Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,044,721 | C→G | 13.3% | G344A (GGG→GCG) ‡ | PP_3566 ← | MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,044,721 | 0 | C | G | 13.3% | 125.4 / 11.3 | 45 | G344A (GGG→GCG) ‡ | PP_3566 | MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/21); new base G (3/3); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 |
GTAGAAACACAACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCACGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCAATCACGCTGTAACCCGGCACTGTCAGCCCCAGCAACAAGGCC > NC_002947/4044572‑4044861 | gTAGAAACACAACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCACATTCAgccgcc > 2:232350/1‑150 (MQ=255) acacAACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGc > 1:1131659/1‑150 (MQ=255) acaACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGCTg > 1:1062474/1‑150 (MQ=255) acaACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGCTg > 1:423402/1‑150 (MQ=255) caACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGCTgg < 1:1058324/150‑1 (MQ=255) aGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCGGGCGGCTgaatgcg < 1:628050/150‑7 (MQ=255) aGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCGGGCGGCTgaatgcg < 1:320523/150‑7 (MQ=255) ccACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCGGGCGGCTgaat > 2:1223322/1‑140 (MQ=255) 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cGCATTCAGCCGCCCGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCACGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCaa < 1:43051/113‑1 (MQ=255) cATTCAGCCGCCCGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCCCGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCAATCACGCTGTAACCCGGCACTGTCAGCCCCAGCAACAAgg < 1:1353835/150‑1 (MQ=255) ggccAGCCGCGGGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCACGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCAATCACGCTGTAACCCGGCACTGTCAGCCCCAGCAACAAGgc > 2:935234/4‑150 (MQ=255) gccAGCCGCGGGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCACGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCAATCACGCTGTAACCCGGCACTGTCAGCCCCAGCAACAAGgcc > 1:47709/3‑150 (MQ=255) | GTAGAAACACAACCAGCGCCACACCCGGCAACCCCGCCCCCACCAGTGCCACGCCTTGCCAGCCAAACTGGCTGAACAGCGCACTGGCCACCGCCGACCCCAGCGCCCCGCCGAGGAAGATGCTGGTCATGTACACCGCATTCAGCCGCCCGCGGCTGGCCGGGTCCAGTGCGTACACTTCACGCTGGCCGATGACCATGTTCATCTGCACCGCAAAGTCCAGCAACACGCCGGTAAGGCCCAGGCCAATCACGCTGTAACCCGGCACTGTCAGCCCCAGCAACAAGGCC > NC_002947/4044572‑4044861 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |