| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,507,790 | C→A | 12.9% | F32L (TTC→TTA) | PP_3105 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,507,790 | 0 | C | A | 12.9% | 115.4 / 4.6 | 43 | F32L (TTC→TTA) | PP_3105 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/22); new base A (4/2); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGAC > NC_002947/3507652‑3507936 | gCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCggcgc > 2:1081870/1‑146 (MQ=255)gCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCGgcgc < 1:1081870/149‑1 (MQ=255) aCTACCCTGGGTAATTTCTAGAAAGGGTTCGTGTAAATTGGTACCACAGAACGTTTTTTT‑AACTCTTCCGATCTAGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATc < 1:1096349/150‑1 (MQ=255) 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cTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt < 2:970002/150‑1 (MQ=255) cTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt < 2:901915/150‑1 (MQ=255) cTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt < 1:1161098/150‑1 (MQ=255) cTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTAt < 2:738347/150‑1 (MQ=255) ttAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATc > 2:328102/1‑130 (MQ=255) ttAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATc < 1:328102/130‑1 (MQ=255) ttACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATtgtg < 1:1048956/150‑1 (MQ=255) tACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGc < 2:687431/150‑1 (MQ=255) cacaGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTa > 1:506392/1‑150 (MQ=255) cacaGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTa > 2:1245119/1‑150 (MQ=255) acaGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGAt < 1:1111516/110‑1 (MQ=255) acaGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTAATGGCGGTGCCGGCGATCCTGAt > 2:1111516/1‑110 (MQ=255) cGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCact < 2:506392/150‑3 (MQ=255) aTCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGt < 1:1245119/150‑1 (MQ=255) gTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTcgc < 1:1006378/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAAt < 1:132793/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTgc > 1:18884/1‑150 (MQ=255) tCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTAt > 1:737952/1‑73 (MQ=255) tCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTAt < 2:737952/73‑1 (MQ=255) gTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGttcttc < 2:834488/150‑1 (MQ=255) gCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGtt < 1:903283/66‑1 (MQ=255) gCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGtt > 2:903283/1‑66 (MQ=255) gCCCTGATGATGACAGGAGTGGCGCCGCGATTCATGGCGGTGCGGGCGATCCTGAGCCTTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTCCCGCAGTGACAAATTTGTAAGTTTCGCGAATTTTTGCATGTTCTTCAAGATGtta > 1:570256/1‑148 (MQ=255) ccTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAg < 2:1200824/99‑1 (MQ=255) ccTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAg > 1:1200824/1‑99 (MQ=255) tgatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCAGTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCAc > 1:974601/1‑150 (MQ=255) gatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGttc < 1:488659/130‑1 (MQ=255) gatgaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGttc > 2:488659/1‑130 (MQ=255) gaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCg > 2:229749/1‑139 (MQ=255) gaCCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCg < 1:229749/139‑1 (MQ=255) gcaGTGGCCCCGACATTAATTGCGGTCCATCCTATCCTGATCATTATCTTTATGAGGCTGTGGTGCATCAATTGTCAATACTTCAGTGAGGCTTTTGTTAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTTAATATGGCGGTTTCACCAATGTTc < 2:570256/148‑1 (MQ=255) gcaccgccATGAATGGCGGCGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCg > 1:1253052/4‑150 (MQ=255) gcaccgccATGAATGGCGGCGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCGGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCg > 1:164332/4‑150 (MQ=255) gccgccATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCgct > 1:338717/1‑150 (MQ=255) aTTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGac < 2:18884/150‑1 (MQ=255) | GCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTC‑GGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGAC > NC_002947/3507652‑3507936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |