| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,073,161:1 | +G | 7.1% | coding (346/1308 nt) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,073,161 | 1 | . | G | 7.1% | 223.2 / 10.7 | 56 | coding (346/1308 nt) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (30/22); new base G (2/2); total (32/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
TGCTGTCTTCAGCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATCCGCACCGGCACGAC > NC_002947/4073014‑4073302 | tGCTGTCTTCAGCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑Ct < 1:7307/150‑1 (MQ=255) tCTTCAGCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGTTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGAcg > 1:608712/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCTAAGGTGCCAACACGGAAGAGCAGGGGTATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCCGGTCGCCAGC‑CTTGAcgcg > 1:461571/1‑150 (MQ=255) gCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTgg > 1:553326/1‑150 (MQ=255) tACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGcct > 1:285547/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGccttcc > 1:1016686/1‑150 (MQ=255) tttATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCCAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGaa > 1:1243522/1‑150 (MQ=255) tttATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGaa > 2:121208/1‑150 (MQ=255) tttATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGaa < 1:149792/150‑1 (MQ=255) tctataGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGaa > 1:141104/3‑150 (MQ=255) ataGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGATGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTg < 1:1268267/150‑1 (MQ=255) cTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCgcc > 1:108441/1‑150 (MQ=255) tcttcAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCAcgc < 2:608712/150‑1 (MQ=255) tcttaAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGCGCCTTCGGCCTGCGGCAGGTCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCAcgc < 2:1016686/150‑1 (MQ=255) cAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTCCGCCAGCCACGCGGCt < 2:461571/150‑1 (MQ=255) cTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACAtt > 2:278422/1‑150 (MQ=255) tGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGGTTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTg > 1:12778/1‑150 (MQ=255) ttCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGAcc < 2:841669/150‑1 (MQ=255) ttCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGGCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGAcc > 2:1155124/1‑150 (MQ=255) tCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGAGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGACAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCg < 1:1387081/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTa > 1:269748/1‑150 (MQ=255) gcCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAg < 1:926805/99‑1 (MQ=255) gcCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAg > 2:926805/1‑99 (MQ=255) cAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGc < 2:1282556/72‑1 (MQ=255) cAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGc > 1:1282556/1‑72 (MQ=255) tGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCgg < 2:1243522/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTg > 1:60750/1‑87 (MQ=255) ccTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTg < 2:60750/87‑1 (MQ=255) ccTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTa > 2:1219476/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAAc > 1:82502/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAAcc < 1:121208/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGt < 2:315875/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGt > 1:315875/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTg < 1:651584/126‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTg > 2:651584/1‑126 (MQ=255) ccTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGCTAGATTTCGGAGAGCAGCTCGCCCGC‑GTTGACGCTCTGGCCGTCCGGGAACGGGATGTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGc > 2:1230933/1‑150 (MQ=255) ggCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCttt < 2:553326/150‑1 (MQ=255) atgcgatAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTgtag > 1:990622/1‑150 (MQ=255) tgcgatAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTgtagt < 1:1219476/150‑1 (MQ=255) atAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTagag > 1:1266039/1‑150 (MQ=255) aaGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAggg < 1:1301316/150‑1 (MQ=255) gaactggtgaaaatccacttcaaggaagGCCAGCGCGTCAAG‑GCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAgg < 1:172481‑M1/118‑1 (MQ=255) gaactggtgaaaatccacttcaaggaagGCCAGCGCGTCAAG‑GCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAgg > 2:172481‑M1/29‑146 (MQ=255) cGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACTGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTa < 1:1155124/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATcc > 2:630093/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGNTGGCCTTCCTTGNAGTGGANTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCACGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATCCGCAc > 1:1139595/1‑150 (MQ=255) ttcaaggaagGCCAGCGCGTCAAG‑GCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAg < 1:355632‑M1/103‑1 (MQ=255) ttcaaggaagGCCAGCGCGTCAAG‑GCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAg > 2:355632‑M1/11‑113 (MQ=255) agcagGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATCCGCACCGGc > 1:765371/1‑150 (MQ=255) gTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCATTTTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATCCGCACCGGCacgac > 1:100037/1‑150 (MQ=255) gTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGGAGTCGCCTATCCGCACCGGCacgac > 2:157242/1‑150 (MQ=255) GCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTaga > 1:732814‑M1/1‑116 (MQ=255) GCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTaga < 2:732814‑M1/116‑1 (MQ=255) CCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTagag < 2:1082317‑M1/116‑1 (MQ=255) CCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTagag > 1:1082317‑M1/1‑116 (MQ=255) catc‑cTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTg < 1:878611/77‑1 (MQ=255) CAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTg < 2:878611‑M1/80‑1 (MQ=255) C‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTg < 2:381135‑M1/92‑1 (MQ=255) C‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTg > 1:381135‑M1/1‑92 (MQ=255) | TGCTGTCTTCAGCGTACAGGCCTTTATAGCGGGCCAGGTCGACCTGAGCGTTCTTCAACTGTGCCTGGTTCTGCGCCAAGGTGCCTTCGGCCTGCTGCAGGGCGATGCGATAAGGGCGCGGGTCGATTTCGGCCAGCAGGTCGCCAGC‑CTTGACGCGCTGGCCTTCCTTGAAGTGGATTTTCACCAGTTCGCCAGCCACGCGGCTGCGCACATTGACCGTATTGGTCGCGGTAACCGTGCCCAAGGCTTTGTAGTAGAGGGGGAAGTCGCCTATCCGCACCGGCACGAC > NC_002947/4073014‑4073302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |