Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,038,610 | C→G | 9.8% | A122G (GCC→GGC) ‡ | PP_3559 → | glycine betaine ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,038,610 | 0 | C | G | 9.8% | 153.8 / 8.2 | 51 | A122G (GCC→GGC) ‡ | PP_3559 | glycine betaine ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/22); new base G (2/3); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 |
GCTGCGCAGTGCCGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCGTGTTCGCCACGCTGAT > NC_002947/4038464‑4038742 | gctgcGCAGTGCCGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCg < 2:1292268/150‑1 (MQ=255) aGTGCCGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGGGCGGCCagca < 1:110334/150‑4 (MQ=255) aGTGCCGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTg < 1:233218/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAg > 2:274603/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTAACGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCTTCCTTCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGa > 1:931423/1‑150 (MQ=255) tCGCGCTGCTGGACCTGATCCGTATGCTCGGGCTCTGGGACCAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTCTGGACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGgctgc < 1:429229/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGgctgct < 2:1243730/150‑1 (MQ=255) cgcTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGt > 1:103423/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGc < 1:912561/150‑1 (MQ=255) tgctgGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGc < 1:274603/150‑1 (MQ=255) tgGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCgg < 2:615108/150‑1 (MQ=255) cTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTAAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGGGCGGCCagca < 1:744272/123‑4 (MQ=255) cTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTAAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGGGCGGCCagca > 2:744272/1‑120 (MQ=255) cGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTAGACTTGGTCCTCCAGGGCTTTAGTTTGGTCAGAGTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGAtgt < 1:168182/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGc > 1:563130/1‑150 (MQ=255) cTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGAtg < 2:51185/142‑1 (MQ=255) cTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGAtg > 1:51185/1‑142 (MQ=255) gggCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGc > 1:1351364/1‑110 (MQ=255) gggCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGc < 2:1351364/110‑1 (MQ=255) tGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCAGTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGACCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGACGGTCCTAGATCTGATGCAGAAGgtgcgt > 2:277410/1‑148 (MQ=255) tGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGctgcct < 1:277410/150‑1 (MQ=255) aaGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttc > 2:1313471/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttcgtt > 1:769765/1‑150 (MQ=255) ctgcAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTAc > 1:465053/1‑150 (MQ=255) aGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGGGCGGCCag < 1:1165020/84‑2 (MQ=255) aGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGGGCGGCCag > 2:1165020/1‑83 (MQ=255) aGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGa < 1:1148541/150‑1 (MQ=255) cctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGtt < 2:392290/99‑1 (MQ=255) cctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGtt > 1:392290/1‑99 (MQ=255) cctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttc < 1:1176154/136‑1 (MQ=255) cctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttc > 2:1176154/1‑136 (MQ=255) cctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATccc > 2:988429/1‑150 (MQ=255) ctggccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCg < 2:103423/150‑1 (MQ=255) gccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTg > 2:258271/1‑150 (MQ=255) ccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGc < 1:1313471/150‑1 (MQ=255) ccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGc > 2:189034/1‑150 (MQ=255) ccctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGc < 1:988429/150‑1 (MQ=255) cctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCt > 1:542652/1‑150 (MQ=255) cctggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGCACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGCTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCt > 2:69873/1‑150 (MQ=255) tggTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGa > 1:797793/1‑150 (MQ=255) ggTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGtt < 2:1215659/150‑1 (MQ=255) gTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGctgctg < 2:392883/71‑1 (MQ=255) gTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGACAGACGGctgctg > 1:392883/1‑71 (MQ=255) gtgggtgTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttcgt < 1:600226/98‑1 (MQ=255) gtgggtgTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGcgttcgt > 2:600226/1‑98 (MQ=255) gtgggtgTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCgtg > 1:710992/1‑150 (MQ=255) cACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCGTGTTCGCCACGc > 1:64813/1‑150 (MQ=255) cACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCGTGTTCGCCACGc < 1:258271/150‑1 (MQ=255) tGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATg < 2:167108/107‑1 (MQ=255) tGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATg > 1:167108/1‑107 (MQ=255) gggCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCGTGTTCGCCACGCTGAt > 2:876146/1‑150 (MQ=255) | GCTGCGCAGTGCCGTGCTGGTCGCGCTGCTGGCCCTGATCGGTATGCTCGGGCTCTGGGACAAGTTGCTGCAGACCCTGGCCCTGGTGCTGGTCAGTACCGGTTTGTGCGTACTGGTGGGTGTACCACTGGGCATCCTGCTGGCCGCCCGGCCACTGGCCAGACGGCTGCTGTTGCCGGTCCTCGATGTGATGCAGACGCTGCCTGCGTTCGTTTACCTGATCCCGGTGCTGATGCTGTTTGGCCTGGGCAAGGTGCCTGCCGTGTTCGCCACGCTGAT > NC_002947/4038464‑4038742 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |