New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2471529 = | 48 (0.910) | 6 (0.120) | 5/242 | NT | 11.3% | coding (1051/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | 2471558 = | 47 (0.910) | coding (1080/1182 nt) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
CCTGGAAGGCCGCGGCCTGCCGGTGGGGTTGTTCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCA > NC_002947/2471381‑2471676 | gtacgaaggtaccgctctgctcggcgaactgaattctaccggtcctcattgaaggttcctgctcaacaccaatagggcgatatcatccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctgc > 2:300051‑M1/149‑150 (MQ=255) cTGGAAGGCCGCGGCCTGCCGGTGGGGTTGTTCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCGGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAgcc > 1:1397887/1‑150 (MQ=255) gCCGCGGCCTGCCGGTGGGGTTGTTCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGc < 1:612734/150‑1 (MQ=255) gTGGGGTTGTTCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACTCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCGGGAGATC‑GTCAAg > 1:578614/1‑150 (MQ=255) gcgaactgaattctaccggtactcattgaaggttcctgctcaacaccaatagggcgatatcatccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctGCTGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg > 2:73290‑M1/126‑150 (MQ=255) ttCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCGCCGCAGTTCAGCCTCAGCAAGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAACGATAAAGAAGCCGCCTGGCCGGAGATC‑GCCAAGGAAGCAGGt > 2:232716/1‑150 (MQ=255) aTGAGGACCACTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCa < 1:421496/150‑1 (MQ=255) gAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGt > 1:1051706/1‑144 (MQ=255) gAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGt < 2:1051706/144‑1 (MQ=255) ggCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGc > 2:456917/1‑119 (MQ=255) ggCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGc < 1:456917/119‑1 (MQ=255) ggCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCt > 1:778201/1‑150 (MQ=255) cggtactcattgaaggttcctgctcaacaccaatagggcgatatcatccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctGCTGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg < 1:537655‑M1/25‑1 (MQ=255) cggtactcattgaaggttcctgctcaacaccaatagggcgatatcatccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctGCTGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg > 2:537655‑M1/110‑134 (MQ=255) ccccTACCAGGACCCGGGGGTGGTGCGACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGa > 2:167310/3‑150 (MQ=255) cACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGa > 1:717738/1‑150 (MQ=255) ttccgcaaGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCATCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGAt > 2:1054876/8‑150 (MQ=255) cAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTg > 1:76789/1‑150 (MQ=255) ggAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTgg > 1:521094/1‑150 (MQ=255) gAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGa < 1:270152/150‑1 (MQ=255) aGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGAt < 2:778201/150‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg < 2:578614/150‑1 (MQ=255) gcctcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGgaga < 1:1054876/150‑1 (MQ=255) catccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGt > 1:813478‑M1/66‑98 (MQ=255) catccggcatctccccaagcgtagccaatccaaatcgttgacgcagcccatccagactgccacctGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGt < 2:813478‑M1/33‑1 (MQ=255) ctcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATg > 1:158607/1‑150 (MQ=255) tcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg > 2:820694/1‑143 (MQ=255) tcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg < 1:820694/143‑1 (MQ=255) tcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGc < 1:232716/150‑1 (MQ=255) tcagcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGc > 2:115621/1‑150 (MQ=255) agcctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCg > 1:1292789/1‑150 (MQ=255) ctgctgTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTAAGATTGGGGCAATACCGgat > 2:304588/1‑150 (MQ=255) ctGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgat < 2:158607/150‑1 (MQ=255) gacgTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg > 1:1159199/4‑80 (MQ=255) gacgTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg < 2:1159199/77‑1 (MQ=255) aTGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgatgat < 2:76789/150‑1 (MQ=255) tCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATc > 2:1093201/1‑150 (MQ=255) cGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGc > 1:924058/1‑150 (MQ=255) gCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGCCTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTAt < 2:521094/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCg < 1:289926/142‑1 (MQ=255) aTTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCg > 2:289926/1‑142 (MQ=255) ttCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTgg < 2:1397887/150‑1 (MQ=255) tGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg < 2:840429/63‑1 (MQ=255) tGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAgg > 1:840429/1‑63 (MQ=255) gACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTg > 2:208378/1‑150 (MQ=255) ccTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAg < 1:304588/150‑1 (MQ=255) ttttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGgt < 2:32966/142‑1 (MQ=255) ttttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGgt > 1:32966/1‑142 (MQ=255) ttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAgg < 1:208378/150‑1 (MQ=255) agcccatccagactgccacctGCTGCCTTGACG‑ATCTCCGGCAAGGCGGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCaa < 1:161864‑M1/129‑1 (MQ=255) aTACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGCATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAAt < 1:1136968/150‑1 (MQ=255) gCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGt > 2:1334749/1‑150 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg < 1:746962/93‑1 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg > 2:746962/1‑93 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACGTTGAATGAGTACCg > 1:107812/1‑150 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCg < 1:167310/150‑1 (MQ=255) aagaagCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCATATTGATGTTGGTTAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAAt > 2:114820/1‑150 (MQ=255) gaagCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAACAGGTGTCCGTCTAGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTCCGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCACGAACCTTCAATGAGTACCGGTCGAATTc > 1:47544/1‑150 (MQ=255) aagCCGCCTGGCGGGAGATC‑GGCAAGGGAGCAGGTGGCAGTCGGGGTGGGGTGCGGCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGTCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCa < 2:455508/150‑1 (MQ=255) | CCTGGAAGGCCGCGGCCTGCCGGTGGGGTTGTTCGATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATC‑GTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCA > NC_002947/2471381‑2471676 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |