| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,882,857 | A→G | 14.0% | intergenic (+56/‑169) | oprN → / → PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,882,857 | 0 | A | G | 14.0% | 152.8 / 13.5 | 65 | intergenic (+56/‑169) | oprN/PP_3428 | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN/TPR repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base G (4/5); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCC > NC_002947/3882719‑3883006 | tCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGccc > 1:1023304/1‑150 (MQ=255) cTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 1:801400/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCttt < 2:1092894/150‑1 (MQ=255) ggCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGcaaacggt < 2:532197/150‑8 (MQ=255) gCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTTCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt < 1:185332/150‑1 (MQ=255) gCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt < 1:993767/150‑1 (MQ=255) cATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATg < 1:408444/150‑1 (MQ=255) tCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGtt > 2:613828/1‑150 (MQ=255) cGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGttt < 2:1023304/150‑1 (MQ=255) gTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCGTTGGTTGGCTCCTGCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAtgtgtg < 2:196970/150‑1 (MQ=255) tCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGt < 2:249322/150‑1 (MQ=255) tCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCAGTCCGCTATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGt > 1:1143218/1‑150 (MQ=255) cTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGcaaa > 1:1159154/1‑129 (MQ=255) cTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCGGGGcaaa < 2:1159154/132‑4 (MQ=255) cTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGttt < 1:184736/141‑1 (MQ=255) cTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGttt > 2:184736/1‑141 (MQ=255) tACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATc < 1:1143995/146‑1 (MQ=255) tACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATc > 2:1143995/1‑146 (MQ=255) gCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCAccc < 2:450574/150‑1 (MQ=255) ggTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt > 1:359283/1‑124 (MQ=255) ggTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt < 2:359283/124‑1 (MQ=255) gcggcTGGCAGCCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGCTTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCAGCGTGTTCACCCCAATACGCAg < 2:729011/150‑1 (MQ=255) cGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGTCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGc > 2:192561/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCCCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTAtt > 1:530681/1‑111 (MQ=255) ccAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCCCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTAtt < 2:530681/111‑1 (MQ=255) gcACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcct > 2:1344586/1‑150 (MQ=255) cACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 1:613828/150‑1 (MQ=255) aCTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg < 2:13847/77‑1 (MQ=39) aCTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCGGGCCATGGCCTGCggg > 1:13847/1‑77 (MQ=39) atctCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCNCNCCAATANGCAGTGCATGGANTGCCACCGCAGgcctggcgcctgcngt < 1:997854/147‑5 (MQ=255) tCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACg < 2:1390430/150‑1 (MQ=255) cACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt < 2:65587/79‑1 (MQ=255) cACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTAt > 1:65587/1‑79 (MQ=255) aaCGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTg < 1:925384/75‑1 (MQ=255) aaCGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTg > 2:925384/1‑75 (MQ=255) aCTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg < 2:1196205/128‑1 (MQ=255) aCTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctg > 1:1196205/1‑128 (MQ=255) tCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCGATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcggtt > 1:711669/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTg > 1:435911/1‑150 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGc > 2:423811/1‑150 (MQ=255) cTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTGTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGc > 1:755697/1‑150 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAg < 2:658458/111‑1 (MQ=255) tttGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAg > 1:658458/1‑111 (MQ=255) tcctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgg < 1:213792/135‑1 (MQ=255) tcctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgg > 2:213792/1‑135 (MQ=255) tcctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGTTTCGGTTCCCTTTAcccccc > 1:631150/1‑150 (MQ=255) tcctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTAcccccc > 1:571055/1‑150 (MQ=255) ctccCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCgg > 2:71453/1‑150 (MQ=255) ccccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTg < 2:435911/150‑1 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTTCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTgg > 2:283884/1‑150 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTAt < 2:132056/59‑1 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTAt > 1:132056/1‑59 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgtt > 1:376839/1‑128 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCcggttcgtt < 2:376839/130‑3 (MQ=255) cccAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCACGCAGGCCTTTTTTATGTTTGCCCTCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTgg < 2:1143218/150‑1 (MQ=255) cAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACg > 2:380143/1‑112 (MQ=255) cAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACg < 1:380143/112‑1 (MQ=255) cAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGcc > 1:1381429/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACACCCCGGCTGGCCCAAGc > 1:670515/1‑150 (MQ=255) ccccGCGGGCCATGGCCTGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctggc < 2:42747/97‑1 (MQ=255) ccccGCGGGCCATGGCCTGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGgcctggcgcctggc > 1:42747/1‑97 (MQ=255) cccGCGGGCCATGGCCTGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGcc > 1:621880/1‑150 (MQ=255) ccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATg < 2:330948/67‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATg > 1:330948/1‑67 (MQ=255) cGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTTTTTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCt > 1:13712/1‑150 (MQ=255) aGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTcc < 1:90951/150‑1 (MQ=255) | TCGACCTTTATCGCGGCATCGTCTCGATCTACAAGGCCCTGGGTGGCGGCTGGCAACCGGAGACGGTGGCCAGCGCGCACTGATTCCACTGCCTCAACGACTCCTTTGGTTGGCTCCTCCCCCAACCGTTTGCCCCGCAGGCCATGGCCCGCGGGGCTTTTTTATGTTTGCCATCGTATTCACCCCAATACGCAGTGCATGGAATGCCACCGCAGGCCTGGCGCCTGGCCAACGGCGTGCCCGGTTCGGTTGCATTTACCCCCCGGCTGGCCCAAGCTCTGCCCTTCC > NC_002947/3882719‑3883006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |