| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3292424 = | 70 (1.330) | 5 (0.100) | 4/236 | NT | 6.9% | coding (1665/3675 nt) | PP_2893 | hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 3292456 = | 68 (1.350) | coding (1697/3675 nt) | PP_2893 | hypothetical protein | |||||
AGCTTGCAACAGCGCCTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCA > NC_002947/3292308‑3292599 | aGCTTGCAACAGCGCCTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑aa > 2:767172/1‑149 (MQ=255) gCAACAGCGCCTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCtt < 2:1081914/150‑1 (MQ=255) aaCAGCGCCTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTgg > 2:1181728/1‑150 (MQ=255) ccTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCTGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGc < 1:1240527/150‑1 (MQ=255) ccTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAAGCGC‑TGGccctgca < 2:54804/150‑5 (MQ=255) ccTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAAGCGC‑TGGccctgca < 1:767172/150‑5 (MQ=255) gctggGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCAAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAATGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGaa > 1:1320276/1‑150 (MQ=255) cGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGc < 2:139030/150‑1 (MQ=255) aaTCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGACAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCt < 2:1093502/150‑1 (MQ=255) ccTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTgcagca > 2:462200/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGa < 1:462200/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCGCCTCGGCCAGTCGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGAc < 2:935348/150‑1 (MQ=255) cgcgCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTgg < 1:847923/150‑1 (MQ=255) cgcCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCATGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGAt < 1:1181728/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGCTGGACCTGGATGCCCGcc > 1:1080706/1‑150 (MQ=255) tgtgGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCt < 2:396330/145‑1 (MQ=255) tgtgGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCt > 1:396330/1‑145 (MQ=255) cGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGccc > 2:842852/1‑150 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTgcag < 1:744136/115‑1 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTgcag > 2:744136/1‑115 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCa > 1:201964/1‑150 (MQ=255) gAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCa > 2:744504/1‑150 (MQ=255) aGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATCCCCGCCTGGACAACGcccca > 2:216466/1‑148 (MQ=255) aCAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAgg < 1:405741/92‑1 (MQ=255) aCAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAgg > 2:405741/1‑92 (MQ=255) aCAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCgg < 1:253866/150‑1 (MQ=255) aCAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCgg < 2:571447/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGgt < 2:201964/150‑1 (MQ=255) cAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTACAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGgt > 1:195406/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGgtg > 1:1163044/1‑150 (MQ=255) ggCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCCGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTa < 1:323446/150‑1 (MQ=255) gCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAg > 1:333501/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCt > 1:1374143/1‑95 (MQ=255) gTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCt < 2:1374143/95‑1 (MQ=255) aaGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTc > 1:881960/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCtt < 1:138228/69‑1 (MQ=255) gggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCtt > 2:138228/1‑69 (MQ=255) gggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCaa > 2:1028864/1‑150 (MQ=255) gggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCaa > 2:347794/1‑150 (MQ=255) ggCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGCTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAg < 2:1080706/150‑1 (MQ=255) gCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGCTGCCCGCCTGGACACCGACACACCCGTTGTAGTCGATCTCAAgg < 1:744504/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGc > 2:140096/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCa > 2:1049348/1‑150 (MQ=255) ggCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCaa < 1:56436/150‑1 (MQ=255) atccagCCGGCCCCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTa < 1:711452/145‑1 (MQ=255) tGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTAt > 1:1135835/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAAGCGC‑TGGccctgc > 2:677143/1‑60 (MQ=37) tCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCCAAGCGC‑TGGccctgc < 1:677143/63‑4 (MQ=37) gCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTg < 2:1288853/75‑1 (MQ=255) 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aCCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGt < 1:1028864/150‑1 (MQ=255) cTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGgt > 2:926577/1‑112 (MQ=255) cTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGgt < 1:926577/112‑1 (MQ=255) cTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGa < 2:427175/150‑1 (MQ=255) GCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTg > 1:284176‑M1/1‑69 (MQ=255) GCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTg < 2:284176‑M1/69‑1 (MQ=255) gccctgcagggtgagcgtaccttgcggggccAGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAAc > 2:796792‑M2/32‑93 (MQ=255) 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tCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACATGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAgg > 1:1289125/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGGGCC‑AGCTCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCAc < 1:310580/138‑1 (MQ=255) ccTGCAGGGCC‑AGCTCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCAc > 2:310580/1‑138 (MQ=255) ccTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGACGACCTCAAGGCAACCGCAATACATCGTTGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCaa > 2:114629/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTc > 1:231263/1‑89 (MQ=255) tGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTc < 2:231263/89‑1 (MQ=255) 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AGCTTGCAACAGCGCCTGGCTGGGCGAATCGACCTTGACTTGCCGCGCCTCGGCCAGCTGTGGCCGAGGCTACAAGGCCGGGTCAAGGGCCGGCTGGATGTCGCCGGCACCTTGCAGGCCCCGCAAGGTACGCTCACCCTGCAGGGCC‑AGCGCTTGGCCCAGGCCGAAAACCGCCTGCAGCAGTTGGACCTGGATGCCCGCCTGGACAACGCCCAACGCGGTGTAGTCGAGCTCAAGGCAACCGGTATCCACCTGGGTGACACAGCCTTGGGCACGTTGCAGGCCAACGGCA > NC_002947/3292308‑3292599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |