| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,033,545 | G→C | 9.3% | T401T (ACC→ACG) ‡ | PP_3556 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,033,545 | 0 | G | C | 9.3% | 259.3 / 16.6 | 87 | T401T (ACC→ACG) ‡ | PP_3556 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/36); new base C (6/2); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.99e-01 | |||||||||||
CCGCCCGGCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTGCACGCACAGTGGCACGAAGATCGCGGCCAGGATCGGCACGGTGGAGAA > NC_002947/4033397‑4033694 | ccgccCGGCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAgg < 2:893505/150‑1 (MQ=255) gccCGGCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTc < 2:601542/150‑1 (MQ=255) aggcGGCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCAAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTc > 1:541150/4‑150 (MQ=255) gCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCggg > 2:253574/1‑148 (MQ=255) gCAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCggg < 1:253574/148‑1 (MQ=255) cAAGGGCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGccc < 1:593976/150‑1 (MQ=255) gggCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAgg > 2:1176569/1‑150 (MQ=255) gggCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCAAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAgg < 2:541150/150‑1 (MQ=255) ggCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAggg < 1:1176569/150‑1 (MQ=255) ggCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGACACAggg > 2:153663/1‑150 (MQ=255) gCTGACGCCCTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGt < 2:1207295/150‑1 (MQ=255) ccTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCACCCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCCCCACGGTGTCCCAGCTGTGGTGTTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTGCg > 1:541451/1‑150 (MQ=255) cttgccGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGATGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGa < 2:1269412/146‑1 (MQ=255) cTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGa < 1:1222788/150‑1 (MQ=255) cTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGACCTCGGGcctgaa < 1:580635/139‑5 (MQ=255) cTCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGACCTCGGGcctgaa > 2:580635/1‑135 (MQ=255) tCCCCGCCTTACAAGGTCATCGCTGCCACCCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGAACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAg > 1:38701/1‑150 (MQ=255) gCCTTACAAGGTCATCGCTGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCgg > 1:558076/1‑150 (MQ=255) 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gCTGCCAACCAGCCGAGCGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGccc > 1:1349501/1‑150 (MQ=255) tGCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCaa > 2:940330/1‑150 (MQ=255) gCCAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAAc > 1:1102723/1‑150 (MQ=255) ccAACCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACg > 2:135888/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCa > 1:586384/1‑150 (MQ=255) aCCAGCCGAACGCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCAc < 1:135888/150‑1 (MQ=255) gCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGACCTCGGGcct > 1:1036684/1‑95 (MQ=255) gCCATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGACCTCGGGcct < 2:1036684/96‑2 (MQ=255) ccATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCga < 1:660532/150‑1 (MQ=255) cATCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCgat < 2:452515/150‑1 (MQ=255) aTCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCgatg > 2:498065/1‑150 (MQ=255) tCAACGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCgatga < 2:530547/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCAGCGGCAGCACCCATGATGca > 2:938724/1‑150 (MQ=255) gCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGTTGATGcaca > 1:929648/1‑150 (MQ=255) gCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGcaca < 1:1412881/150‑1 (MQ=255) gCAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGcaca < 2:586384/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGATGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGCCAGGCGAACCTGCATCGCCCAACGAACCGGCAGTAACGATGATGcaccc < 2:1124063/150‑3 (MQ=255) gTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAg < 1:949913/73‑1 (MQ=255) gTTGTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAg > 2:949913/1‑73 (MQ=255) gTAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGCCCGACGCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAAACGGCATCGCCCAGCGCACCGGCATTACCGATGATGCACACAGTAGc > 1:94561/1‑150 (MQ=255) tAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGcc > 2:1018418/1‑150 (MQ=255) tAATGGATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGcc > 1:680193/1‑150 (MQ=255) ggATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACg < 1:1047958/150‑1 (MQ=255) ggATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACg < 2:799237/150‑1 (MQ=255) gATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGatgatg > 1:717536/1‑133 (MQ=255) gATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGatgatg < 2:717536/133‑1 (MQ=255) gATGAAGGTGGGCACCACGGTGTCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACgg < 1:51402/150‑1 (MQ=255) 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tCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGtt > 1:138359/1‑142 (MQ=255) tCCCAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTgcacgcac > 2:476819/1‑150 (MQ=255) ccAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGaa > 1:445095/1‑132 (MQ=255) ccAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGaa < 2:445095/132‑1 (MQ=255) ccAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTGCACGCACAg > 1:128346/1‑150 (MQ=255) cAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTc > 1:907608/1‑59 (MQ=255) cAGATGTGGTGGTGCTGGCCATCCACGTTCAGGCCCGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTc < 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cGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGtt > 1:512076/1‑104 (MQ=255) cGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGtt < 2:512076/104‑1 (MQ=255) cGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTGCACGCACAGTGGCACGAAGATCGCGGCCAGGATCGGCACGGTGga > 2:747288/1‑150 (MQ=255) cGAGGTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCAAAGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTGCACGCACAGTGGCACGAAGATCGCGGCCAGGATCGGCACGGTGga > 2:551478/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGCCCAGGGTCGAGTCCGAGGCCGGCGAACCTGCATCGCCCAACGCACCGGCAGTACCGATGATGCACACCGTAGCCAACGGGTCGAAGCCCAGTTGCACGCACAGTGGCACGAAGATCGCGGCCAGGATCGGCACGGTGGAGaa < 1:747288/150‑1 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |