Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,457,102 | T→G | 7.7% | E77A (GAG→GCG) | hbdH ← | 3‑hydroxybutyrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,457,102 | 0 | T | G | 7.7% | 163.5 / 4.7 | 60 | E77A (GAG→GCG) | hbdH | 3‑hydroxybutyrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/26); new base G (2/3); total (31/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
ATGCCCGGCAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGTTGGCGCCA > NC_002947/3456955‑3457248 | aTGCCCGGCAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTcg < 1:990092/150‑1 (MQ=255) tGCCCGGCAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTcgc < 2:353074/150‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGtt > 1:684637/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACGCGAGTTCGGc < 1:1269193/150‑1 (MQ=255) ccgcTAGGCGCGTGCCATGTAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATTATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTTAACCGGTGCCATATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCa < 2:93711/149‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGaa < 2:41075/150‑1 (MQ=255) ccATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGcc < 1:761730/150‑1 (MQ=255) ccATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGcc > 2:652712/1‑150 (MQ=255) aaTACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATc < 2:684637/150‑1 (MQ=255) aCGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTgg < 1:1375289/150‑1 (MQ=255) gACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACcaca > 1:279186/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAg < 2:71866/150‑1 (MQ=255) ggCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGACTCGATCTTGACCACATCCGACAGGTc > 2:1398142/1‑150 (MQ=255) cGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCgg > 1:1365557/1‑150 (MQ=255) cGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCgg > 1:890453/1‑150 (MQ=255) ccAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGcac > 2:1223391/1‑150 (MQ=255) cAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACa < 1:754223/130‑1 (MQ=255) cAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACa > 2:754223/1‑130 (MQ=255) cAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGcaca > 1:30321/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAAcc < 2:890453/150‑1 (MQ=255) tttCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTACCACAAACGGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCGCAACCt > 1:1046514/1‑150 (MQ=255) ggCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCAcc < 2:1343828/150‑1 (MQ=255) ggCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCAcc < 1:183185/150‑1 (MQ=255) cGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCAcccc > 2:1225861/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGAc > 2:1055163/1‑104 (MQ=255) aaCTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGAc < 1:1055163/104‑1 (MQ=255) aCTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGcc > 1:886127/1‑150 (MQ=255) tGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACa > 2:810319/1‑112 (MQ=255) tGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACa < 1:810319/112‑1 (MQ=255) tGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCgg > 1:21766/1‑150 (MQ=255) tGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCgg < 2:607571/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCgg < 2:204062/114‑1 (MQ=255) cGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCgg > 1:204062/1‑114 (MQ=255) ggTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTcc < 1:1225861/150‑1 (MQ=255) tGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCACTTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCgggg > 1:1073365/1‑150 (MQ=255) aCCGGCGTTGTTGCCCAGGATGTCGACGCCGCGGAACGCGCGTTCGGCCAGGTGGAACAAAGCCTCGTTCTGGACCACAGCCGACACGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGccccg < 2:497893/150‑3 (MQ=255) aCCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCgg < 2:685584/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGt > 2:175387/1‑150 (MQ=255) gttgttGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACcaca > 2:1197895/1‑73 (MQ=255) gttgttGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACcaca < 1:1197895/73‑1 (MQ=255) ttgttgACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGAc > 1:193005/1‑68 (MQ=255) ttgttgACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGAc < 2:193005/68‑1 (MQ=255) tgACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGc > 2:1066871/1‑150 (MQ=255) ccAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCgg < 2:573168/136‑1 (MQ=255) ccAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCgg > 1:573168/1‑136 (MQ=255) aGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACGGTCTTCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTg < 1:175387/150‑1 (MQ=255) aGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTg > 1:485198/1‑150 (MQ=255) ggATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGa < 2:886127/150‑1 (MQ=255) gATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAg > 2:275223/1‑150 (MQ=255) tGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCa > 2:639182/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATg > 1:564560/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATg < 1:1223391/150‑1 (MQ=255) gccgccGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGtt > 1:605017/1‑150 (MQ=255) tggccgAACGCGAGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCggg < 1:482804/95‑1 (MQ=255) tggccgAACGCGAGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCggg > 2:482804/3‑97 (MQ=255) gccgAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCAcc > 2:489291/1‑85 (MQ=255) gccgAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCAcc < 1:489291/85‑1 (MQ=255) gcccaccTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCCATCGGTACCACATCCGAAATGTGGGCCTGGTGGTGCGCAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGTTGgc < 2:1046514/144‑1 (MQ=255) ccgAACGCGAGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGTTGgcg > 1:315705/1‑150 (MQ=255) aaCTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCCCAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGCCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGTTGGCGCCa > 2:192545/1‑150 (MQ=255) | ATGCCCGGCAGCGCCAGGCGCGTGCCATGGAATACGGCCGACAGGTTCAGGGCGATGATCTTGTCCCAGCTTTCTGGCGGGAACTGCTCAACCGGTGCCACATGCTGGATACCGGCGTTGTTGACCAGGATGTCGACGCCGCCGAACTCGCGTTCGGCCAGGTTGAACAAAGCCTCGATCTGGACCACATCCGACAGGTCGGCCGGGTGGTGCACAACCTTCACCCCGTGCCGGGCAATTTCCGCCATGGCGGGGCCCGGGTCACCAAAGCCGTTGAGCACGATGTTGGCGCCA > NC_002947/3456955‑3457248 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |