Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,591,768 | G→T | 9.0% | V307V (GTG→GTT) | PP_3169 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,591,768 | 0 | G | T | 9.0% | 132.8 / 2.9 | 45 | V307V (GTG→GTT) | PP_3169 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/24); new base T (2/2); total (18/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 |
TCACCGATGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGAAGCTGC > NC_002947/3591629‑3591911 | tCACCGATGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGt > 1:189740/1‑150 (MQ=255) ccGATGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGc < 1:484235/150‑1 (MQ=255) gATGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGa < 2:976063/150‑1 (MQ=255) aTGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAg < 1:506001/150‑1 (MQ=255) tGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATTGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAgg < 1:178914/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGc < 2:689464/150‑1 (MQ=255) cTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACAGCGTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCggg < 2:338541/150‑1 (MQ=255) ccAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCt > 2:250985/1‑150 (MQ=255) gATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGtt < 2:1036944/150‑1 (MQ=255) gCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTGGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCaa > 2:870246/1‑150 (MQ=255) tggtggTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGc < 1:1126457/150‑1 (MQ=255) ggtggtCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCt < 2:189740/150‑1 (MQ=255) ggtCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGGTTCCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGAt < 2:904285/150‑1 (MQ=255) tCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGCGCTGATGc > 1:421710/1‑150 (MQ=255) cACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGTTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCt > 2:910849/1‑150 (MQ=255) ccTGCGAATGGGGTGCCCGTGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGCGCCATAGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTg < 1:449032/150‑1 (MQ=255) cTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTgg < 2:444751/150‑1 (MQ=255) tGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGTATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGATGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGc < 2:34673/150‑1 (MQ=255) gtaTGTGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGAc < 1:199502/148‑1 (MQ=255) gcATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGAc < 2:421710/150‑1 (MQ=255) aTGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTgg < 1:105966/107‑1 (MQ=255) aTGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTgg > 2:105966/1‑107 (MQ=255) gggATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCAtt < 1:1291656/150‑1 (MQ=255) ccGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGAc > 1:491650/1‑150 (MQ=255) cGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGTCGTGGCGAAGCAACGGGCCTGGCTTGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATCGTCGAcc > 1:806949/1‑150 (MQ=255) cGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCt < 1:251392/95‑1 (MQ=255) cGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCt > 2:251392/1‑95 (MQ=255) cTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCAtt > 2:1242143/1‑150 (MQ=255) gCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGGGGCAGCAGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCGTATCTGGCGACGCATTGTCGACGAGCAGCCACCATTGCCGc > 2:879087/1‑150 (MQ=255) ttCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCAt < 2:1296087/122‑1 (MQ=255) ttCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCAt > 1:1296087/1‑122 (MQ=255) aaCATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCg > 1:1132060/1‑150 (MQ=255) cTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTAACTCGCTGTAGCTCGCTCAAGAGCTTGTTTTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGa < 1:1242143/150‑1 (MQ=255) gATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTTCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAAc < 1:948037/72‑1 (MQ=255) gATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTTCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAAc < 1:947954/72‑1 (MQ=255) gATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTTCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAAc > 2:947954/1‑72 (MQ=255) gATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTTCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAAc > 2:948037/1‑72 (MQ=255) tcaAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTc < 2:1104676/64‑1 (MQ=255) tcaAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTc > 1:1104676/1‑64 (MQ=255) tcaAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACACCTCGCTAcca > 2:80128/1‑149 (MQ=255) aaGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTg < 2:536552/150‑1 (MQ=255) gATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGa > 1:686229/1‑150 (MQ=255) aTGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGaa < 2:1132060/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGAAGCt < 1:1415104/150‑1 (MQ=255) cGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGAAGCTGc < 1:250985/150‑1 (MQ=255) | TCACCGATGACTGGCTGCGTTATGACCAGATTGGCGACGCACTGGTGGTCACCGACCTGCGCATGGGGATCCCGGGGAATTACACCTTTCGCTTCAACATGGCTCAGCGCGATCATCAAGGGCAGTGGATGGTCGGTGTGCCTTCGGCGTGGCGAGGCAGCGGGCCTGGCTCGCTGTTCAACGCTCAAGAGCTGATGCTTATCTGGCGACGCATTGTCGACCAGCAGCCGCCATTGCCGCTGGCGAACTGGACAGATCGCTACCTTGGGCAAACGGAAGCTGC > NC_002947/3591629‑3591911 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |