| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,528,036 | A→G | 11.2% | S402G (AGC→GGC) | imuB → | DNA repair DNA linked protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,528,036 | 0 | A | G | 11.2% | 167.4 / 9.2 | 62 | S402G (AGC→GGC) | imuB | DNA repair DNA linked protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/32); new base G (4/3); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
AACCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGA > NC_002947/3527887‑3528178 | aaCCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCa > 1:814503/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAgc < 2:753818/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAgccg > 1:893634/1‑150 (MQ=255) tGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAgccgc < 2:345048/150‑1 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGCGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCggg < 1:535483/150‑1 (MQ=255) gcAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCGGCTGCCCggt < 1:490056/150‑2 (MQ=255) ccAATCGCGCGCGCTGTTTCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGACGCCGATCACCGCCCCGAATGCGTCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCGGCTGCCCggt < 2:1370880/149‑2 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGCGGCTTGGCGCAGCCGCCGATAACAGCCCCGACTGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTgg < 2:115733/150‑1 (MQ=255) 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gcgcCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCtgtt < 1:812798/139‑1 (MQ=255) cgccTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATcgcg < 1:793350/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCt < 1:268418/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCAATCGCGCt > 1:1069525/1‑150 (MQ=255) cTGGGGGATAAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTg > 2:994099/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTAc > 1:1352606/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGTCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCa < 2:237574/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAg < 2:1336783/150‑1 (MQ=255) ggggCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGt < 2:941710/150‑1 (MQ=255) ggggCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGt > 2:406166/1‑150 (MQ=255) gggCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCAATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTg < 2:1069525/150‑1 (MQ=255) gCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCa > 2:1427611/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAg < 2:814503/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCtgttgt > 1:735342/1‑108 (MQ=255) ttGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCtgttgt < 2:735342/108‑1 (MQ=255) tGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATTCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAggg < 1:1072209/150‑1 (MQ=255) gccgATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGa > 2:587641/1‑116 (MQ=255) gccgATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGa < 1:587641/116‑1 (MQ=255) gccgAACACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGaa > 2:54688/1‑150 (MQ=255) aTCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCa < 1:54688/150‑1 (MQ=255) cACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATc < 1:644078/150‑1 (MQ=255) ccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAg > 1:1411971/1‑150 (MQ=255) ccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAg < 2:1401592/150‑1 (MQ=255) ccGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAACCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAg > 1:233222/1‑150 (MQ=255) aaTGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGtt < 2:1352606/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTtggtg < 2:1313627/150‑1 (MQ=255) gcCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTtggtgg > 2:1161890/1‑150 (MQ=255) cTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGaa < 2:806117/127‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGaa > 1:806117/1‑127 (MQ=255) cTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAgg > 2:636584/1‑141 (MQ=255) cTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAgg < 1:636584/141‑1 (MQ=255) cTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGa > 2:648448/1‑150 (MQ=255) tGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGAt < 1:406166/150‑1 (MQ=255) tttGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCCCAGATAGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATggcgg > 1:882692/1‑150 (MQ=255) tttGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCAt < 2:1410287/126‑1 (MQ=255) tttGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCAt > 1:1410287/1‑126 (MQ=255) gCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCGGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCg > 2:1067906/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTcgc < 2:995064/150‑1 (MQ=255) tGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCAGCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGa < 1:330655/150‑1 (MQ=255) ccAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGacta > 1:922098/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGt < 2:1070669/117‑1 (MQ=255) cAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGt > 1:1070669/1‑117 (MQ=255) aaGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGactact > 1:141056/1‑150 (MQ=255) ggCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACtactac > 2:551627/1‑150 (MQ=255) caccccGGGCGGCTGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCg > 2:763647/5‑150 (MQ=255) ccccGGGCGGCTGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGAt < 2:1065854/105‑1 (MQ=255) ccccGGGCGGCTGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGAt > 1:1065854/3‑107 (MQ=255) ccccGGGCGGCTGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCAATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTg > 2:337437/3‑150 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGa < 2:893634/150‑1 (MQ=255) aCCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGa > 1:1073225/1‑150 (MQ=255) | AACCCTGGGCGCAATTGCGCGAGCGGTTGCGCGCCCGCCTGGGGGATGAGGCCGTCAAGGGGCTTGGCGCAGCCGCCGATCACCGCCCCGAATGCGCCTGGCATTTGGCGGAGCAGGGTGCCCAAGGCAACATGCCGGTTGCACCGGGCAGCCGCCCGGGGTGGCTGTTGTCGGCACCGATCGCGCTGGATGACGCCGCCTACCAGGTGCAGGGCTATGCCGAACGCATCGAATCAGGTTGGTGGGATGGCGGCGATGTGCGTCGCGACTACTACCGCATCGAAACCCGTGA > NC_002947/3527887‑3528178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |