Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,793,940 | A→T | 13.1% | I209N (ATT→AAT) | PP_3355 ← | beta‑ketothiolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,793,940 | 0 | A | T | 13.1% | 123.0 / 8.3 | 45 | I209N (ATT→AAT) | PP_3355 | beta‑ketothiolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/19); new base T (3/3); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGCCGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGCCATAG > NC_002947/3793792‑3794089 | tGCCGCCGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGgcaatgcaat > 2:243680/1‑150 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGACACTCCAGTTTTTCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGt < 2:1107043/150‑1 (MQ=255) cATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGtg < 1:1314720/147‑1 (MQ=255) cATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGtg > 2:1314720/1‑147 (MQ=255) ccaccGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGc < 2:140916/150‑1 (MQ=255) gcAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTAc < 1:613619/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCCCCGGGCGCAGTCGGGCCCGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCt > 1:606682/1‑150 (MQ=255) aCTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTc < 1:192927/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCt < 1:1366420/150‑1 (MQ=255) aGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGcaatgcaatg > 2:919306/1‑115 (MQ=255) aGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGcaatgcaatg < 1:919306/115‑1 (MQ=255) aGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTg > 1:1092915/1‑150 (MQ=255) ccGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCAAGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGtg > 1:692396/1‑120 (MQ=255) ccGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCAAGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGtg < 2:692396/120‑1 (MQ=255) tCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCt < 1:632027/144‑1 (MQ=255) tCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCt > 2:632027/1‑144 (MQ=255) tGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTg < 1:1351054/150‑1 (MQ=255) tcGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGTTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCTGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGAtt < 1:373029/149‑1 (MQ=255) cACCGGGCGCAGTCGGGCCCGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCtc < 2:938606/150‑1 (MQ=255) aCCGGGCGCAGGCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCtcg < 2:527143/150‑1 (MQ=255) gTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGGTTACCACGTCGaaggtgc > 2:1013904/1‑145 (MQ=255) gggCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGcgcg > 1:1166714/1‑116 (MQ=255) gggCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGcgcg < 2:1166714/116‑1 (MQ=255) cgTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCa < 2:1092915/150‑1 (MQ=255) ggTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGAATTCACTAAGCCCACGCGACAGCCCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCGCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGGCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGc > 1:535947/1‑150 (MQ=255) gggtggCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATgg > 1:1320183/1‑150 (MQ=255) gtggCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGCCCCGCTGATGGCt > 2:813770/1‑150 (MQ=255) gCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGt > 1:314189/1‑84 (MQ=255) gCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGt < 2:314189/84‑1 (MQ=255) cTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTgcgc > 1:732470/1‑150 (MQ=255) tGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCa < 2:615482/150‑1 (MQ=255) aCCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAAc < 2:1141335/96‑1 (MQ=255) aCCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAAc > 1:1141335/1‑96 (MQ=255) ccTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGt > 1:1235620/1‑150 (MQ=255) ctcactcaCGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTc < 2:1389931/150‑1 (MQ=255) tcacGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCg > 2:191116/1‑150 (MQ=255) tcacGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCg > 2:191077/1‑150 (MQ=255) tcacGCCACGCGGCAATGCAATGCAGCGTGGCTGGCCGCCATCACGCTCCCATGCCAGCAAGAGGCCGGAGAGGCGGGCCTTTGCCGACCGTCTCGTCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCg > 2:872758/1‑150 (MQ=255) cacgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTACAACCAGACCTGCACCTGGGCTTTCAGGGCCCGCTGATGGCTCCTCCGGGCCCACGCGTCCACCGt > 2:517681/1‑150 (MQ=255) acgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt > 2:1045677/1‑150 (MQ=255) acgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt < 1:1045677/150‑1 (MQ=255) gccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTc > 1:1344530/1‑150 (MQ=255) cacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCAc < 2:1235620/150‑1 (MQ=255) acgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCAc < 2:1192886/141‑1 (MQ=255) acgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCAc > 1:1192886/1‑141 (MQ=255) ggCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTg < 2:1310407/98‑1 (MQ=255) ggCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTg > 1:1310407/1‑98 (MQ=255) ggCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGcc > 1:902338/1‑150 (MQ=255) aatgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCAc < 2:574570/134‑1 (MQ=255) aatgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCAc > 1:574570/1‑134 (MQ=255) atgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGc > 2:220666/1‑150 (MQ=255) tgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGcc > 1:1196238/1‑150 (MQ=255) gcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCCCGCGCCAGGCCa > 2:175429/1‑150 (MQ=255) atgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACTCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGCCATAg < 1:1013904/150‑1 (MQ=255) | TGCCGCCGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGTCCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGCCATAG > NC_002947/3793792‑3794089 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |