New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3996848 = | 50 (0.950) | 5 (0.100) | 5/234 | NT | 9.2% | coding (359/480 nt) | PP_3525 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 3996892 = | 51 (1.020) | coding (315/480 nt) | PP_3525 | hypothetical protein |
CTCTTTGCAGGCGCGGCGATAGGGCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTA > NC_002947/3996701‑3996990 | ctctTTGCAGGCGCGGCGATAGGGCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTAc > 1:780485/1‑150 (MQ=255) ctctTTGCAGGCGCGGCGATAGGGCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTAc > 1:693780/1‑150 (MQ=255) acggtgccaagctggtcaaggcggcactggccgagcagcccaagggctacctggaagcacgcgccgctgtattcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTAcc < 2:554279‑M1/4‑1 (MQ=255) acggtgccaagctggtcaaggcggcactggccgagcagcccaagggctacctggaagcacgcgccgctgtattcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTAcc < 1:96712‑M1/4‑1 (MQ=255) ggtgccaagctggtcaaggcggcactggccgagcagcccaagggctacctggaagcacgcgccgctgtattcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCgg > 1:1351183‑M1/145‑150 (MQ=255) gCAGGCGCGGCGATAGGGCCTCAGTGCGGTGGTGCAGTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTg < 1:315124/150‑1 (MQ=255) caagctggtcaaggcggcactggccgggcagcccaagaaccacctgcgagcacgcgccgctgaattctcacccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgtgattacagctacctgacgct < 1:1169300‑M1/11‑8 (MQ=255) cggcgATAGGGCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTc < 1:1402870/150‑1 (MQ=255) gggCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCCGTGCAGCCTTCAAAGCCGCTGCATCGGGGAACGCCCGCTGGCTGACCATCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCa > 1:535845/1‑150 (MQ=255) cTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGc > 2:278430/1‑140 (MQ=255) cTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGc < 1:278430/140‑1 (MQ=255) ccgagcagcccaagggctacctggaagcacgcgccgctgtattcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGagca < 2:1247075‑M1/34‑1 (MQ=255) gcGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCCCCCATCACGGTCGagcag > 2:310634/2‑150 (MQ=255) tgCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGcc < 1:1176029/121‑1 (MQ=255) tgCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGcc > 2:1176029/1‑121 (MQ=255) tgCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCg > 2:285160/1‑150 (MQ=255) aagggctacctggaagcacgcgccgctgtattcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAg > 1:1268326‑M1/106‑150 (MQ=255) ctcCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCt < 1:1117935/150‑1 (MQ=255) tcCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTg > 2:1398423/1‑150 (MQ=255) cAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGAGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTa > 1:1012902/1‑150 (MQ=255) gCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGa < 2:708347/127‑1 (MQ=255) gCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGa > 1:708347/1‑127 (MQ=255) cAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATcgc > 2:642786/1‑150 (MQ=255) gCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCgcgc > 2:752462/1‑150 (MQ=255) ccTTCAACGCCGCTGCATCGGTCCAGGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCa > 1:903916/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGcc < 2:437788/150‑1 (MQ=255) attcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGaa > 1:1247075‑M1/77‑150 (MQ=255) ttcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTa > 2:1050227‑M1/76‑119 (MQ=255) ttcgtggccgacattcagcgcatgcctgcgctgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTa < 1:1050227‑M1/44‑1 (MQ=255) tCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAAc > 2:408217/1‑150 (MQ=255) tGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGtt < 1:752462/150‑1 (MQ=255) tGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGtt > 1:554279/1‑150 (MQ=255) gAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGTCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGttt > 2:476442/1‑150 (MQ=255) gAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGttt < 2:58369/150‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTg < 1:70935/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTg > 1:926433/1‑150 (MQ=255) cccGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGa < 2:780485/150‑1 (MQ=255) tgACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAg < 1:285160/150‑1 (MQ=255) tgACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAg > 2:300947/1‑150 (MQ=255) cAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCAt < 1:642786/150‑1 (MQ=255) aCGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCt < 1:267464/131‑1 (MQ=255) aCGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCt > 2:267464/1‑131 (MQ=255) aCGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATgcgc > 2:1002715/1‑150 (MQ=255) gCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCATGCCTGCGCTg < 2:125307/150‑1 (MQ=255) tgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCgg < 2:809851‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatcagcaaactgttcgcggtcccggccatgcgcgattacagcTACCgg > 1:809851‑M1/45‑50 (MQ=255) tgcAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCg > 1:515898/1‑150 (MQ=255) ccACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATAc > 2:93576/1‑150 (MQ=255) aCTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGTCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAg < 1:476442/150‑1 (MQ=255) tGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAgcg < 1:1398423/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGgcgc < 1:93576/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGgcgc < 2:1088719/150‑1 (MQ=255) cTGGCCCTCCTGCTCGGGGTACCTGCTGGCCACTCCCCCATCACGGCCAACCAGCGCCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCACGAACAGTTTGCTGATGAGCGCAGGCGTGCGCTCAATGTCGGCCCCGAAGACCGCGGcgcg > 2:158557/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGc > 1:861961/1‑101 (MQ=255) cTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGc < 2:861961/101‑1 (MQ=255) cctcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCtt > 2:96712/1‑150 (MQ=255) ctcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTc < 2:515898/150‑1 (MQ=255) ctcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTc < 1:1100375/150‑1 (MQ=255) tcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGttt > 2:1167267/1‑92 (MQ=255) tcctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGttt < 1:1167267/92‑1 (MQ=255) ctGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAg < 2:535845/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAgg < 1:919552/150‑1 (MQ=255) cccGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTa > 2:1098851/1‑150 (MQ=255) | CTCTTTGCAGGCGCGGCGATAGGGCCTCATTGCCGTGGTGCATTCTCCAGTGCAGCCTTCAACGCCGCTGCATCGGTGAACGCCCGCTGGCTGACCAGCACGCCCTGCTGCAGTTGCAACCACTGCACCTGGCCCTCCTGCCCGGGGTACCGGCTGGCCACTCGCCCATCACGGTCGAGCAGCACCCGGTAGCTGTAATCGCGCATGGCCGGGACCGCGAACAGTTTGCTGATCAGCGCAGGCATGCGCTGAATGTCGGCCACGAATACAGCGGCGCGTGCTTCCAGGTA > NC_002947/3996701‑3996990 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |