New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419584 | 14 (0.270) | 6 (0.150) | 6/182 | NT | 36.0% | intergenic (‑67/+70) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419614 | 11 (0.280) | intergenic (‑97/+40) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
TAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCT > NC_002947/1419465‑1419760 | tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGAc < 1:1066310/150‑1 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGAc > 2:1280629/1‑150 (MQ=255) aGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctg > 1:518576‑M2/1‑146 (MQ=255) ggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTgg > 1:596223‑M1/82‑150 (MQ=255) ggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTgg > 2:1370664‑M1/82‑150 (MQ=255) gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgtga > 2:1063694‑M2/1‑141 (MQ=255) cttgtcgattcggcgttgctgcagttgcagatgcaggcgcaattacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGa > 2:1084343‑M1/80‑150 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgt > 1:912264‑M2/1‑138 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgt < 2:912264‑M2/143‑6 (MQ=255) tGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgg > 1:987585‑M2/1‑137 (MQ=255) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTCGTTGCCTGGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcg < 1:330159‑M2/150‑17 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgt < 2:855972‑M2/150‑18 (MQ=255) cTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgc > 1:1280629‑M2/1‑131 (MQ=255) gcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 1:1152742‑M1/75‑1 (MQ=255) gcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg > 2:1152742‑M1/60‑134 (MQ=255) gggCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcac < 1:1056420‑M2/120‑18 (MQ=255) gggCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcac > 2:1056420‑M2/1‑103 (MQ=255) ggCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCaa < 1:333765/150‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaa > 2:878918‑M2/1‑99 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaa < 1:878918‑M2/125‑27 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGC‑AGTCGGATTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGCACTGAAGTGCCAATGCACGGggtgg > 1:88290/1‑149 (MQ=25) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCCTCGCGGCCACTCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAgg < 1:866067/150‑1 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaag > 2:1125203‑M2/1‑85 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaag < 1:1125203‑M2/112‑28 (MQ=255) cacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCtgt < 1:1012056‑M1/67‑1 (MQ=255) cacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCtgt > 2:1012056‑M1/23‑89 (MQ=255) ttGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGAcc < 1:855972/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa < 2:432401‑M2/144‑82 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa > 1:432401‑M2/1‑63 (MQ=255) CCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAg > 2:928479‑M1/1‑109 (MQ=255) CCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAg < 1:928479‑M1/109‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCa < 1:221521‑M1/150‑1 (MQ=255) TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATc < 1:899911‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCGGGCCCGCCTGCTCACCCCGGTATTTTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCaa > 2:330159‑M1/1‑150 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGAc < 2:1213870‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCCTCAACGCCGACTc < 1:382340‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGAcc < 1:803212‑M1/150‑1 (MQ=255) ccACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccag > 2:655525‑M2/1‑37 (MQ=255) ccACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccag < 1:655525‑M2/92‑56 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt > 2:87075‑M1/1‑100 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTAtgt < 1:87075‑M1/100‑1 (MQ=255) CACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGtgtg < 1:139043‑M1/90‑1 (MQ=255) CACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGtgtg > 2:139043‑M1/1‑90 (MQ=255) CACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGccc < 2:65044‑M1/150‑1 (MQ=255) acaGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaa < 1:1141157‑M2/143‑109 (MQ=255) acaGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaa > 2:1141157‑M2/1‑35 (MQ=255) ACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcccc < 2:181052‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGAGGAGGGGCGCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcccc < 1:748209‑M1/150‑1 (MQ=255) tACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTAc < 1:181052/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTcc > 2:765407/1‑150 (MQ=255) aGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCaa < 2:11784/109‑1 (MQ=255) aGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCaa > 1:11784/1‑109 (MQ=255) aGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCa > 2:371825/1‑150 (MQ=255) gTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCTCTTCCAt < 2:88290/150‑1 (MQ=255) gTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCa < 1:765407/150‑1 (MQ=255) tgACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCt < 2:899911/150‑1 (MQ=255) | TAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGG‑CTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGATCACGGCCT > NC_002947/1419465‑1419760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |