Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,774,290 | C→G | 9.4% | A317G (GCC→GGC) | PP_5743 → | TonB‑dependent receptor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,774,290 | 0 | C | G | 9.4% | 152.9 / 6.6 | 53 | A317G (GCC→GGC) | PP_5743 | TonB‑dependent receptor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base G (2/3); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 |
CCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGC > NC_002947/3774141‑3774436 | ccAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGc < 2:85890/150‑1 (MQ=255) ccAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGc < 2:653581/150‑1 (MQ=255) ccAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGc < 2:315833/150‑1 (MQ=255) aTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGc < 2:1117733/150‑1 (MQ=255) tAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGcc < 1:305503/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGGCCGCCTGac < 2:709134/150‑2 (MQ=255) gCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAg < 1:981415/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGt < 1:1116918/150‑1 (MQ=255) ttCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGtt < 2:835984/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAAc > 1:1112935/1‑137 (MQ=255) gTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAAc < 2:1112935/137‑1 (MQ=255) gATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCAt > 2:645377/1‑150 (MQ=255) gggTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGaa < 2:480900/150‑1 (MQ=255) gCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatc > 1:315550/1‑150 (MQ=255) ggTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatcca > 1:993274/1‑150 (MQ=255) aGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGt > 1:566952/1‑150 (MQ=255) aGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGt > 1:292738/1‑150 (MQ=255) gCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGaa > 2:675610/1‑131 (MQ=255) gCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGaa < 1:675610/131‑1 (MQ=255) gAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAAcc > 1:1224388/1‑150 (MQ=255) aGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGtt > 1:156893/1‑101 (MQ=255) aGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGtt < 2:156893/101‑1 (MQ=255) aGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTg < 2:933502/150‑1 (MQ=255) ccTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGACTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTg > 1:956372/1‑150 (MQ=255) cTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGaa > 1:1326428/1‑113 (MQ=255) cTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGaa < 2:1326428/113‑1 (MQ=255) cTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTgg > 1:393602/1‑150 (MQ=255) ggTTCGACAGCAGCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCaaa < 1:645377/150‑1 (MQ=255) ttCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAgg > 1:750981/1‑150 (MQ=255) gACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTg > 2:1140779/1‑150 (MQ=255) aTCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAAcgc < 2:70741/83‑1 (MQ=255) aTCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAAcgc > 1:70741/1‑83 (MQ=255) tCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGAc > 1:954647/1‑150 (MQ=255) tCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGAc > 2:863771/1‑150 (MQ=255) cGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGt > 2:955150/1‑150 (MQ=255) gtggtggtgTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGTGGCCGGCCGCCGTc < 2:292738/150‑1 (MQ=255) gtggtgTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAAc > 2:953495/1‑150 (MQ=255) tggtgTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACt > 2:1271578/1‑150 (MQ=255) gtgtCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGa < 2:393602/150‑1 (MQ=255) ccAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCAt < 2:1317670/150‑1 (MQ=255) gTATTCGGCCGCACCCGTCACGCAGCGAATCAGAACCACTTAGTTGAACTCGCTCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGtt < 2:1224388/150‑1 (MQ=255) tATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGttt < 1:978014/150‑1 (MQ=255) ggCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGGTTGAAGTACATCCATCGTAGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCg > 1:31484/1‑150 (MQ=255) gCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCgg < 2:315550/150‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCaaa < 1:535512/95‑1 (MQ=255) aCCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCaaa > 2:535512/1‑95 (MQ=255) ccGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAgg > 2:1363942/1‑95 (MQ=255) ccGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAgg < 1:1363942/95‑1 (MQ=255) ttCAGGCTGGCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAgg > 2:1273103/2‑93 (MQ=255) ttCAGGCTGGCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAgg < 1:1273103/92‑1 (MQ=255) gTCAGGCTGCCAGCCTGACCCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTCGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGca < 1:1140779/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGca < 2:956372/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGcggccg > 2:382985/1‑109 (MQ=255) cAGGCTGGCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGcggccg < 1:382985/109‑1 (MQ=255) gCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTAAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGcagccag > 1:991106/1‑150 (MQ=255) cTGCCAGCCTGACCCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGcagccagc < 1:801813/150‑1 (MQ=255) | CCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGC > NC_002947/3774141‑3774436 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |