Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,426,925 | G→T | 8.1% | E277D (GAG→GAT) | PP_3042 → | terminase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,426,925 | 0 | G | T | 8.1% | 148.9 / 2.2 | 49 | E277D (GAG→GAT) | PP_3042 | terminase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/22); new base T (2/2); total (25/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
TGATGGGGGATCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAGGGAATACGAAGAAGC > NC_002947/3426780‑3427074 | tgatgGGGGATCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGc > 1:1092468/1‑150 (MQ=255) gggggATCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGcacca > 1:148889/1‑150 (MQ=255) gATCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGTCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAg < 2:451158/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCTATGAGCACCACAAGGc < 2:1417229/150‑1 (MQ=255) actactACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGc < 1:355428/150‑1 (MQ=255) tactacGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTg > 1:128412/1‑150 (MQ=255) tacGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCt > 1:495624/1‑150 (MQ=255) gTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCaa < 2:1003407/150‑1 (MQ=255) tGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAg < 2:495624/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGc > 1:1286210/1‑150 (MQ=255) ttGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGa > 1:15913/1‑150 (MQ=255) gCCCAACCTGTAGGCACATGCAGGTGCTCACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAAt < 1:1048179/150‑1 (MQ=255) cAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCCTCGATGAGca < 1:1392143/115‑1 (MQ=255) cAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCCTCGATGAGca > 2:1392143/1‑115 (MQ=255) cAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGgc < 1:1068486/150‑1 (MQ=255) gggCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCGCCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCAt < 2:1033655/150‑1 (MQ=255) gCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATgc > 1:1420429/1‑150 (MQ=255) cacaTGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGcac > 1:200273/1‑105 (MQ=255) cacaTGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGcac < 2:200273/105‑1 (MQ=255) acaTGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATgcgc > 1:403493/1‑150 (MQ=255) aTGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCg > 2:815746/1‑150 (MQ=255) tGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCgg < 2:15913/150‑1 (MQ=255) ggATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGAc < 1:307923/147‑1 (MQ=255) ggATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGAc > 2:307923/1‑147 (MQ=255) aTCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGa < 2:128412/150‑1 (MQ=255) aTCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGa < 2:834803/150‑1 (MQ=255) tCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAg > 1:662828/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGTTCATCGAGGAGCACGACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGATACGGTGAGgtt > 1:776851/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCgg > 2:359891/1‑128 (MQ=255) gCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCgg < 1:359891/128‑1 (MQ=255) tgttgtACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTc < 2:1092468/150‑1 (MQ=255) ttgtACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCAc < 1:897566/150‑1 (MQ=255) tACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTc > 1:763198/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCaa > 2:79815/1‑150 (MQ=255) tCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGAGGCGGTCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAAt > 2:824281/1‑150 (MQ=255) ggCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCgag < 1:1061823/61‑1 (MQ=255) ggCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCgag > 2:1061823/1‑61 (MQ=255) ccGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATgcgc < 1:824281/150‑1 (MQ=255) cgcATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTgg > 1:238570/1‑150 (MQ=255) cATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGa < 2:662828/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATTGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTc < 2:1070652/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCAt < 1:79815/150‑1 (MQ=255) gggCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTc > 1:1075353/1‑150 (MQ=255) tGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGAt < 2:1115821/131‑1 (MQ=255) tGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGAt > 1:1115821/1‑131 (MQ=255) tGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCt < 2:1286210/150‑1 (MQ=255) tgtgATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGcc > 1:359865/1‑150 (MQ=255) tgtgATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGcc > 1:456493/1‑150 (MQ=255) ttgtggtgCTCCTCGATGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCa > 2:1218842/6‑150 (MQ=255) gATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAgg < 2:359865/150‑1 (MQ=255) atagaggagCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAGGGAATACgaa > 2:1064786/4‑150 (MQ=255) tCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAGGGAATACgaag > 2:268333/1‑150 (MQ=255) ggagCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAGGGAATACGAAGAAGc < 2:456493/150‑1 (MQ=255) | TGATGGGGGATCAGCGGCACTACTACGTGCCTTGCCCAACCTGTGGGCACATGCAGGTGCTGACATGGGATCGGCTGTTGTACTCGGCCGATTTCAGCAATGCGCATTACCAGTGCGCCGGGCCTGACTGTGATGTGCTCATCGAGGAGCACCACAAGGCCGAAATGCTGGCTCAAGGCGAATGGCGCGCTCATGCGCCGGGCGATGGCGAGACGGTGAGTTTTCACCTCAATGCGCTCTATGCCCCGCTGGGATGGCAGTCATGGGTCACGCTGGCCAGGGAATACGAAGAAGC > NC_002947/3426780‑3427074 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |