Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,787,762 | T→G | 10.3% | S306R (AGC→CGC) ‡ | PP_3350 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,787,762 | 0 | T | G | 10.3% | 193.4 / 16.1 | 78 | S306R (AGC→CGC) ‡ | PP_3350 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/39); new base G (3/5); total (34/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.18e-01 |
GCTGGCTTCGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGC > NC_002947/3787613‑3787911 | gctggctTCGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCt > 2:148370/1‑150 (MQ=255) ttCGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAg > 2:897252/1‑150 (MQ=255) ttCGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAg > 1:231156/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAgc < 1:316238/149‑1 (MQ=255) cGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGAGCGACAgcg < 1:277444/150‑1 (MQ=255) gCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGAGCGACAgcgg < 1:289433/150‑2 (MQ=255) tAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAg < 1:712628/150‑1 (MQ=255) tAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAg > 1:866866/1‑150 (MQ=255) aGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTTCCCACTTTTCCTTCTCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAgg < 2:866866/150‑1 (MQ=255) acCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGcgcg > 2:1096376/1‑150 (MQ=255) cATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGa > 2:1095518/1‑150 (MQ=255) ggTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGt > 2:999337/1‑150 (MQ=255) aaaGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGc < 2:231156/150‑1 (MQ=255) gCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGAGCGACAgcgg < 2:1254672/124‑2 (MQ=255) gCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGAGCGACAgcgg > 1:1254672/1‑123 (MQ=255) cGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAg < 1:1306023/150‑1 (MQ=255) tCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTCGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTgg < 2:1027059/150‑1 (MQ=255) ccGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGc < 1:1095518/150‑1 (MQ=255) ccGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGc > 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(MQ=255) ggCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCa > 2:1108780/1‑98 (MQ=255) ggCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCa < 1:1108780/98‑1 (MQ=255) aTCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCtccagtcca < 2:551994/134‑1 (MQ=255) aTCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCtccagtcca > 1:551994/1‑134 (MQ=255) gATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGaa > 2:922775/1‑150 (MQ=255) gATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGaa < 1:44957/150‑1 (MQ=255) gATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGaa > 1:308774/1‑150 (MQ=255) gATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGaa < 1:922775/150‑1 (MQ=255) aTGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCg > 1:493336/1‑99 (MQ=255) aTGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCg < 2:493336/99‑1 (MQ=255) gcgcATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAg < 1:396178/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCcgc < 1:4538/150‑1 (MQ=255) 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cAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGc > 2:833416/1‑136 (MQ=255) gggtgggtGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCgctgc > 2:977470/1‑150 (MQ=255) ggtgggtgAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCgctgct > 1:617346/1‑150 (MQ=255) gtgggtgAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTc > 1:662192/1‑150 (MQ=255) ggtgaaggtgaaGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCACACCCGCGGATGGACGCTTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCATGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTc > 1:248555/1‑150 (MQ=255) aaggtgaagCCGCTGTCGGTAGATAGTGGTTAATTTCGTAGCTACACGTTGCCCAGGTGGCCGGTGTTCCCCACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCAccc < 1:1096376/150‑1 (MQ=255) ggtgaagCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGa < 1:60169/150‑1 (MQ=255) gtgaagCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGAc < 1:148370/150‑1 (MQ=255) ggcGCTGTCGAGCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAgtgt > 2:1392008/3‑125 (MQ=255) ggcGCTGTCGAGCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAgtgt < 1:1392008/123‑1 (MQ=255) gCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGcc < 1:172330/150‑1 (MQ=255) gcGCTGTCGAGCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGa < 1:244805/142‑1 (MQ=255) gcGCTGTCGAGCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGa > 2:244805/2‑143 (MQ=255) ccGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGACCGTGCAGCGCTGCTCGTCCCCCGACTTGCCg < 2:731634/150‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCAccc < 2:898456/138‑1 (MQ=255) cTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCAccc > 1:898456/1‑138 (MQ=255) gTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAg < 2:1180342/150‑1 (MQ=255) tCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAgg < 1:921001/150‑1 (MQ=255) tCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAgg < 1:1395977/150‑1 (MQ=255) gCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAgggg > 1:993173/1‑149 (MQ=255) tCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGc > 1:1269384/1‑150 (MQ=255) | GCTGGCTTCGCCATAGACACCATTGCGTGGGTAAAGCGGGTCGAAGGTGCCGACTTTTCCGTCGCCCAGGTCACTGTCGCCGCTTGCGGCATCGATGCGCATGGCCAGGCGCGGTTGCCAGGGGTGGGTGAAGGTGAAGCCGCTGTCGCTCGACAGCGCCCAGGCGCGGATCGACGCGTTGCCCAGGTGGCCGGTCTGCCCGACGAGGTTCCAGCTCCAGTCCAGTGCCTGATGGCGGCCGAACAGCCGCGTGCCGAAAGTGTAGCGCTGCTCGTCACCCGACTCGCCGGCCAGGGTGC > NC_002947/3787613‑3787911 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |