| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,490,620 | G→A | 9.1% | L272L (CTG→TTG) | clpV ← | protein ClpV1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,490,620 | 0 | G | A | 9.1% | 113.1 / 2.8 | 44 | L272L (CTG→TTG) | clpV | protein ClpV1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/14); new base A (2/2); total (28/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
GAGCCGATCAGGGTGTGGGCTTCGTCGATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGACCATCTGCCGTA > NC_002947/3490472‑3490769 | gAGCCGATCAGGGTGTGGGCTTCGTCGATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAgg < 1:1194654/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCTTCGTCGATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCtt < 1:892149/150‑1 (MQ=255) gtgtGGGCTTCGTCGATGAACCGGATGGTCGGGAGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGACTTGAGGCGGTTCTCGAAATCACACCTGAAGACCGCCGTGTCGGGTAAGAGTGCTGGTTGGAGTGTGTGCAGGGCAACGTCCTTg > 2:666257/1‑150 (MQ=255) gtgGGCTTCGTCGATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGATGCGATTGACATCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGACGGCCTGTAACAGGAAAAGGTCGATGGTGTCCAGGGTAACGTCCTTTAg < 2:1020851/150‑1 (MQ=255) gATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCTGTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAggg < 2:1045577/125‑1 (MQ=255) gATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAggg > 1:1045577/1‑125 (MQ=255) gatgatCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAAGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTg > 2:1133854/1‑150 (MQ=255) gatgatCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAAGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTg > 2:1133256/1‑150 (MQ=255) tgatCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTggg > 1:681485/1‑150 (MQ=255) gggTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATg < 1:1056596/150‑1 (MQ=255) ggCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAgcg > 2:34096/1‑150 (MQ=255) gACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCtt > 2:730245/1‑102 (MQ=255) gACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCtt < 1:730245/102‑1 (MQ=255) ttCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAAAAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCAACGACGGCACGTCACCCTGGGGGGTGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCAc > 2:62096/1‑150 (MQ=255) ttCGATCACAGCCGTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCAc > 2:672915/1‑150 (MQ=255) gATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCAcggc > 2:788895/1‑150 (MQ=255) caGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGttt > 2:1063153/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAggg < 2:874867/75‑1 (MQ=255) ccTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAggg > 1:874867/1‑75 (MQ=255) ttGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCg > 2:196268/1‑150 (MQ=255) ggCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCa > 1:659132/1‑120 (MQ=255) ggCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCa < 2:659132/120‑1 (MQ=255) gCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGAcccc > 2:586865/1‑150 (MQ=255) ggTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCgg > 2:1332573/1‑150 (MQ=255) tCGACCTTGACCCCGGCACCCGCCTCTAACAGGCCCAGGCCGAGGGCGTGCAGGGCAACGTCCCTGAGCACCACCGCCACGTCACCCTGGGCGATCCGCAACGCCAGGCCCTCGACCACGGCGGACTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTg > 2:649912/1‑150 (MQ=255) cGCCCTTGACCCCTGCGCCGTCCTGTAACAGGCCCTGGTATACAGTGTTGAGGGCAACGTCCTTGAGCCAAGTCCACACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGa < 1:672915/150‑1 (MQ=255) gCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAg > 1:23408/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAg < 1:528524/150‑1 (MQ=255) gCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCACAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGCGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTGGCCCACGGCGGTTTGGCTGGCCCCGGCTTCGCCGGTgcg > 2:553873/1‑148 (MQ=255) ccccGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGgt > 1:1299398/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGgtt < 1:1332573/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACATCACGCTATGTGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCggggt > 1:317663/1‑148 (MQ=255) ccGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTg > 2:687509/1‑117 (MQ=255) ccGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTg < 1:687509/117‑1 (MQ=255) ggCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCcg > 1:133456/1‑150 (MQ=255) tAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCcggcggcg > 2:350212/1‑150 (MQ=255) aaCAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCcggcggcgg < 1:788895/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGt < 1:196268/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGtttt < 2:938845/96‑1 (MQ=255) gCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGtttt > 1:938845/1‑96 (MQ=255) ccAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGa < 2:681485/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGa > 1:770575/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTc > 2:1409976/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGAc > 2:1141667/1‑150 (MQ=255) gggTGTGCAGTGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGa > 2:707802/1‑138 (MQ=255) gggTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGa < 1:707802/138‑1 (MQ=255) ggTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGAGCAt > 1:1267360/1‑150 (MQ=255) gtgCAAGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGACCATCTg < 1:1133256/150‑1 (MQ=255) gtgCAAGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGACCATCTg < 1:1133854/150‑1 (MQ=255) gggCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGgttgtt > 2:20276/1‑112 (MQ=255) gggCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGgttgtt < 1:20276/112‑1 (MQ=255) gggCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGACCATCTGCCGTa > 2:1145134/1‑150 (MQ=255) | GAGCCGATCAGGGTGTGGGCTTCGTCGATGAACAGGATGATCGGGTGCAGGCTGCGCTTGACCTCTTCGATCACAGCCTTGAGGCGGTTCTCGAACTCGCCCTTGACCCCGGCGCCGGCCTGTAACAGGCCCAGGTCGAGGGTGTGCAGGGCAACGTCCTTGAGCACCGCCGGCACGTCACCCTGGGCGATGCGCAGCGCCAGGCCTTCGACCACGGCGGTTTTGCCGACCCCGGCTTCGCCCGTGAGGATCGGGTTGTTCTGCCGGCGGCGGGTGAGGATGTCGACCATCTGCCGTA > NC_002947/3490472‑3490769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |