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTgg < 1:1266056/150‑1 (MQ=255) ggTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAg > 2:124917/1‑150 (MQ=255) aTCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCggg > 1:1250085/1‑150 (MQ=255) aTCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCggg < 2:437792/150‑1 (MQ=255) aTCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGCGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCggg < 1:46251/150‑1 (MQ=255) 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tGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTAc > 1:118663/1‑150 (MQ=255) cAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCt < 2:1250085/150‑1 (MQ=255) cGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGaa < 2:1079305/150‑1 (MQ=255) cACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTgg < 1:1220833/76‑1 (MQ=255) cACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTgg > 2:1220833/1‑76 (MQ=255) accTGTCG‑TGGCCAACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCAt > 2:427444/3‑94 (MQ=255) accTGTCG‑TGGCCAACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCAt < 1:427444/92‑1 (MQ=255) aCTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGACGTCATCGTCGTCATCGGTTTTAGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCAGGGTGGGCATTACCTGGAACTGcccgag > 2:488469/1‑147 (MQ=255) tGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACTGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGgt < 1:488469/150‑1 (MQ=255) tcgtGGCCAACGACA‑GTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGc < 2:428049/57‑1 (MQ=37) tcgtGGCCAACGACA‑GTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGCTTTGGTGc > 1:428049/4‑60 (MQ=25) cGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGtt < 2:534278/150‑1 (MQ=255) gTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTc < 1:327169/150‑1 (MQ=255) c‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTa > 1:1378347/1‑122 (MQ=255) c‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTa < 2:1378347/122‑1 (MQ=255) | TGCCGTCCGTGCTCACGGTACCCTGGCCGGAGTCCGGCTGGCTGAGGCCGGTGACCGTGAGCGGTACGTTGCCGTCCGGGTCGCTGTCGTTGGCCAGCACGTTCAGGGTGATCGGCTTGCCTGCAGTCGTTGCGGCACTGTCGTTGGCC‑ACGACAGGTGGTTTGTTGGCCGGGTCGTCATCGTCGTCATCGGTTTTGGTGCGGAACGTTGGCAGGCCTACCGAGGCCATGTAACGCACGCCATCCCATCCTGGCAGCGGGGTGGGCATTACCTGGAACTGCCCCGGGTGTTC > NC_002947/3610759‑3611050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |