Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,812,195 | C→G | 12.4% | P159R (CCG→CGG) | PP_3368 → | MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,812,195 | 0 | C | G | 12.4% | 149.5 / 11.1 | 55 | P159R (CCG→CGG) | PP_3368 | MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/23); new base G (4/3); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
GCATTTCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTCCA > NC_002947/3812047‑3812342 | gCATTTCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTAC‑TCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGGTGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCgg > 1:416553/1‑150 (MQ=255) aTTTCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGt > 1:739815/1‑150 (MQ=255) tttCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCTTTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCCGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGAGGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCACCCCGGtt < 2:663985/150‑1 (MQ=255) tttCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGtt < 2:739815/150‑1 (MQ=255) cGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGcc < 2:297347/150‑1 (MQ=255) tttCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCAc > 2:861392/1‑150 (MQ=255) tcatcaGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCGGGTTGccgagc < 1:573994/150‑5 (MQ=255) atcaGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCGGAGACCGGGGGACGTTGCCCGGGTTGTGGTGGGCCGGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTc > 2:1229550/1‑150 (MQ=255) cTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAg > 1:868907/1‑150 (MQ=255) cTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAg < 2:137135/150‑1 (MQ=255) tGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGt < 1:1222997/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACtt < 2:868907/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCgg > 1:62651/1‑150 (MQ=255) cgcCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTg < 1:1308836/150‑1 (MQ=255) ccTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGc > 1:242156/1‑150 (MQ=255) ccTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGc < 2:242156/150‑1 (MQ=255) accactgcGGCAATGCCGAAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGc > 2:564282/8‑150 (MQ=255) cTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCg > 1:417682/1‑150 (MQ=255) ccGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGc < 1:927166/150‑1 (MQ=255) tggtggCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCg > 1:660551/1‑150 (MQ=255) gAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCCGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCg > 1:1412572/1‑124 (MQ=255) gAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCCGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCg < 2:1412572/124‑1 (MQ=255) aGCATGGTCGCCAAGGATCAGAGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGcc < 2:594146/150‑1 (MQ=255) gCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGccc < 1:417957/150‑1 (MQ=255) cATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCt < 1:687057/150‑1 (MQ=255) tGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTGCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCtgt < 1:564282/150‑1 (MQ=255) ggTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTg > 2:916257/1‑127 (MQ=255) ggTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTg < 1:916257/127‑1 (MQ=255) gTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGc > 1:1037734/1‑150 (MQ=255) tCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTgg < 2:1332132/129‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTgg > 1:1332132/1‑129 (MQ=255) tCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGgc < 1:122773/134‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGgc > 2:122773/1‑134 (MQ=255) tCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGc > 1:1051899/1‑116 (MQ=255) tCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGc < 2:1051899/116‑1 (MQ=255) gcgcgcGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTg > 2:1341606/1‑112 (MQ=255) gcgcgcGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTg < 1:1341606/112‑1 (MQ=255) gcgcgGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCt < 1:972576/150‑1 (MQ=255) gcgGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTgg < 1:1228812/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTc > 1:253623/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGCTCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTttcgtttcgt > 2:793532/1‑150 (MQ=255) ggggCCGGGGGGATGATGGGCCTGGCCTTGGCGATGTTGCTCGGCAGCCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTGGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTg < 2:253623/147‑1 (MQ=255) gTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTg > 1:662751/1‑150 (MQ=255) cTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCAGCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGGGCCCCA‑CGGCACGGCGCAacac > 1:626343/1‑150 (MQ=255) gACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGCGAGGGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCGACGACGAAACACg > 1:385987/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAg > 2:294287/1‑150 (MQ=255) tGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCcgc < 1:321238/150‑1 (MQ=255) tGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCcgc < 1:321175/150‑1 (MQ=255) ttGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCTACGACTGCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCgcgc > 1:1403994/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCa > 1:478070/1‑150 (MQ=255) ggtggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAg > 2:200538/4‑150 (MQ=255) gtggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATc < 2:383480/87‑1 (MQ=255) gtggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATc > 1:383480/3‑89 (MQ=255) gtggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAgg > 2:35238/3‑150 (MQ=255) ggCAACCGGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAg > 2:1383246/1‑150 (MQ=255) cccGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTCCa < 1:861392/150‑1 (MQ=255) | GCATTTCGTTTCATCAGCGGCCTGCCCCACGGCGCCTACTTCGGCATTGCCGCAGTGGTGGCCTCGAGCATGGTCGCCAAGGATCAGCGCGCGGGGGCCGTTGCCCGGGTGATGATGGGCCTGACCTTGGCCATGTTGCTCGGCAACCCGGTTGCCACCTTCCTGGGCCAGTACTTCGGCTGGCGTTCGGCATTCGTGCTGGTCGGCGCGATCGCCCTGTGCACCATCGCCCTGGTCTGGCGTTTCGTGCCCCAGCGCCACGACGAAACACGCAGCGACCCGCGCAAGGAGCTCCA > NC_002947/3812047‑3812342 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |