| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,385,526:1 | +A | 10.7% | coding (395/576 nt) | PP_2093 ← | two‑component system response regulator NasT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,385,526 | 1 | . | A | 10.7% | 195.2 / 18.6 | 56 | coding (395/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (27/23); new base A (3/3); total (30/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGC > NC_002947/2385382‑2385675 | gCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑Ccagc > 2:61827/1‑150 (MQ=255) tGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaattgg < 2:803533/150‑6 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAg < 2:136876/150‑1 (MQ=255) cTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAg > 1:988088/1‑150 (MQ=255) ttCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGACTGCTCGATCCGCTTGCGTTCGGCCACTTGCAGGTCGGGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGt < 1:32231/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTc < 1:547345/150‑1 (MQ=255) tCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCttt > 2:470686/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCttt > 2:484620/1‑145 (MQ=255) gCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCttt < 1:484620/145‑1 (MQ=255) gCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAg > 2:1252862/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTACATTTTCCTCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCGGCATCTGTGCCTTCATTGCCTGGTCTCTTTCGAAg > 2:277543/1‑150 (MQ=255) cTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCg < 1:102537/150‑1 (MQ=255) gACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCa > 1:415873/1‑150 (MQ=255) cATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGAAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGc < 2:808347/150‑1 (MQ=255) tgtAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCa < 2:371777/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATc < 2:762331/150‑1 (MQ=255) cTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCgg > 1:286248/1‑150 (MQ=255) cTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCgg > 1:380455/1‑150 (MQ=255) gCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg > 2:241422/1‑125 (MQ=255) gCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg < 1:241422/125‑1 (MQ=255) ttCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCt < 1:33682/104‑1 (MQ=255) ttCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCt > 2:33682/1‑104 (MQ=255) ttCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAg > 1:1306853/1‑150 (MQ=255) ttGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCtgt < 2:282660/87‑1 (MQ=255) ttGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCtgt > 1:282660/1‑87 (MQ=255) aGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCgcag > 2:560464/1‑150 (MQ=255) tCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaatt < 1:143666/79‑4 (MQ=38) tCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGG‑CGCGCGACcagcaatt > 2:143666/1‑76 (MQ=38) ccTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGCTCGGCTGCAGCCGCGCAGCAt < 2:380455/150‑1 (MQ=255) ttCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATgg > 1:1308503/1‑150 (MQ=255) ttCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATgg < 1:61827/150‑1 (MQ=255) atcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcg > 2:674756/1‑150 (MQ=255) tcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga < 2:286248/150‑1 (MQ=255) tcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga > 2:565784/1‑150 (MQ=255) tcaGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTcga > 2:1331162/1‑150 (MQ=255) caGCAAGCCATTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCtt < 2:913280/146‑1 (MQ=255) caGCAAGCCATTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCtt > 1:913280/1‑146 (MQ=255) gCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg < 1:1006707/95‑1 (MQ=255) gCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCgg > 2:1006707/1‑95 (MQ=255) cTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCt < 1:835826/56‑1 (MQ=255) cTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCt > 2:835826/1‑56 (MQ=255) ccTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGa > 1:464000/1‑150 (MQ=255) tCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcct < 1:565784/150‑1 (MQ=255) tGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcctgcct < 1:1331162/150‑1 (MQ=255) ttGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcct < 1:888139/141‑1 (MQ=255) ttGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCcct > 2:888139/1‑141 (MQ=255) gTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCt > 2:602972/1‑150 (MQ=255) gTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCt > 1:129899/1‑150 (MQ=255) cGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGgc < 2:129899/150‑1 (MQ=255) ggCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAg > 1:105474/1‑121 (MQ=255) ggCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAg < 2:105474/121‑1 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTc > 2:725957/1‑47 (MQ=255) gCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTc < 1:725957/47‑1 (MQ=255) gctGCTGG‑CGCGCGACCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAGGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGc > 2:790577/3‑80 (MQ=255) gctGCTGG‑CGCGCGACCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAGGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGc < 1:790577/78‑1 (MQ=255) ctGCTGG‑CGCGCGACCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGcatcat > 1:579042/2‑150 (MQ=255) g‑cCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGc < 1:1252862/150‑1 (MQ=255) | GCAACCTGGATCAGCTTCTGCTGCCGGCTCATGGCCTGGCGACGCATCAGGGTGTAGGCCTGCTCTTCGTTGCAGTCCTTCATTTTCATCAGCAAGCCCTTGGCCTGCTCGATGCGCTTGCGTTCGGCCAATTGCTGGTCGCGCG‑CCAGCAGCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGC > NC_002947/2385382‑2385675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |