New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5816894 = | 42 (0.800) | 11 (0.220) | 9/236 | NT | 21.7% | intergenic (+24/+105) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
? | NC_002947 | 5816989 = | 39 (0.770) | intergenic (+119/+10) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
GCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCACCGCC > NC_002947/5816849‑5817137 | gcTTAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAAACATCCCGGCGATCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGta > 1:602389/1‑150 (MQ=38) tGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGc < 1:465096/150‑1 (MQ=255) gCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCt > 1:1234842/1‑150 (MQ=255) cTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTc < 2:676692/150‑1 (MQ=255) tCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCt > 1:578376/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAc < 2:458995/150‑1 (MQ=255) GCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCCGCCTCCGCAACGcc < 2:66690‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGcc > 1:832039‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGcccc > 2:602389‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCAt < 2:259083/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGta < 1:1070168/88‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGta > 2:1070168/1‑88 (MQ=255) ccgctcccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATc > 2:1347839‑M2/77‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACCAGCCTTTGa > 1:1085909/1‑100 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGa < 2:1085909/100‑1 (MQ=255) cagCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATc > 2:1380379/3‑150 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCt < 2:1395030‑M2/32‑1 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCt > 1:1395030‑M2/71‑102 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa < 1:394207‑M2/69‑1 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa > 2:394207‑M2/71‑139 (MQ=255) ccACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa > 2:661718/1‑139 (MQ=255) ccACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa < 1:661718/139‑1 (MQ=255) ccACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTcc > 1:817667/1‑150 (MQ=255) cacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTccg > 1:249379‑M2/70‑150 (MQ=255) caggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCt < 1:1007259‑M2/32‑1 (MQ=255) caggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCt > 2:1007259‑M2/68‑99 (MQ=255) tgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGccgccccg > 2:372815‑M2/62‑150 (MQ=255) gTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCt < 1:1407333/150‑1 (MQ=255) gTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCt > 1:307735/1‑150 (MQ=255) gcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgcgcccgcgaaagggccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCAt < 2:249379‑M2/97‑1 (MQ=255) ctctCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCAt > 1:1371059/1‑150 (MQ=255) cgcgcgCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACt < 2:364874/150‑1 (MQ=255) gcAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGa < 2:578376/150‑1 (MQ=255) cgctACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTgc < 1:372815/147‑1 (MQ=255) aTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTgcgc > 2:1200403/1‑150 (MQ=255) aTACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCAGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTgcgc > 1:241974/1‑150 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAAcc > 1:576748/1‑150 (MQ=255) gtgGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCCCTGAAGACAACTGCGCCAAccc > 2:1408699/1‑149 (MQ=255) cctttcgCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCCCCGCCGCCCCGCCCTGCATCCCTGAAGACAACTGCGCCAACCg > 1:710775/7‑150 (MQ=255) tttcgCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGAAAACTGCGCCAaccacc > 2:90977/5‑150 (MQ=255) ggAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGccc < 1:1200403/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACCGCGCCAACCGccc < 2:799849/150‑1 (MQ=255) atgcagggCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCAt > 2:1207462/6‑123 (MQ=255) atgcagggCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCAt < 1:1207462/118‑1 (MQ=255) cGGGCGCGTCCGCGAAAGGCCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATAACCCCGCGCTCCCTCAGTCTCCGCAACCCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCTGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTcc < 1:87251/150‑1 (MQ=255) gggCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTccc > 1:1172728/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGc > 2:1322872/1‑114 (MQ=255) gcgcgcCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGc < 1:1322872/114‑1 (MQ=255) ggggccgcgaagcgtccTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAAc < 2:1371059‑M2/133‑1 (MQ=255) cggcgAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCGCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCCCCCCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAgg > 1:1395905/3‑150 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTcc > 2:962009/1‑141 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTcc < 1:962009/141‑1 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCCgg > 2:1343677/1‑150 (MQ=255) gAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAAACCCGCCAACCGCCCCCCCCCAACCAGGTTAc > 1:699342/1‑150 (MQ=255) aGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCa < 2:307735/150‑1 (MQ=255) cTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGTCCCCGCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCAccgcc > 2:704597‑M2/2‑150 (MQ=255) | GCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCACCGCC > NC_002947/5816849‑5817137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |